转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 145 / 149 下载 TSV

上一页 145 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004493 Chr03 NC_080389.1:63049780-63049794promoter 内 2747-2761 bp + 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63045233-63048540(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAGGCCT
SmilChr04G002707 Chr04 NC_080390.1:42672222-42672236promoter 内 2721-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42673502-42677484(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAGTGGATAATTTA
SmilChr01G000518 Chr01 NC_080387.1:10620527-10620541promoter 内 2711-2725 bp + 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10621817-10621901(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCATTGC
SmilChr02G005168 Chr02 NC_080388.1:73006229-73006243promoter 内 2705-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73007525-73013228(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr02G003882 Chr02 NC_080388.1:60883324-60883338promoter 内 2682-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60884643-60885246(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAGGCCT
SmilChr02G003271 Chr02 NC_080388.1:53979438-53979452promoter 内 2668-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53975839-53978119(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATGTTTATCCAATTA
SmilChr04G001885 Chr04 NC_080390.1:30793926-30793940promoter 内 2667-2681 bp - 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30795260-30796475(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTGCAGATAAGGTA
SmilChr04G003460 Chr04 NC_080390.1:51072603-51072617promoter 内 2646-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51073958-51079592(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCTTTATCCACTCA
SmilChr03G002609 Chr03 NC_080389.1:41501572-41501586promoter 内 2609-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41500089-41500194(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAAAGGATAAGTCA
SmilChr04G000945 Chr04 NC_080390.1:12515006-12515020promoter 内 2555-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12503272-12513574(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCATACA
SmilChr04G002623 Chr04 NC_080390.1:41640415-41640429promoter 内 2525-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41638882-41638953(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAACCTATCCATATC
SmilChr01G005060 Chr01 NC_080387.1:68516362-68516376promoter 内 2499-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68517864-68519444(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr03G002765 Chr03 NC_080389.1:43946778-43946792promoter 内 2495-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43948284-43949415(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAATCCA
SmilChr02G000091 Chr02 NC_080388.1:1180330-1180344promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1177467-1178837(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCAATAAT
SmilChr02G003299 Chr02 NC_080388.1:54279918-54279932promoter 内 2483-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54252125-54278414(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCCTTATCTATAGG
SmilChr04G001461 Chr04 NC_080390.1:24028226-24028240promoter 内 2466-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24023750-24026705(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACGTTATCCAGTGC
SmilChr01G002418 Chr01 NC_080387.1:41622006-41622020promoter 内 2460-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 41617606-41620479(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAGTGGATAATTTA
SmilChr04G003162 Chr04 NC_080390.1:48256149-48256163promoter 内 2444-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48250081-48254606(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTTATCCAAATG
SmilChr02G004506 Chr02 NC_080388.1:67604122-67604136promoter 内 2378-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67601581-67602513(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCAAACA
SmilChr04G003136 Chr04 NC_080390.1:47955559-47955573promoter 内 2364-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47951279-47953936(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAATTAT
SmilChr04G002871 Chr04 NC_080390.1:44835557-44835571promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44828995-44833853(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCACTAG
SmilChr01G003624 Chr01 NC_080387.1:54796409-54796423promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54798147-54802830(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTTTTATCCAAAAA
SmilChr02G004567 Chr02 NC_080388.1:68186087-68186101promoter 内 2234-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68187854-68194128(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATGTTTATCCAATAA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72430014-72430028promoter 内 2212-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATGGATAGGCTG
SmilChr01G002251 Chr01 NC_080387.1:39130328-39130342promoter 内 2211-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39132118-39133736(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr02G000380 Chr02 NC_080388.1:4774057-4774071promoter 内 2205-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4770260-4772275(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr02G004507 Chr02 NC_080388.1:67604122-67604136promoter 内 2194-2208 bp - 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67605929-67611060(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTTTGGATAATTTA
SmilChr03G003412 Chr03 NC_080389.1:52461767-52461781promoter 内 2185-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52458654-52459965(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCACTAG
SmilChr03G004473 Chr03 NC_080389.1:62838052-62838066promoter 内 2159-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62832482-62836224(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAATCCA
SmilChr04G003563 Chr04 NC_080390.1:51994147-51994161promoter 内 2154-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51995994-51996069(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAATTAA
SmilChr01G003476 Chr01 NC_080387.1:53309986-53310000promoter 内 2110-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53305459-53308109(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAAAT
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52759669-52759683promoter 内 2104-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAAAT
SmilChr01G001052 Chr01 NC_080387.1:21857520-21857534promoter 内 2097-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21854656-21855630(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAGTGGATAATTTA
SmilChr01G003216 Chr01 NC_080387.1:50948494-50948508promoter 内 2097-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50942992-50946604(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATGAGTAT
SmilChr01G003641 Chr01 NC_080387.1:54913059-54913073promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54914976-54919283(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTTTTATCCAAAAA
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