转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 129 / 138 下载 TSV

上一页 129 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001467 Chr01 NC_080387.1:28462325-28462338promoter 内 487-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28456924-28458824(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACTACCTAAATTC
SmilChr02G005410 Chr02 NC_080388.1:74594302-74594315promoter 内 379-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 74597924-74598825(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTGTAGGTATCG
SmilChr02G000495 Chr02 NC_080388.1:6836721-6836734promoter 内 187-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6832840-6832920(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATTTAGGTATTT
SmilChr01G003755 Chr01 NC_080387.1:55927789-55927802promoter 内 127-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55931663-55934320(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATTTAGGTATTT
SmilChr01G002407 Chr01 NC_080387.1:41419071-41419084promoter 内 112-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 41422960-41441271(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATACCTAAATTA
SmilChr03G000333 Chr03 NC_080389.1:3773505-3773518promoter 内 5-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3777501-3780755(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCGTTTAGGTACAC
SmilChr02G003709 Chr02 NC_080388.1:58648357-58648370promoter 内 3817-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 58648541-58658191(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAACGA
SmilChr02G005040 Chr02 NC_080388.1:72129752-72129765promoter 内 2500-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 72131253-72136802(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATTACCTAAATTA
SmilChr01G000619 Chr01 NC_080387.1:13651454-13651467promoter 内 1620-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 13648121-13649086(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAAATTGG
SmilChr02G000008 Chr02 NC_080388.1:67518-67531promoter 内 1551-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 63884-65081(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGTTTAGGTATTA
SmilChr01G006110 Chr01 NC_080387.1:76635927-76635940promoter 内 171-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 76639757-76649941(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTAAAAAA
SmilChr01G004377 Chr01 NC_080387.1:61967206-61967219promoter 内 50-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 61971157-61977289(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTACATCA
SmilChr01G006109 Chr01 NC_080387.1:76635927-76635940promoter 内 3876-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 76636052-76638251(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTAAAAAA
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35343088-35343101promoter 内 3657-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGTTTAGGTATTA
SmilChr01G003687 Chr01 NC_080387.1:55264393-55264406promoter 内 3575-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55264819-55264902(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATTTTAGGTAATA
SmilChr03G002262 Chr03 NC_080389.1:35615102-35615115promoter 内 3484-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35615619-35619293(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATACCTACAAAC
SmilChr03G002556 Chr03 NC_080389.1:40737845-40737858promoter 内 3346-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40738500-40741310(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATACCTAAATAC
SmilChr01G003688 Chr01 NC_080387.1:55264393-55264406promoter 内 3132-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55265262-55267069(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATTTTAGGTAATA
SmilChr02G004044 Chr02 NC_080388.1:62751938-62751951promoter 内 3082-3095 bp + 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62747666-62751032(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTATCATC
SmilChr01G003541 Chr01 NC_080387.1:54001508-54001521promoter 内 3073-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53997931-54000593(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAATTTAGGTAATT
SmilChr02G000600 Chr02 NC_080388.1:8670322-8670335promoter 内 2981-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8665607-8669315(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATGTAGGTATTG
SmilChr01G005380 Chr01 NC_080387.1:71029172-71029185promoter 内 2744-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71030429-71031319(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTACATGT
SmilChr01G004896 Chr01 NC_080387.1:67033453-67033466promoter 内 2687-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67034767-67037714(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGAAACCTAACGAG
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:652419-652432promoter 内 2656-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 653764-653844(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATGGA
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2216183-2216196promoter 内 2656-2669 bp + 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2214771-2214851(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATGGA
SmilChr01G002975 Chr01 NC_080387.1:48687600-48687613promoter 内 2115-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48689486-48691261(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTACTGCA
SmilChr01G002952 Chr01 NC_080387.1:48394647-48394660promoter 内 1864-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48396784-48401513(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAAACAG
SmilChr03G002411 Chr03 NC_080389.1:38318740-38318753promoter 内 1825-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 38313209-38316577(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTGTACCTAAAGAA
SmilChr01G000609 Chr01 NC_080387.1:13465328-13465341promoter 内 1759-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13460631-13463099(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATAACCTAACGCA
SmilChr01G000459 Chr01 NC_080387.1:9399301-9399314promoter 内 1595-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9401707-9405133(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGACCTAACGTG
SmilChr01G001754 Chr01 NC_080387.1:32262749-32262762promoter 内 1393-1406 bp - 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32265357-32270789(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTAAATGT
SmilChr01G000740 Chr01 NC_080387.1:16396598-16396611promoter 内 1225-1238 bp + 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16399374-16400258(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATAGTTGGTATAA
SmilChr01G000033 Chr01 NC_080387.1:549277-549290promoter 内 1219-1232 bp - 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 552059-556937(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAAAAAC
SmilChr02G000655 Chr02 NC_080388.1:9938544-9938557promoter 内 1214-1227 bp - 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9933779-9935770(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACTTTAGGTATGA
SmilChr03G001434 Chr03 NC_080389.1:17023234-17023247promoter 内 1140-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17026095-17027142(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTTTAGGTATCA
SmilChr01G003033 Chr01 NC_080387.1:49359679-49359692promoter 内 1016-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49362664-49366686(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGTACCTAAAAAA
SmilChr01G001756 Chr01 NC_080387.1:32281724-32281737promoter 内 994-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32284731-32285862(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACTTTAGGTATAG
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SmilChr01G005484 Chr01 NC_080387.1:71798628-71798641promoter 内 2632-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 4 71799997-71807006(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAAAATTT
SmilChr02G001633 Chr02 NC_080388.1:30289018-30289031promoter 内 1961-1974 bp - 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 4 30284726-30286991(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTTGGTATAA