转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 15 / 138 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005396 Chr01 NC_080387.1:71232554-71232566promoter 内 3404-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 71233151-71233672(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAACGTG
SmilChr02G005325 Chr02 NC_080388.1:74116161-74116173promoter 内 2663-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 74117499-74118391(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr01G002210 Chr01 NC_080387.1:38428018-38428030promoter 内 2582-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 38429437-38430229(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAGGTCAACGAC
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7892018-7892030promoter 内 2242-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 7893777-7896454(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCGCC
SmilChr03G001698 Chr03 NC_080389.1:22519919-22519931promoter 内 2005-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 22521915-22522502(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACCTCC
SmilChr03G001696 Chr03 NC_080389.1:22519919-22519931promoter 内 2002-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 22514800-22517932(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCT
SmilChr01G000273 Chr01 NC_080387.1:5440854-5440866promoter 内 1797-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 5443058-5444817(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGT
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57222977-57222989promoter 内 1155-1167 bp + 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 57225823-57234347(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCTCC
SmilChr02G001614 Chr02 NC_080388.1:30053545-30053557promoter 内 1128-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 30056418-30063132(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGGTCAACGCG
SmilChr02G000201 Chr02 NC_080388.1:2583474-2583486promoter 内 1019-1031 bp - 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 2586456-2586910(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2583474-2583486promoter 内 993-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 2578649-2580478(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACTGAT
SmilChr02G005323 Chr02 NC_080388.1:74116161-74116173promoter 内 868-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 74110219-74113040(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACTGAT
SmilChr02G000343 Chr02 NC_080388.1:4467006-4467018promoter 内 800-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 4470207-4470950(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTAAA
SmilChr03G002018 Chr03 NC_080389.1:30188386-30188398promoter 内 780-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 30191607-30194001(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTCAG
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16829346-16829358promoter 内 757-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 16832590-16834140(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACTGAT
SmilChr01G002209 Chr01 NC_080387.1:38428018-38428030promoter 内 640-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 38418887-38424669(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACCTCT
SmilChr01G005397 Chr01 NC_080387.1:71232554-71232566promoter 内 478-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 71236077-71238633(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAACGTG
SmilChr02G000538 Chr02 NC_080388.1:7417021-7417033promoter 内 291-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 7412355-7413323(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGGTCAACGGT
SmilChr02G003367 Chr02 NC_080388.1:54799546-54799558promoter 内 197-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 54788150-54795754(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGGTCAACGTT
SmilChr01G001675 Chr01 NC_080387.1:30898960-30898972promoter 内 122-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 30902839-30904718(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACCTAT
SmilChr01G004946 Chr01 NC_080387.1:67558769-67558781promoter 内 3856-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 67555120-67558636(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCGTTGACTACA
SmilChr03G002692 Chr03 NC_080389.1:42870095-42870107promoter 内 3588-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 42868532-42869694(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGT
SmilChr03G001697 Chr03 NC_080389.1:22519919-22519931promoter 内 3430-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 22520490-22521910(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACCTCC
SmilChr01G000899 Chr01 NC_080387.1:19059571-19059583promoter 内 3414-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 19060158-19062455(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGGTCAACGTT
SmilChr03G001415 Chr03 NC_080389.1:16798986-16798998promoter 内 3390-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16797549-16798387(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACTAGA
SmilChr02G000772 Chr02 NC_080388.1:12680784-12680796promoter 内 3207-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 12678524-12680002(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr03G002392 Chr03 NC_080389.1:37868910-37868922promoter 内 3162-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 37867241-37868083(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr01G001367 Chr01 NC_080387.1:27028162-27028174promoter 内 3127-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 27029036-27032467(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACGAA
SmilChr03G001678 Chr03 NC_080389.1:22049525-22049537promoter 内 2996-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 22032539-22048532(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTCAG
SmilChr03G001502 Chr03 NC_080389.1:18365414-18365426promoter 内 2983-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 18366432-18367359(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGT
SmilChr03G003558 Chr03 NC_080389.1:54237086-54237098promoter 内 2973-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54234924-54236070(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACTCTA
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958118-31958130promoter 内 2965-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr01G004903 Chr01 NC_080387.1:67095556-67095568promoter 内 2845-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 67092391-67094412(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCAAC
SmilChr01G002361 Chr01 NC_080387.1:40776456-40776468promoter 内 2741-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 40773331-40775208(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACGAA
SmilChr02G000952 Chr02 NC_080388.1:16561383-16561395promoter 内 2653-2665 bp - 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16562731-16563586(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr02G003377 Chr02 NC_080388.1:54910630-54910642promoter 内 2614-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54912017-54912922(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr02G000555 Chr02 NC_080388.1:7815241-7815253promoter 内 2603-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 7816639-7818312(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAACGTG
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