转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 135 / 149 下载 TSV

上一页 135 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002805 Chr03 NC_080389.1:44517529-44517539promoter 内 3287-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44518243-44519190(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr04G003695 Chr04 NC_080390.1:53332652-53332662promoter 内 3180-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53331770-53331841(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAG
SmilChr05G002179 Chr05 NC_080391.1:23237521-23237531promoter 内 3165-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23228756-23236695(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr05G000057 Chr05 NC_080391.1:268651-268661promoter 内 3122-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 269530-273117(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr01G003245 Chr01 NC_080387.1:51189523-51189533promoter 内 3063-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51190461-51192069(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr03G004739 Chr03 NC_080389.1:64526696-64526706promoter 内 3036-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64527661-64529468(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr01G005298 Chr01 NC_080387.1:70278930-70278940promoter 内 2997-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70279934-70281517(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr02G005222 Chr02 NC_080388.1:73431594-73431604promoter 内 2898-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73432697-73435402(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr02G004230 Chr02 NC_080388.1:64497419-64497429promoter 内 2806-2816 bp - 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64498614-64500758(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr01G004219 Chr01 NC_080387.1:60579622-60579632promoter 内 2648-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60576167-60578279(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAA
SmilChr01G001995 Chr01 NC_080387.1:35361124-35361134promoter 内 2644-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35362481-35367022(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr06G000214 Chr06 NC_080392.1:1429730-1429740promoter 内 2576-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1431155-1434387(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr06G000510 Chr06 NC_080392.1:4240123-4240133promoter 内 2522-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4233496-4238654(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr02G005567 Chr02 NC_080388.1:75578757-75578767promoter 内 2205-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75580553-75583002(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr03G001423 Chr03 NC_080389.1:16860429-16860439promoter 内 2189-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16857776-16858627(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAG
SmilChr05G000242 Chr05 NC_080391.1:1847967-1847977promoter 内 2147-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1849821-1852238(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr04G003624 Chr04 NC_080390.1:52733226-52733236promoter 内 2118-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52727709-52731353(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr03G000376 Chr03 NC_080389.1:4201396-4201406promoter 内 2116-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4203281-4204678(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr05G000092 Chr05 NC_080391.1:524020-524030promoter 内 2087-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 521443-522116(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr05G000148 Chr05 NC_080391.1:1213727-1213737promoter 内 2074-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1194552-1211810(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr05G000162 Chr05 NC_080391.1:1295607-1295617promoter 内 2061-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1290407-1293677(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr06G000435 Chr06 NC_080392.1:3571962-3571972promoter 内 1937-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3566917-3569908(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr03G002803 Chr03 NC_080389.1:44517529-44517539promoter 内 1931-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44513519-44515469(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr06G000511 Chr06 NC_080392.1:4240123-4240133promoter 内 1909-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4242215-4242634(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr01G005468 Chr01 NC_080387.1:71672936-71672946promoter 内 1900-1910 bp + 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71667769-71670845(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAA
SmilChr02G003419 Chr02 NC_080388.1:55418520-55418530promoter 内 1867-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55413708-55416396(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr05G000155 Chr05 NC_080391.1:1254842-1254852promoter 内 1810-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1250082-1252661(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr05G002131 Chr05 NC_080391.1:22409220-22409230promoter 内 1778-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22411443-22414041(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr01G001177 Chr01 NC_080387.1:23822539-23822549promoter 内 1724-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23824816-23825470(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr07G001095 Chr07 NC_080393.1:8070259-8070269promoter 内 1565-1575 bp + 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8062475-8067833(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr05G000161 Chr05 NC_080391.1:1290909-1290919promoter 内 1495-1505 bp - 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1285097-1288413(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr06G000437 Chr06 NC_080392.1:3571962-3571972promoter 内 1489-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3574474-3576521(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAA
SmilChr06G000512 Chr06 NC_080392.1:4240123-4240133promoter 内 1434-1444 bp - 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4242690-4243718(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr07G001748 Chr07 NC_080393.1:14819318-14819328promoter 内 1399-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14821920-14824006(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAA
SmilChr05G000156 Chr05 NC_080391.1:1260475-1260485promoter 内 1211-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1253918-1257695(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr02G003324 Chr02 NC_080388.1:54520987-54520997promoter 内 1181-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54514246-54518177(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr03G002966 Chr03 NC_080389.1:46411340-46411350promoter 内 1134-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46399994-46408483(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr02G001558 Chr02 NC_080388.1:28870023-28870033promoter 内 1059-1069 bp - 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28865728-28867091(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAG
SmilChr07G001679 Chr07 NC_080393.1:14231754-14231764promoter 内 1058-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14225656-14228821(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr05G000831 Chr05 NC_080391.1:6531184-6531194promoter 内 1016-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6534169-6537241(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr05G000352 Chr05 NC_080391.1:2631304-2631314promoter 内 973-983 bp + 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2634332-2635873(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr07G000938 Chr07 NC_080393.1:6700373-6700383promoter 内 965-975 bp + 3026 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6691886-6697347(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAA
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SmilChr02G001162 Chr02 NC_080388.1:21208387-21208397promoter 内 917-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 21211471-21212307(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr04G003557 Chr04 NC_080390.1:51950023-51950033promoter 内 846-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51953178-51959851(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr06G003278 Chr06 NC_080392.1:45358729-45358739promoter 内 753-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45353927-45355491(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13875109-13875119promoter 内 720-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr01G001553 Chr01 NC_080387.1:29520887-29520897promoter 内 698-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29514942-29517594(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr05G000150 Chr05 NC_080391.1:1224114-1224124promoter 内 695-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1220281-1220818(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29226872-29226882promoter 内 681-691 bp + 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29220885-29223562(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA