转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 129 / 161 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000187 Chr01 NC_080387.1:3187057-3187071promoter 内 2252-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3183053-3185322(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCTAGCCGACATGA
SmilChr02G003630 Chr02 NC_080388.1:57643807-57643821promoter 内 2184-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57636422-57642004(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGTCTCGG
SmilChr05G003098 Chr05 NC_080391.1:39388490-39388504promoter 内 2184-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39390307-39394146(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCTGCCGACTTTC
SmilChr02G001072 Chr02 NC_080388.1:19098858-19098872promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19100756-19104184(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AACAGTCGGCAGCGC
SmilChr02G003356 Chr02 NC_080388.1:54722361-54722375promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54724259-54726747(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCTGTCGGCCTCAT
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24915152-24915166promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTGTCGGCTTCTC
SmilChr08G000563 Chr08 NC_080394.1:4081866-4081880promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4083765-4087386(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCTGTCGGCATTTT
SmilChr04G000051 Chr04 NC_080390.1:451898-451912promoter 内 2054-2068 bp - 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 453845-458680(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCTGCCGACCCTT
SmilChr04G001711 Chr04 NC_080390.1:28279291-28279305promoter 内 2010-2024 bp - 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 28281282-28281974(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGAAGCCGACAATA
SmilChr03G003806 Chr03 NC_080389.1:57135092-57135106promoter 内 2002-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57130065-57133107(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTGTCGGTGTACG
SmilChr02G002656 Chr02 NC_080388.1:45999227-45999241promoter 内 1993-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45994844-45997233(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCGGGCCGACACAT
SmilChr02G002099 Chr02 NC_080388.1:37660627-37660641promoter 内 1982-1996 bp - 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 37662646-37667014(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCGGGCCGACACGG
SmilChr01G006109 Chr01 NC_080387.1:76634030-76634044promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 76636052-76638251(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGTGGCGGCAAAAC
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75548657-75548671promoter 内 1971-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75543753-75546641(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAAGTGCCGACATGT
SmilChr02G002290 Chr02 NC_080388.1:40429273-40429287promoter 内 1951-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40431323-40434945(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGTGTCGGCCTGAA
SmilChr08G000834 Chr08 NC_080394.1:6176958-6176972promoter 内 1943-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6172508-6174914(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTGTCGGTGAATT
SmilChr02G002098 Chr02 NC_080388.1:37660627-37660641promoter 内 1936-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 37657053-37658576(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTGTCGGCCCGCT
SmilChr08G001530 Chr08 NC_080394.1:12444822-12444836promoter 内 1880-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12446943-12455016(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTGTCGGTGTACG
SmilChr02G004881 Chr02 NC_080388.1:70900153-70900167promoter 内 1861-1875 bp + 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70902293-70903796(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGAGTCGGCAGAGT
SmilChr05G000246 Chr05 NC_080391.1:1894427-1894441promoter 内 1840-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1881277-1892280(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGATGCCGACGAGT
SmilChr05G002440 Chr05 NC_080391.1:26897663-26897677promoter 内 1768-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26899896-26901729(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAAAGTCGGCAGAGG
SmilChr08G002820 Chr08 NC_080394.1:28028663-28028677promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 28023534-28026443(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATATGCCGACGACA
SmilChr02G002161 Chr02 NC_080388.1:38828408-38828422promoter 内 1760-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38826087-38826181(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTTGCCGCCGCCG
SmilChr07G003832 Chr07 NC_080393.1:47422923-47422937promoter 内 1722-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47425202-47439274(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGAAGCCGACACCT
SmilChr04G004112 Chr04 NC_080390.1:56041754-56041768promoter 内 1691-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56039108-56039458(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATATGTCGGCCAACT
SmilChr07G000332 Chr07 NC_080393.1:2256193-2256207promoter 内 1688-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2251040-2253894(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCTGCCGACTTTC
SmilChr07G003677 Chr07 NC_080393.1:44208960-44208974promoter 内 1651-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44211310-44214779(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACATGTCGGCATCTA
SmilChr08G000667 Chr08 NC_080394.1:4935758-4935772promoter 内 1635-1649 bp - 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4926567-4933406(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGTAAATT
SmilChr07G003063 Chr07 NC_080393.1:32036513-32036527promoter 内 1614-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32038900-32041591(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGTGTTGT
SmilChr02G005577 Chr02 NC_080388.1:75621747-75621761promoter 内 1595-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75624153-75625917(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTGTCGGCCTCTC
SmilChr08G004448 Chr08 NC_080394.1:54210914-54210928promoter 内 1577-1591 bp + 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54206478-54208504(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATTGCCGACGTCC
SmilChr06G000921 Chr06 NC_080392.1:8749831-8749845promoter 内 1545-1559 bp + 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8745940-8747389(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACACGCCGACATGT
SmilChr02G002438 Chr02 NC_080388.1:42581617-42581631promoter 内 1364-1378 bp - 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42584254-42587485(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGTGACCGACAACT
SmilChr07G001305 Chr07 NC_080393.1:10031539-10031553promoter 内 1313-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10026172-10028865(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCTCTGC
SmilChr05G003197 Chr05 NC_080391.1:40872474-40872488promoter 内 1269-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40866089-40869756(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTCGTCGACAAAA
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