转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 133 / 137 下载 TSV

上一页 133 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003337 Chr03 NC_080389.1:51632445-51632453promoter 内 2707-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51633739-51639024(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr07G001422 Chr07 NC_080393.1:11076014-11076022promoter 内 2686-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11058583-11074707(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr07G000780 Chr07 NC_080393.1:5487065-5487073promoter 内 2663-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5488403-5493810(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr02G004993 Chr02 NC_080388.1:71785905-71785913promoter 内 2655-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71782204-71784567(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58941900-58941908promoter 内 2652-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58927254-58940559(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr05G004213 Chr05 NC_080391.1:56023637-56023645promoter 内 2647-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56024991-56025683(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G004356 Chr08 NC_080394.1:53280217-53280225promoter 内 2642-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53274175-53278866(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G003346 Chr01 NC_080387.1:52226970-52226978promoter 内 2641-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52228330-52230730(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36620851-36620859promoter 内 2638-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36622214-36622996(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G005418 Chr01 NC_080387.1:71387741-71387749promoter 内 2634-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71389108-71390183(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr03G001476 Chr03 NC_080389.1:17758293-17758301promoter 内 2618-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17759676-17762201(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr04G001184 Chr04 NC_080390.1:17985727-17985735promoter 内 2616-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17987112-17989627(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G002722 Chr03 NC_080389.1:43235717-43235725promoter 内 2607-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43231638-43234331(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G001596 Chr01 NC_080387.1:30096333-30096341promoter 内 2586-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30093211-30094926(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G004015 Chr08 NC_080394.1:48566886-48566894promoter 内 2578-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48564723-48565471(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G004127 Chr01 NC_080387.1:59785051-59785059promoter 内 2572-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59782533-59783630(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G002258 Chr04 NC_080390.1:36535515-36535523promoter 内 2567-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36536949-36540965(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G004366 Chr03 NC_080389.1:61871967-61871975promoter 内 2566-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61873402-61882230(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr07G000896 Chr07 NC_080393.1:6440628-6440636promoter 内 2564-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6436707-6439199(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr01G000742 Chr01 NC_080387.1:16421350-16421358promoter 内 2552-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16422799-16423392(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr06G000655 Chr06 NC_080392.1:5763505-5763513promoter 内 2544-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5760720-5762056(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G003691 Chr05 NC_080391.1:50042563-50042571promoter 内 2536-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50033387-50041106(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G000712 Chr05 NC_080391.1:5383151-5383159promoter 内 2532-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5384620-5387561(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr08G001406 Chr08 NC_080394.1:11269122-11269130promoter 内 2528-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 11261823-11267657(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr03G002583 Chr03 NC_080389.1:41091327-41091335promoter 内 2514-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41092814-41094075(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr05G002329 Chr05 NC_080391.1:25151103-25151111promoter 内 2491-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25142865-25149601(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G004419 Chr01 NC_080387.1:62312151-62312159promoter 内 2480-2488 bp + 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62313672-62316505(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr05G000736 Chr05 NC_080391.1:5622620-5622628promoter 内 2476-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5616969-5621103(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr07G000430 Chr07 NC_080393.1:3003157-3003165promoter 内 2468-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2997062-3001632(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr08G002413 Chr08 NC_080394.1:22919819-22919827promoter 内 2468-2476 bp + 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22917547-22918294(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr02G002216 Chr02 NC_080388.1:39407842-39407850promoter 内 2443-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39404594-39406292(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G004417 Chr01 NC_080387.1:62312151-62312159promoter 内 2436-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62306415-62310594(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr04G002583 Chr04 NC_080390.1:41217469-41217477promoter 内 2423-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41211800-41215899(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
SmilChr01G005528 Chr01 NC_080387.1:72147375-72147383promoter 内 2414-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72142532-72145796(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTCGTACAA
SmilChr05G001768 Chr05 NC_080391.1:17391469-17391477promoter 内 2386-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17393084-17393548(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGAC
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