转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 137 / 137 下载 TSV

上一页 137 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002720 Chr08 NC_080394.1:26828308-26828322promoter 内 960-974 bp - 3027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26831349-26834139(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTTTCCACGTGGCT
SmilChr08G000165 Chr08 NC_080394.1:1123873-1123887promoter 内 865-879 bp - 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1115719-1120751(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCTCTAGC
SmilChr04G004035 Chr04 NC_080390.1:55596770-55596784promoter 内 853-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55591760-55593636(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGTTAGT
SmilChr05G000764 Chr05 NC_080391.1:5915731-5915745promoter 内 827-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5908617-5912571(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTACACGTCAGATTT
SmilChr06G001465 Chr06 NC_080392.1:15501453-15501467promoter 内 764-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15504690-15511861(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTCTCCACGTGGCG
SmilChr03G004565 Chr03 NC_080389.1:63576689-63576703promoter 内 758-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63579932-63587672(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAAGAGACGTGGAA
SmilChr06G001935 Chr06 NC_080392.1:23554167-23554181promoter 内 670-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 23557498-23560563(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTCTCCACGTGGCG
SmilChr08G004083 Chr08 NC_080394.1:49457442-49457456promoter 内 669-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49452628-49454124(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTTTCCACGTGGCT
SmilChr02G002105 Chr02 NC_080388.1:37735003-37735017promoter 内 645-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37727777-37731661(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGTGAGACGTGGAG
SmilChr05G001441 Chr05 NC_080391.1:13164236-13164250promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13158898-13160767(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCTCTTGA
SmilChr07G003899 Chr07 NC_080393.1:49033094-49033108promoter 内 509-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49036586-49042506(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACCACGTCGCCTAG
SmilChr03G003437 Chr03 NC_080389.1:52734850-52734864promoter 内 485-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52729843-52731348(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATCGATACGTGGCA
SmilChr07G002680 Chr07 NC_080393.1:26203309-26203323promoter 内 446-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26196979-26199768(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCGCACCACGTGGCC
SmilChr08G001624 Chr08 NC_080394.1:13437600-13437614promoter 内 410-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13441191-13444230(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAATAAC
SmilChr02G003659 Chr02 NC_080388.1:57961382-57961396promoter 内 343-357 bp + 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57965040-57967019(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGAAAGT
SmilChr01G001661 Chr01 NC_080387.1:30697868-30697882promoter 内 335-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30688649-30694216(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAAACTTT
SmilChr07G004655 Chr07 NC_080393.1:59429277-59429291promoter 内 320-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59422563-59425610(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTAACTCCC
SmilChr08G000065 Chr08 NC_080394.1:378505-378519promoter 内 312-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 371675-374830(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGTTGACGTGTCT
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40264674-40264688promoter 内 208-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40268467-40269588(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTTTCCACGTGGCT
SmilChr06G003204 Chr06 NC_080392.1:44881346-44881360promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44876099-44877553(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAAATAT
SmilChr01G001048 Chr01 NC_080387.1:21768663-21768677promoter 内 142-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21772522-21840439(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCACCGACGTGGCT
SmilChr01G004144 Chr01 NC_080387.1:59943701-59943715promoter 内 23-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59934933-59939737(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AACTGACACGTGGCT
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69515699-69515713promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 69512361-69515659(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGGGATGACGTGGTA
SmilChr06G002852 Chr06 NC_080392.1:41283809-41283823promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 41283889-41290921(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTATTCCTC
SmilChr08G001916 Chr08 NC_080394.1:16672865-16672879promoter 内 3862-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 16673004-16677098(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGACGACGTGGTA
SmilChr08G000309 Chr08 NC_080394.1:2166705-2166719promoter 内 3590-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2165418-2166308(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AACCACGTCAGCAAC
SmilChr03G003032 Chr03 NC_080389.1:47236912-47236926promoter 内 3203-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47231680-47236128(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATATTCACGTGGCC
SmilChr01G000369 Chr01 NC_080387.1:7621384-7621398promoter 内 2948-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7620268-7620345(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAGCAGTC
SmilChr08G001833 Chr08 NC_080394.1:15707288-15707302promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15706140-15706212(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTAAGGTTT
SmilChr05G003472 Chr05 NC_080391.1:46100226-46100240promoter 内 2863-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46101364-46103598(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTTGGCG
SmilChr05G001021 Chr05 NC_080391.1:8375150-8375164promoter 内 2832-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8371112-8373995(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTATTCTGT
SmilChr04G003826 Chr04 NC_080390.1:54362129-54362143promoter 内 2757-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54363373-54365077(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAATTTCG
SmilChr02G002503 Chr02 NC_080388.1:43531263-43531277promoter 内 2730-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 43528547-43530006(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCTTAGCT
SmilChr06G001779 Chr06 NC_080392.1:20825617-20825631promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20823688-20824324(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGCTGACCTGGAG
SmilChr05G001115 Chr05 NC_080391.1:9298843-9298857promoter 内 2641-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 9291872-9297497(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAATTGACGTGGCT
SmilChr01G003939 Chr01 NC_080387.1:57723079-57723093promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57724586-57724936(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCAATTCACGTGGCA
SmilChr05G000284 Chr05 NC_080391.1:2198782-2198796promoter 内 2435-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2193001-2197230(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGTT
SmilChr07G000804 Chr07 NC_080393.1:5652940-5652954promoter 内 2389-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5654552-5655199(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGACGACGTGGTG
SmilChr04G000083 Chr04 NC_080390.1:735778-735792promoter 内 2281-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 732895-734072(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGTT
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SmilChr08G002250 Chr08 NC_080394.1:20740164-20740178promoter 内 2200-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20737399-20738377(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAATTTCG
SmilChr02G001428 Chr02 NC_080388.1:26961854-26961868promoter 内 2142-2156 bp - 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 26957821-26960009(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTACACGTCACATGT
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SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69515699-69515713promoter 内 1503-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 69518197-69522787(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TACCACGTCATCCCA
SmilChr02G002504 Chr02 NC_080388.1:43531263-43531277promoter 内 1422-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 43533842-43537575(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCTAAGACGTGGCT
SmilChr08G000764 Chr08 NC_080394.1:5645870-5645884promoter 内 1401-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5640563-5643284(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGTGATACGTGGCG
SmilChr05G001632 Chr05 NC_080391.1:15250545-15250559promoter 内 806-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 15253740-15258311(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCTGTAAC
SmilChr05G003471 Chr05 NC_080391.1:46100226-46100240promoter 内 364-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46095987-46096603(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCAAGACGTGGCA