转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 15 / 126 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002694 Chr04 NC_080390.1:42380887-42380901promoter 内 1339-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 42376747-42378239(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCTGCCCACGTGGCA
SmilChr08G002226 Chr08 NC_080394.1:20315650-20315664promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 20309153-20312917(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACGC
SmilChr05G003187 Chr05 NC_080391.1:40779550-40779564promoter 内 1140-1154 bp + 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40775798-40776703(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACGC
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55339735-55339749promoter 内 867-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 55342869-55345759(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCGGACACGTGGCG
SmilChr07G001601 Chr07 NC_080393.1:13365989-13366003promoter 内 766-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 13369224-13370279(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCGTGACACGTGGCA
SmilChr05G003309 Chr05 NC_080391.1:43346418-43346432promoter 内 739-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 43349680-43350075(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACGC
SmilChr05G003183 Chr05 NC_080391.1:40737081-40737095promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40740854-40741900(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACGC
SmilChr06G002165 Chr06 NC_080392.1:29786717-29786731promoter 内 2255-2269 bp + 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 4 29788463-29789267(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATAGCTGACGTGGCA
SmilChr06G002418 Chr06 NC_080392.1:34927168-34927182promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 34929422-34930033(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGTGGTCACGTGGCT
SmilChr04G002683 Chr04 NC_080390.1:42279712-42279726promoter 内 1710-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 42275407-42277435(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr03G001651 Chr03 NC_080389.1:21453758-21453772promoter 内 1255-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 21449896-21451026(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAGCAGC
SmilChr01G005693 Chr01 NC_080387.1:73209337-73209351promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 73205725-73209304(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCCGTT
SmilChr04G003551 Chr04 NC_080390.1:51866826-51866840promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 51863397-51866745(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATAGCTGACGTGGCA
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34087241-34087255promoter 内 3221-3235 bp + 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 34081061-34086475(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr04G000064 Chr04 NC_080390.1:575647-575661promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 576471-586022(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGGCCGAC
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34087241-34087255promoter 内 2861-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 34085428-34086115(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr04G001673 Chr04 NC_080390.1:27689888-27689902promoter 内 2634-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 27691255-27692211(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr01G002646 Chr01 NC_080387.1:44770371-44770385promoter 内 2608-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 44771764-44773241(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr08G003345 Chr08 NC_080394.1:34810492-34810506promoter 内 2603-2617 bp - 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 34811890-34815485(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGCTTCT
SmilChr01G001898 Chr01 NC_080387.1:34088513-34088527promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 34089976-34090299(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr01G001856 Chr01 NC_080387.1:33515398-33515412promoter 内 1310-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 33511321-33512721(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr07G000718 Chr07 NC_080393.1:4999982-4999996promoter 内 1107-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 4994990-4997102(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCGCCGCC
SmilChr04G001672 Chr04 NC_080390.1:27689888-27689902promoter 内 895-909 bp - 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 27685651-27686796(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr03G002745 Chr03 NC_080389.1:43631731-43631745promoter 内 720-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 43610234-43628464(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr05G003526 Chr05 NC_080391.1:47138047-47138061promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 47138120-47141715(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr03G004193 Chr03 NC_080389.1:60600505-60600519promoter 内 3904-3918 bp + 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 60600602-60602509(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATTGCCGACGTGGCA
SmilChr03G003237 Chr03 NC_080389.1:50272609-50272623promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50272795-50275365(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATCATA
SmilChr02G001441 Chr02 NC_080388.1:27102347-27102361promoter 内 3783-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 27099113-27102143(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25060484-25060498promoter 内 3768-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 25053188-25060265(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCACAA
SmilChr02G003242 Chr02 NC_080388.1:53699371-53699385promoter 内 3670-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 53699702-53702986(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCATAA
SmilChr06G002780 Chr06 NC_080392.1:40489341-40489355promoter 内 3658-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 40489684-40492660(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATAGCTGACGTGGCA
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35342878-35342892promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTCAGCT
SmilChr05G002311 Chr05 NC_080391.1:24941905-24941919promoter 内 3398-3412 bp - 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 24938870-24941316(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr01G000805 Chr01 NC_080387.1:17424020-17424034promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 17424742-17427727(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTGTGACACGTGGCA
SmilChr01G005529 Chr01 NC_080387.1:72153919-72153933promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 72149820-72153033(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAGGGACACGTGGCC
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