转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 136 / 138 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000344 Chr01 NC_080387.1:7013964-7013977promoter 内 3955-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7014010-7031591(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGTACCTAAAAAG
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73557276-73557289promoter 内 3915-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73557362-73558285(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006085 Chr01 NC_080387.1:76338209-76338222promoter 内 3915-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76338295-76339200(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006088 Chr01 NC_080387.1:76372147-76372160promoter 内 3915-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76372233-76373349(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006090 Chr01 NC_080387.1:76391343-76391356promoter 内 3915-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76391429-76392488(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006101 Chr01 NC_080387.1:76519324-76519337promoter 内 3915-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76519410-76520333(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006108 Chr01 NC_080387.1:76624838-76624851promoter 内 3915-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76624924-76625847(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G006143 Chr01 NC_080387.1:76924948-76924961promoter 内 3915-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76923983-76924875(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1419343-1419356promoter 内 3915-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1418005-1419270(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr03G000147 Chr03 NC_080389.1:1615443-1615456promoter 内 3915-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1614522-1615370(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr02G003205 Chr02 NC_080388.1:53184277-53184290promoter 内 3841-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53184437-53187017(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATACCTACAAGC
SmilChr01G004436 Chr01 NC_080387.1:62453255-62453268promoter 内 3776-3789 bp + 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62453480-62462374(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTTTTAGGTATCA
SmilChr01G006082 Chr01 NC_080387.1:76278692-76278705promoter 内 3763-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76278930-76279670(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr03G001357 Chr03 NC_080389.1:15942083-15942096promoter 内 3758-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15940801-15941853(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTTGGTATAA
SmilChr01G005738 Chr01 NC_080387.1:73506975-73506988promoter 内 3749-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73507227-73507982(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G005732 Chr01 NC_080387.1:73457635-73457648promoter 内 3742-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73457894-73458595(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G005743 Chr01 NC_080387.1:73534103-73534116promoter 内 3740-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73534364-73538552(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr01G005306 Chr01 NC_080387.1:70324518-70324531promoter 内 3736-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70324783-70325698(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAAAATAT
SmilChr02G000080 Chr02 NC_080388.1:1043070-1043083promoter 内 3731-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1043340-1053146(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTTGGTATAA
SmilChr02G000133 Chr02 NC_080388.1:1836447-1836460promoter 内 3710-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1825850-1836169(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTTGGTATAA
SmilChr02G004724 Chr02 NC_080388.1:69495045-69495058promoter 内 3539-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69495507-69496912(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATGA
SmilChr01G001227 Chr01 NC_080387.1:24555512-24555525promoter 内 3488-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24556025-24558788(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATTTTAGGTATTC
SmilChr02G001408 Chr02 NC_080388.1:26713116-26713129promoter 内 3450-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26713667-26715983(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTTGTAGGTATAT
SmilChr02G002910 Chr02 NC_080388.1:49407096-49407109promoter 内 3409-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49407688-49432281(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATGA
SmilChr02G003886 Chr02 NC_080388.1:60932992-60933005promoter 内 3296-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60928608-60932300(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATGA
SmilChr02G001333 Chr02 NC_080388.1:24784604-24784617promoter 内 3207-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24785398-24787724(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCATAACTAACTTT
SmilChr01G006057 Chr01 NC_080387.1:76033083-76033096promoter 内 3110-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76033974-76039301(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTACCTAAAGAT
SmilChr01G006077 Chr01 NC_080387.1:76211878-76211891promoter 内 2594-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76213285-76214871(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr02G003422 Chr02 NC_080388.1:55433911-55433924promoter 内 2541-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55428480-55432464(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTTGGTATAA
SmilChr03G001982 Chr03 NC_080389.1:28969404-28969417promoter 内 2497-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28963505-28967913(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTTGGTATAA
SmilChr01G001724 Chr01 NC_080387.1:32918733-32918746promoter 内 2389-2402 bp - 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31775044-32917134(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGTTATGA
SmilChr03G000903 Chr03 NC_080389.1:10328546-10328559promoter 内 2313-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10330234-10331421(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTTTAGGTACTT
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53184277-53184290promoter 内 2253-2266 bp - 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53180172-53182542(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCTTGTAGGTATGT
SmilChr01G006106 Chr01 NC_080387.1:76605427-76605440promoter 内 2077-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76607351-76608246(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GATTACCTAAATCC
SmilChr02G005168 Chr02 NC_080388.1:73005511-73005524promoter 内 1987-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73007525-73013228(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATTACCTAAAAAA
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