转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 141 / 149 下载 TSV

上一页 141 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001079 Chr01 NC_080387.1:22234638-22234648promoter 内 891-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22226648-22231538(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr01G001535 Chr01 NC_080387.1:29382556-29382566promoter 内 866-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29378010-29379431(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr02G004766 Chr02 NC_080388.1:69834818-69834828promoter 内 778-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69838041-69843112(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr01G004845 Chr01 NC_080387.1:66599100-66599110promoter 内 716-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66589666-66595825(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr02G004070 Chr02 NC_080388.1:62990943-62990953promoter 内 700-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62985067-62987652(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr02G000949 Chr02 NC_080388.1:16498372-16498382promoter 内 573-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16501800-16512624(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr06G003211 Chr06 NC_080392.1:44906348-44906358promoter 内 471-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44909878-44911331(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr06G003220 Chr06 NC_080392.1:44955436-44955446promoter 内 471-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44958966-44960329(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr05G002761 Chr05 NC_080391.1:31952433-31952443promoter 内 448-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31955986-31958634(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr05G002093 Chr05 NC_080391.1:21893108-21893118promoter 内 400-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21896709-21898902(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr03G000012 Chr03 NC_080389.1:110038-110048promoter 内 317-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 113722-128260(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr01G005882 Chr01 NC_080387.1:74760590-74760600promoter 内 278-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74749569-74756877(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr01G003483 Chr01 NC_080387.1:53375586-53375596promoter 内 197-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 53379390-53379461(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr06G003269 Chr06 NC_080392.1:45302184-45302194promoter 内 171-181 bp + 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45306014-45307069(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr02G003184 Chr02 NC_080388.1:52982334-52982344promoter 内 88-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52986247-52990483(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr01G003417 Chr01 NC_080387.1:52799476-52799486promoter 内 57-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 52803420-52803491(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr02G001783 Chr02 NC_080388.1:32608961-32608971promoter 内 3867-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 32609095-32611523(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr01G003866 Chr01 NC_080387.1:56902358-56902368promoter 内 3816-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 56902543-56911371(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAT
SmilChr02G004598 Chr02 NC_080388.1:68509221-68509231promoter 内 3816-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 68500176-68509046(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAT
SmilChr05G000488 Chr05 NC_080391.1:3813722-3813732promoter 内 3816-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 3813907-3822764(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAT
SmilChr05G001470 Chr05 NC_080391.1:13491001-13491011promoter 内 3816-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 13481966-13490826(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAT
SmilChr07G001718 Chr07 NC_080393.1:14609079-14609089promoter 内 3773-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 14600102-14608861(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAT
SmilChr02G001782 Chr02 NC_080388.1:32608961-32608971promoter 内 2787-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 32606308-32607757(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr06G001524 Chr06 NC_080392.1:16429840-16429850promoter 内 2570-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 16431271-16432656(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TACAGCTGTAT
SmilChr02G003978 Chr02 NC_080388.1:62035195-62035205promoter 内 2361-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 62036835-62048554(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr02G000597 Chr02 NC_080388.1:8605176-8605186promoter 内 948-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 8608229-8609444(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr02G001784 Chr02 NC_080388.1:32608961-32608971promoter 内 623-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 2 32612339-32619547(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr01G003802 Chr01 NC_080387.1:56406802-56406812promoter 内 3973-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56402452-56406784(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr01G003872 Chr01 NC_080387.1:56969242-56969252promoter 内 3972-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56969271-56973593(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr05G002063 Chr05 NC_080391.1:21498868-21498878promoter 内 3968-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21498901-21501328(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr07G003060 Chr07 NC_080393.1:31988226-31988236promoter 内 3843-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 31988384-31990044(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr07G003062 Chr07 NC_080393.1:32012428-32012438promoter 内 3843-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 32012586-32014209(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr04G000022 Chr04 NC_080390.1:255490-255500promoter 内 3840-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 255651-258098(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr05G002047 Chr05 NC_080391.1:21288582-21288592promoter 内 3823-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21288760-21292660(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr04G003110 Chr04 NC_080390.1:47650205-47650215promoter 内 3739-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47649000-47649953(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr04G000883 Chr04 NC_080390.1:11265631-11265641promoter 内 3707-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 11265925-11267310(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr06G001297 Chr06 NC_080392.1:13521970-13521980promoter 内 3602-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 13504616-13521581(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr06G001399 Chr06 NC_080392.1:14627982-14627992promoter 内 3392-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14628591-14630720(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr05G000898 Chr05 NC_080391.1:7105138-7105148promoter 内 3341-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7105798-7107220(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr05G000963 Chr05 NC_080391.1:7774066-7774076promoter 内 3331-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7774736-7776203(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr04G002820 Chr04 NC_080390.1:44263268-44263278promoter 内 3269-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 44261676-44262546(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGA
SmilChr02G004739 Chr02 NC_080388.1:69591942-69591952promoter 内 3254-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 69592689-69597641(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCC
SmilChr07G000198 Chr07 NC_080393.1:1279629-1279639promoter 内 3093-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 1249307-1278731(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr01G000930 Chr01 NC_080387.1:19682223-19682233promoter 内 2925-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19677595-19681157(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr02G001209 Chr02 NC_080388.1:22252155-22252165promoter 内 2898-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 22253258-22253737(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAT
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38948164-38948174promoter 内 2852-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAT
SmilChr05G002693 Chr05 NC_080391.1:30649051-30649061promoter 内 2841-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30645278-30647901(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCT
SmilChr05G003532 Chr05 NC_080391.1:47184698-47184708promoter 内 2827-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47185872-47186684(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCT
SmilChr02G004189 Chr02 NC_080388.1:64221491-64221501promoter 内 2585-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 64203209-64220085(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAA
SmilChr04G002297 Chr04 NC_080390.1:37229613-37229623promoter 内 2553-2563 bp - 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37224694-37228175(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATCAGCTGTAC