转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 137 / 141 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr08G001961 Chr08 NC_080394.1:17263819-17263833promoter 内 1845-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 17265975-17267865(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACACACCGACATGT
SmilChr01G002811 Chr01 NC_080387.1:46660771-46660785promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46660798-46662101(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GACAGTCGGTGGAAA
SmilChr04G001653 Chr04 NC_080390.1:27498630-27498644promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27498669-27521537(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTGTCGGTTGGTT
SmilChr01G002428 Chr01 NC_080387.1:41818086-41818100promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41818157-41820576(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACGTACCGACAACC
SmilChr08G003108 Chr08 NC_080394.1:31327885-31327899promoter 内 3922-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31325721-31327820(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGTAACAT
SmilChr07G000507 Chr07 NC_080393.1:3568665-3568679promoter 内 3916-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3565904-3568594(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCGACCGACATAT
SmilChr02G004539 Chr02 NC_080388.1:67964382-67964396promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67964505-67965669(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATAGTCGGTGGATA
SmilChr02G002076 Chr02 NC_080388.1:37351296-37351310promoter 内 3816-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37348170-37351125(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATATCACCGACTCCA
SmilChr03G004494 Chr03 NC_080389.1:63057994-63058008promoter 内 3795-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63053403-63057802(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr02G004888 Chr02 NC_080388.1:70944444-70944458promoter 内 3783-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70944662-70944734(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATTGTCGGCGTTAC
SmilChr01G003326 Chr01 NC_080387.1:51939433-51939447promoter 内 3782-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51939652-51942423(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAACGACCGACAGTT
SmilChr03G004477 Chr03 NC_080389.1:62878431-62878445promoter 内 3756-3770 bp + 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62874604-62878200(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22019258-22019272promoter 内 3718-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22019541-22023684(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AACACACCGACAAGA
SmilChr01G002399 Chr01 NC_080387.1:41331331-41331345promoter 内 3714-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41331618-41337151(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCGACCGACATAT
SmilChr06G003063 Chr06 NC_080392.1:43533828-43533842promoter 内 3705-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43532847-43533546(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCATTACCGACATCA
SmilChr04G000857 Chr04 NC_080390.1:10883219-10883233promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10880055-10882936(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATAAGTCGGTGGGCG
SmilChr05G000590 Chr05 NC_080391.1:4454803-4454817promoter 内 3678-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4455126-4457191(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTAATAA
SmilChr03G004474 Chr03 NC_080389.1:62866280-62866294promoter 内 3604-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62846032-62865897(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr03G004491 Chr03 NC_080389.1:63030728-63030742promoter 内 3582-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63027925-63030323(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr03G004484 Chr03 NC_080389.1:62956835-62956849promoter 内 3574-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62951952-62956422(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr02G003491 Chr02 NC_080388.1:56156384-56156398promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56156864-56158660(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGAGGTCGGTGGCTG
SmilChr02G003958 Chr02 NC_080388.1:61749481-61749495promoter 内 3448-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61746960-61748942(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTCGTTA
SmilChr02G000206 Chr02 NC_080388.1:2690012-2690026promoter 内 3352-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2690661-2692657(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGTACCAT
SmilChr06G002851 Chr06 NC_080392.1:41271254-41271268promoter 内 3344-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41264298-41270611(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTAGTCGGTGATAT
SmilChr02G000146 Chr02 NC_080388.1:1944587-1944601promoter 内 3149-3163 bp - 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1945439-1950272(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr03G001285 Chr03 NC_080389.1:15023120-15023134promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15023982-15027894(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGTGT
SmilChr07G003692 Chr07 NC_080393.1:44455180-44455194promoter 内 3116-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44449679-44454309(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACGTCGGTGATCA
SmilChr01G004943 Chr01 NC_080387.1:67543662-67543676promoter 内 3044-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67544619-67546930(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGGCACCGACTGTG
SmilChr03G004354 Chr03 NC_080389.1:61771956-61771970promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61769014-61771008(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTAGTCGGTGGGTA
SmilChr08G003362 Chr08 NC_080394.1:35109151-35109165promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 35110131-35114461(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCCACCGTCAACC
SmilChr04G003986 Chr04 NC_080390.1:55291801-55291815promoter 内 3002-3016 bp + 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55292800-55293908(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGCAACTG
SmilChr03G004355 Chr03 NC_080389.1:61771956-61771970promoter 内 2991-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61772966-61776806(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr03G004356 Chr03 NC_080389.1:61771956-61771970promoter 内 2960-2974 bp - 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61772997-61773938(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACCCACCGACTAAT
SmilChr07G004335 Chr07 NC_080393.1:55909852-55909866promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55910942-55915599(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGACGCCGACAAGT
SmilChr01G004586 Chr01 NC_080387.1:63888160-63888174promoter 内 2890-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63889271-63890999(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATTACCGACAATA
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