转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 131 / 135 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004526 Chr01 NC_080387.1:63448588-63448602promoter 内 652-666 bp + 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63451937-63461276(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCATCCTTATCGAA
SmilChr02G004848 Chr02 NC_080388.1:70610709-70610723promoter 内 610-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70614100-70617083(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTACTTATCCTA
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71338396-71338410promoter 内 587-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCTCAAA
SmilChr03G001902 Chr03 NC_080389.1:26576998-26577012promoter 内 569-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26580430-26585758(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCACCCTTATCATG
SmilChr03G002315 Chr03 NC_080389.1:36459489-36459503promoter 内 559-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36453037-36456061(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGAGCCC
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37466154-37466168promoter 内 514-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGATACTTATCCTT
SmilChr03G001021 Chr03 NC_080389.1:11818666-11818680promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11814058-11815173(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAACTGT
SmilChr03G002002 Chr03 NC_080389.1:29856525-29856539promoter 内 449-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29848727-29852987(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCCTAAG
SmilChr01G001077 Chr01 NC_080387.1:22192240-22192254promoter 内 402-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22195839-22202144(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGAACTTATCCAT
SmilChr02G000791 Chr02 NC_080388.1:13054754-13054768promoter 内 284-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13046149-13051051(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGAACTTTATCCTA
SmilChr02G000510 Chr02 NC_080388.1:7043472-7043486promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7047245-7048232(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAACTGT
SmilChr03G000939 Chr03 NC_080389.1:10676953-10676967promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10680830-10685763(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAGATTG
SmilChr02G000303 Chr02 NC_080388.1:3830317-3830331promoter 内 63-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3834255-3838689(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTCTCTTATCCCT
SmilChr02G004882 Chr02 NC_080388.1:70912046-70912060promoter 内 29-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70904446-70908088(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATCATAAT
SmilChr02G005532 Chr02 NC_080388.1:75371114-75371128promoter 内 2810-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 75367749-75369937(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAATTTTC
SmilChr01G006111 Chr01 NC_080387.1:76648983-76648997promoter 内 2385-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 76650599-76651828(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTTGACTTATCCTC
SmilChr01G005542 Chr01 NC_080387.1:72241954-72241968promoter 内 1730-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 72239299-72239697(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGCTCCA
SmilChr03G000629 Chr03 NC_080389.1:6955076-6955090promoter 内 3927-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6955150-6955676(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAACCCTTATCACA
SmilChr01G004623 Chr01 NC_080387.1:64255369-64255383promoter 内 3869-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64255501-64262368(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATGCTT
SmilChr01G005455 Chr01 NC_080387.1:71589876-71589890promoter 内 3832-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71588161-71589721(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAACCATTATCCTT
SmilChr02G003301 Chr02 NC_080388.1:54290775-54290789promoter 内 3823-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54286934-54290611(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACTAACTTATCCAT
SmilChr03G001416 Chr03 NC_080389.1:16809056-16809070promoter 内 3809-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16805945-16808878(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGCTTAAA
SmilChr02G004620 Chr02 NC_080388.1:68729870-68729884promoter 内 3785-3799 bp + 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68730086-68732756(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAGTATTATCCTT
SmilChr01G004861 Chr01 NC_080387.1:66759226-66759240promoter 内 3601-3615 bp - 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66758287-66758840(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTCCCTTATCTTG
SmilChr03G002140 Chr03 NC_080389.1:33337349-33337363promoter 内 3536-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33337814-33343397(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTCACA
SmilChr01G004395 Chr01 NC_080387.1:62108583-62108597promoter 内 3474-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62109110-62112274(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCACCCTTATCTGG
SmilChr01G001004 Chr01 NC_080387.1:21163930-21163944promoter 内 3455-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21164476-21171847(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGACCTCA
SmilChr01G002682 Chr01 NC_080387.1:45033113-45033127promoter 内 3421-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45031437-45032547(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATACTTTG
SmilChr03G000144 Chr03 NC_080389.1:1575668-1575682promoter 内 3334-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1576335-1579231(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACGATAAGGATTAT
SmilChr03G001743 Chr03 NC_080389.1:23517956-23517970promoter 内 3308-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23515333-23517277(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGACCCCTTATCTTT
SmilChr01G004145 Chr01 NC_080387.1:59965061-59965075promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59965767-59967079(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATTAGGTTAAT
SmilChr01G003489 Chr01 NC_080387.1:53448944-53448958promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53449661-53451844(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCACTATTATCCTT
SmilChr01G005870 Chr01 NC_080387.1:74645201-74645215promoter 内 3197-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74642540-74644411(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAACCTTATCGAT
SmilChr03G000575 Chr03 NC_080389.1:6271506-6271520promoter 内 3172-3186 bp + 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6272335-6272441(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCGCC
SmilChr02G003866 Chr02 NC_080388.1:60627948-60627962promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60628849-60633566(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAAAGTTATCCTC
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45935408-45935422promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGGTCTTATCCAT
SmilChr02G004457 Chr02 NC_080388.1:66980097-66980111promoter 内 2989-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66981109-66982251(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATTAGGTTAAC
SmilChr02G001240 Chr02 NC_080388.1:22787936-22787950promoter 内 2876-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22785038-22786825(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGCCCTTATCATC
SmilChr03G001673 Chr03 NC_080389.1:21879827-21879841promoter 内 2855-2869 bp + 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21877229-21878695(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAGATAAGGGCAGG
SmilChr03G002666 Chr03 NC_080389.1:42362212-42362226promoter 内 2850-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42363363-42364288(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAATGCCTATCCTC
SmilChr02G000441 Chr02 NC_080388.1:5750053-5750067promoter 内 2767-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5751287-5752318(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTATTTATTATCCTT
SmilChr01G000810 Chr01 NC_080387.1:17483359-17483373promoter 内 2731-2745 bp + 1256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17484629-17485196(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTATTTATTATCCTT
SmilChr01G003622 Chr01 NC_080387.1:54785819-54785833promoter 内 2675-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54783125-54784507(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAATAC
SmilChr01G003166 Chr01 NC_080387.1:50465568-50465582promoter 内 2663-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50460565-50464244(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGCGTGTTATCCTC
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57478921-57478935promoter 内 2537-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57480385-57485705(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGTCCCTTATCTCT
SmilChr01G005468 Chr01 NC_080387.1:71672371-71672385promoter 内 2461-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71667769-71670845(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGAGCCTTATCAAA
SmilChr03G000630 Chr03 NC_080389.1:6955076-6955090promoter 内 2424-2438 bp + 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6956653-6960213(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAACCCTTATCACA
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SmilChr02G004834 Chr02 NC_080388.1:70457794-70457808promoter 内 2369-2383 bp - 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70459426-70471260(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGGTAAA
SmilChr03G002637 Chr03 NC_080389.1:41959169-41959183promoter 内 2336-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41954121-41957518(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGCGTCG