转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 138 / 148 下载 TSV

上一页 138 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000246 Chr04 NC_080390.1:2220815-2220828promoter 内 30-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2224786-2231203(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATAATGCACGTGG
SmilChr01G003060 Chr01 NC_080387.1:49485368-49485381promoter 内 21-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49489348-49493065(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAACCTACACGTGG
SmilChr01G005053 Chr01 NC_080387.1:68467388-68467401promoter 内 21-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68471368-68474383(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAACCTGCACGTGG
SmilChr05G003552 Chr05 NC_080391.1:47426426-47426439promoter 内 2502-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 47427925-47430061(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATTTACT
SmilChr02G002882 Chr02 NC_080388.1:49098763-49098776promoter 内 1606-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 49094072-49096381(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATAGCAA
SmilChr02G002978 Chr02 NC_080388.1:50331512-50331525promoter 内 1582-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 50333931-50336240(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATAGCAA
SmilChr08G000910 Chr08 NC_080394.1:6721188-6721201promoter 内 3986-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6721203-6725136(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATACATACACGTGG
SmilChr01G003588 Chr01 NC_080387.1:54430867-54430880promoter 内 3954-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54430914-54433917(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTGATAT
SmilChr03G001536 Chr03 NC_080389.1:19265847-19265860promoter 内 3816-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19261872-19265675(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGAATAC
SmilChr02G005368 Chr02 NC_080388.1:74372078-74372091promoter 内 3807-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74368868-74371897(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAAAATTCACGTGC
SmilChr02G003678 Chr02 NC_080388.1:58157115-58157128promoter 内 3795-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58147251-58156922(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAAAATTCACGTGC
SmilChr04G002459 Chr04 NC_080390.1:39413173-39413186promoter 内 3782-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39412281-39412967(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGAATCACGTGA
SmilChr04G003544 Chr04 NC_080390.1:51800573-51800586promoter 内 3744-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51798806-51800329(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATTCACG
SmilChr04G000465 Chr04 NC_080390.1:4966502-4966515promoter 内 3703-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4958936-4966217(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGACTATCACGTGA
SmilChr02G001912 Chr02 NC_080388.1:34421599-34421612promoter 内 3699-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34419529-34421310(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTTTATACACGTGG
SmilChr01G004190 Chr01 NC_080387.1:60364674-60364687promoter 内 3693-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60364982-60367666(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCTCCTCACGTGT
SmilChr01G006038 Chr01 NC_080387.1:75882195-75882208promoter 内 3653-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75882543-75886160(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTCAGTCACGTGT
SmilChr02G005136 Chr02 NC_080388.1:72798675-72798688promoter 内 3608-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72795106-72798295(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAGAGTA
SmilChr06G003163 Chr06 NC_080392.1:44595536-44595549promoter 内 3380-3393 bp - 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44596157-44597939(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATGAACT
SmilChr04G002043 Chr04 NC_080390.1:33152493-33152506promoter 内 3336-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33148031-33151841(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAACATCACGTGC
SmilChr04G000449 Chr04 NC_080390.1:4761735-4761748promoter 内 3289-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4759286-4761036(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTTTTA
SmilChr05G000213 Chr05 NC_080391.1:1675721-1675734promoter 内 3264-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1676458-1706369(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATATCCTCACGTGA
SmilChr08G001527 Chr08 NC_080394.1:12436837-12436850promoter 内 3190-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12437648-12441215(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAACTTCACGTGT
SmilChr03G000077 Chr03 NC_080389.1:934613-934626promoter 内 3173-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 935441-943382(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAAGTTTT
SmilChr06G002902 Chr06 NC_080392.1:41835428-41835441promoter 内 3172-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 41831685-41834612(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTTTTCTCACGTGG
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20505201-20505214promoter 内 3138-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20506064-20515359(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAATGTGCACGTGG
SmilChr05G000812 Chr05 NC_080391.1:6333878-6333891promoter 内 3101-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6334778-6336611(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACATTTCACGTGA
SmilChr04G003012 Chr04 NC_080390.1:46520557-46520570promoter 内 3096-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46518724-46519665(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATTTTA
SmilChr05G000212 Chr05 NC_080391.1:1675721-1675734promoter 内 3078-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1672779-1674811(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGGATAT
SmilChr01G005760 Chr01 NC_080387.1:73702700-73702713promoter 内 3071-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73700573-73701783(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCACATTT
SmilChr01G001281 Chr01 NC_080387.1:25595823-25595836promoter 内 3043-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25596781-25598648(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTAGCA
SmilChr02G005392 Chr02 NC_080388.1:74536016-74536029promoter 内 3043-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74532819-74535071(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAATGATCACGTGG
SmilChr03G004294 Chr03 NC_080389.1:61346137-61346150promoter 内 3025-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61347113-61350884(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATGAACT
SmilChr04G000191 Chr04 NC_080390.1:1701332-1701345promoter 内 2982-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1702351-1705399(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAATATCACGTGT
SmilChr04G003204 Chr04 NC_080390.1:48877074-48877087promoter 内 2935-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48878140-48878934(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATTTTA
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