转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 147 / 151 下载 TSV

上一页 147 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G003850 Chr02 NC_080388.1:60264819-60264831promoter 内 142-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 60258727-60260972(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTAT
SmilChr03G003834 Chr03 NC_080389.1:57490511-57490523promoter 内 68-80 bp - 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57481259-57486590(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACACCC
SmilChr01G002332 Chr01 NC_080387.1:40466309-40466321promoter 内 24-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40470286-40471841(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACACCC
SmilChr01G000947 Chr01 NC_080387.1:20048964-20048976promoter 内 21-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20052944-20053937(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAAAGTG
SmilChr03G002292 Chr03 NC_080389.1:36109395-36109407promoter 内 3937-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 36108362-36109343(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACAATT
SmilChr05G001952 Chr05 NC_080391.1:19882806-19882818promoter 内 3929-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19879380-19882746(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGCAATAGGTAAA
SmilChr01G005736 Chr01 NC_080387.1:73489140-73489152promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73489225-73490124(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73557277-73557289promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73557362-73558285(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006079 Chr01 NC_080387.1:76236807-76236819promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76236892-76237794(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006085 Chr01 NC_080387.1:76338210-76338222promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76338295-76339200(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006088 Chr01 NC_080387.1:76372148-76372160promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76372233-76373349(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006090 Chr01 NC_080387.1:76391344-76391356promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76391429-76392488(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006101 Chr01 NC_080387.1:76519325-76519337promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76519410-76520333(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006108 Chr01 NC_080387.1:76624839-76624851promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76624924-76625847(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006117 Chr01 NC_080387.1:76701780-76701792promoter 内 3916-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76701865-76702674(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G006143 Chr01 NC_080387.1:76924948-76924960promoter 内 3916-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76923983-76924875(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1419343-1419355promoter 内 3916-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1418005-1419270(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr03G000147 Chr03 NC_080389.1:1615443-1615455promoter 内 3916-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1614522-1615370(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33661101-33661113promoter 内 3891-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33657329-33661003(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTAATAGGTAAA
SmilChr01G002953 Chr01 NC_080387.1:48402015-48402027promoter 内 3883-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48402133-48404640(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCGGTAGGTGTT
SmilChr04G004137 Chr04 NC_080390.1:56173449-56173461promoter 内 3876-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56171864-56173336(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGTAGGTTTG
SmilChr01G000645 Chr01 NC_080387.1:14439755-14439767promoter 内 3817-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14439939-14443084(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTGGTAGGTGTT
SmilChr02G000340 Chr02 NC_080388.1:4387322-4387334promoter 内 3792-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4387531-4388307(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G005690 Chr01 NC_080387.1:73185845-73185857promoter 内 3778-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73184226-73185634(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAACCTACCTGT
SmilChr01G006082 Chr01 NC_080387.1:76278693-76278705promoter 内 3764-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 76278930-76279670(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G005738 Chr01 NC_080387.1:73506976-73506988promoter 内 3750-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73507227-73507982(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G005732 Chr01 NC_080387.1:73457636-73457648promoter 内 3743-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73457894-73458595(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr01G005743 Chr01 NC_080387.1:73534104-73534116promoter 内 3741-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73534364-73538552(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69888393-69888405promoter 内 3728-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69880677-69888132(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAACCTACCTCA
SmilChr04G000649 Chr04 NC_080390.1:7346300-7346312promoter 内 3719-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7346582-7347817(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACAGCT
SmilChr05G001052 Chr05 NC_080391.1:8717056-8717068promoter 内 3704-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8717353-8718455(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCGGTAGGTTTG
SmilChr01G005826 Chr01 NC_080387.1:74262397-74262409promoter 内 3604-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74262794-74267868(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAAATCC
SmilChr02G001939 Chr02 NC_080388.1:34837518-34837530promoter 内 3544-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34837975-34841390(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGTAATAGGTAAA
SmilChr01G000644 Chr01 NC_080387.1:14439755-14439767promoter 内 3426-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14438069-14439192(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCAAA
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47321378-47321390promoter 内 3386-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47321993-47324609(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CAAACCTACCGCC
SmilChr01G004591 Chr01 NC_080387.1:63918923-63918935promoter 内 3174-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63914506-63918108(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AACACCTACCAAA
SmilChr04G002342 Chr04 NC_080390.1:37772885-37772897promoter 内 3154-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37770578-37772050(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAATTTAGGTAAT
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SmilChr02G003203 Chr02 NC_080388.1:53179977-53179989promoter 内 2716-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53172772-53178704(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCTCCG
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