转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 143 / 167 下载 TSV

上一页 143 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004215 Chr05 NC_080391.1:56047094-56047103promoter 内 666-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 56041046-56043768(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GACGATACGG
SmilChr05G002348 Chr05 NC_080391.1:25458802-25458811promoter 内 414-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25462389-25464809(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCGTC
SmilChr04G002050 Chr04 NC_080390.1:33244159-33244168promoter 内 287-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 33237429-33240454(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GACGATACGG
SmilChr04G000005 Chr04 NC_080390.1:87047-87056promoter 内 90-99 bp - 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 80344-83145(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GACGATACGG
SmilChr03G004273 Chr03 NC_080389.1:61185460-61185469promoter 内 27-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61189434-61194104(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GACGATACGG
SmilChr04G002352 Chr04 NC_080390.1:37955277-37955286promoter 内 3954-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 37952484-37955239(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr01G004439 Chr01 NC_080387.1:62475482-62475491promoter 内 3681-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 62475802-62476465(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr01G004884 Chr01 NC_080387.1:66909259-66909268promoter 内 3424-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 66909836-66914661(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr02G005462 Chr02 NC_080388.1:74928432-74928441promoter 内 1707-1716 bp + 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 74921594-74926147(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr06G002818 Chr06 NC_080392.1:40886876-40886885promoter 内 1114-1123 bp + 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 40889763-40891162(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr06G000908 Chr06 NC_080392.1:8556236-8556245promoter 内 454-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 8559783-8565456(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr06G000903 Chr06 NC_080392.1:8511848-8511857promoter 内 423-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 8502533-8508279(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr08G004935 Chr08 NC_080394.1:58252122-58252131promoter 内 3961-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58251741-58252091(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr08G002712 Chr08 NC_080394.1:26711757-26711766promoter 内 3898-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26711860-26714921(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr06G000709 Chr06 NC_080392.1:6392898-6392907promoter 内 3881-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6393018-6396074(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr02G004465 Chr02 NC_080388.1:67063549-67063558promoter 内 3810-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 67063740-67063813(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr07G003832 Chr07 NC_080393.1:47424999-47425008promoter 内 3798-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47425202-47439274(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57523318-57523327promoter 内 3789-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57523530-57524994(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr08G001687 Chr08 NC_080394.1:14091661-14091670promoter 内 3775-3784 bp - 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14091887-14092844(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr08G002711 Chr08 NC_080394.1:26711757-26711766promoter 内 3613-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26709513-26711378(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr01G003018 Chr01 NC_080387.1:49207525-49207534promoter 内 3590-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49203621-49207123(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr04G001236 Chr04 NC_080390.1:19398763-19398772promoter 内 3589-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19384480-19398360(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr03G000472 Chr03 NC_080389.1:5029215-5029224promoter 内 3429-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5029787-5032748(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr02G002131 Chr02 NC_080388.1:38152614-38152623promoter 内 3416-3425 bp - 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38153199-38200690(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr07G003945 Chr07 NC_080393.1:49859411-49859420promoter 内 3379-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49857708-49858798(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr08G001391 Chr08 NC_080394.1:11135284-11135293promoter 内 3378-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 11135907-11136495(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr03G000471 Chr03 NC_080389.1:5029215-5029224promoter 内 3319-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5025100-5028542(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr03G004297 Chr03 NC_080389.1:61376980-61376989promoter 内 3140-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 61373556-61376128(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr07G002205 Chr07 NC_080393.1:20303685-20303694promoter 内 3127-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 20300003-20302820(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
SmilChr01G003786 Chr01 NC_080387.1:56257423-56257432promoter 内 3096-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56258328-56262030(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr02G001873 Chr02 NC_080388.1:34015397-34015406promoter 内 3087-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34016311-34021212(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr05G002836 Chr05 NC_080391.1:33682084-33682093promoter 内 3012-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33678786-33681104(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr03G000181 Chr03 NC_080389.1:1945367-1945376promoter 内 2855-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1938732-1944230(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr05G002473 Chr05 NC_080391.1:27235680-27235689promoter 内 2814-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27230840-27234502(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr02G002035 Chr02 NC_080388.1:36633480-36633489promoter 内 2808-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36631646-36632296(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGT
SmilChr03G003512 Chr03 NC_080389.1:53728730-53728739promoter 内 2781-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53721573-53727519(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTAG
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