转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 132 / 149 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006055 Chr01 NC_080387.1:76029960-76029970promoter 内 342-352 bp - 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 76025012-76026311(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCC
SmilChr01G004076 Chr01 NC_080387.1:59208168-59208178promoter 内 150-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59201299-59204327(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGC
SmilChr07G001439 Chr07 NC_080393.1:11160772-11160782promoter 内 125-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11156429-11156906(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCG
SmilChr03G002741 Chr03 NC_080389.1:43557413-43557423promoter 内 68-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43551979-43553490(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAG
SmilChr06G003295 Chr06 NC_080392.1:45487698-45487708promoter 内 1441-1451 bp - 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 45490258-45491220(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTT
SmilChr02G004523 Chr02 NC_080388.1:67806725-67806735promoter 内 3666-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 67804210-67806400(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr06G002961 Chr06 NC_080392.1:42398693-42398703promoter 内 2148-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 42396002-42396850(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCC
SmilChr05G000020 Chr05 NC_080391.1:82085-82095promoter 内 1923-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 84163-84805(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCC
SmilChr07G000979 Chr07 NC_080393.1:7124973-7124983promoter 内 3968-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7125006-7126338(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCC
SmilChr07G000792 Chr07 NC_080393.1:5605064-5605074promoter 内 3903-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5595404-5604976(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCCT
SmilChr03G002103 Chr03 NC_080389.1:32589390-32589400promoter 内 3829-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32589562-32593681(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAC
SmilChr07G000527 Chr07 NC_080393.1:3671215-3671225promoter 内 3789-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3671427-3673007(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTT
SmilChr06G001305 Chr06 NC_080392.1:13570067-13570077promoter 内 3765-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13568963-13569841(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGT
SmilChr07G000521 Chr07 NC_080393.1:3647419-3647429promoter 内 3752-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3647668-3649751(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTT
SmilChr02G004805 Chr02 NC_080388.1:70240222-70240232promoter 内 3662-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70221396-70239893(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGG
SmilChr05G004297 Chr05 NC_080391.1:56693635-56693645promoter 内 3643-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56691114-56693287(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr03G003702 Chr03 NC_080389.1:55968130-55968140promoter 内 3639-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55968492-55972000(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr03G000393 Chr03 NC_080389.1:4312900-4312910promoter 内 3591-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4313310-4314855(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATA
SmilChr03G000529 Chr03 NC_080389.1:5654328-5654338promoter 内 3591-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5653067-5653928(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATA
SmilChr03G000837 Chr03 NC_080389.1:9584856-9584866promoter 内 3591-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9585266-9586500(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATA
SmilChr01G001274 Chr01 NC_080387.1:25429161-25429171promoter 内 3587-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25429575-25430228(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCCT
SmilChr01G001176 Chr01 NC_080387.1:23815027-23815037promoter 内 3571-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23815457-23819500(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr02G002915 Chr02 NC_080388.1:49467888-49467898promoter 内 3431-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49464290-49467328(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGG
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10809379-10809389promoter 内 3273-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10810107-10812420(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATA
SmilChr03G000856 Chr03 NC_080389.1:9789955-9789965promoter 内 3210-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9788275-9789174(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6677708-6677718promoter 内 3113-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATA
SmilChr01G000998 Chr01 NC_080387.1:21015473-21015483promoter 内 3046-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21016428-21018133(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCC
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5654328-5654338promoter 内 2946-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATA
SmilChr03G000941 Chr03 NC_080389.1:10694860-10694870promoter 内 2933-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10695928-10697625(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr07G003054 Chr07 NC_080393.1:31888750-31888760promoter 内 2808-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31889943-31893947(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr04G003977 Chr04 NC_080390.1:55232576-55232586promoter 内 2747-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55229652-55231332(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr05G003813 Chr05 NC_080391.1:51416676-51416686promoter 内 2742-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51417935-51422016(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGG
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17238305-17238315promoter 内 2718-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17235549-17237032(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCC
SmilChr03G000980 Chr03 NC_080389.1:11073988-11073998promoter 内 2717-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11075272-11146287(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr03G003919 Chr03 NC_080389.1:58287496-58287506promoter 内 2711-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58283199-58286216(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCC
SmilChr07G001305 Chr07 NC_080393.1:10030204-10030214promoter 内 2652-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10026172-10028865(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCCT
SmilChr01G004393 Chr01 NC_080387.1:62103399-62103409promoter 内 2644-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62098704-62102052(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCCT
SmilChr04G001754 Chr04 NC_080390.1:28865957-28865967promoter 内 2634-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 28860724-28864600(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGTT
SmilChr03G000052 Chr03 NC_080389.1:520926-520936promoter 内 2615-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 517600-519550(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAC
SmilChr05G003530 Chr05 NC_080391.1:47174951-47174961promoter 内 2610-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47170546-47173570(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr07G002529 Chr07 NC_080393.1:23955891-23955901promoter 内 2572-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23957320-23959273(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr06G002947 Chr06 NC_080392.1:42272378-42272388promoter 内 2530-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 42273849-42273921(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr05G003962 Chr05 NC_080391.1:53358728-53358738promoter 内 2438-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53360291-53363977(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCC
SmilChr03G000508 Chr03 NC_080389.1:5482172-5482182promoter 内 2424-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5483749-5488480(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT
SmilChr01G002554 Chr01 NC_080387.1:43652392-43652402promoter 内 2372-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 43654021-43655734(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCC
SmilChr06G000456 Chr06 NC_080392.1:3679651-3679661promoter 内 2365-2375 bp + 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3681287-3682208(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCC
SmilChr01G004394 Chr01 NC_080387.1:62103399-62103409promoter 内 2337-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62105063-62109085(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGG
SmilChr07G001365 Chr07 NC_080393.1:10577557-10577567promoter 内 2314-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10574150-10575880(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATT
SmilChr02G004316 Chr02 NC_080388.1:65495691-65495701promoter 内 2250-2260 bp - 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65484708-65493950(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCC
SmilChr03G000939 Chr03 NC_080389.1:10679072-10679082promoter 内 2243-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10680830-10685763(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCT