转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G001094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021820-RA_Salv SmilChr04G001094 WRKY XP_057804404.1 MP00408 AGCGTTGACTTTT

可能结合的靶基因

9902 个结合位点 8149 个候选靶基因 第 158 / 163 下载 TSV

上一页 158 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002781 Chr04 NC_080390.1:43613008-43613020promoter 内 878-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43608121-43609897(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATAGTCAACCTG
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971648-5971660promoter 内 826-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCCGTTGACCCGC
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40285933-40285945promoter 内 822-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAAGTCAACACA
SmilChr07G000432 Chr07 NC_080393.1:3029503-3029515promoter 内 821-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3024968-3026335(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGATGTCAACGGC
SmilChr06G002786 Chr06 NC_080392.1:40532838-40532850promoter 内 819-831 bp + 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40525695-40529668(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTAGTCAACTCT
SmilChr03G004643 Chr03 NC_080389.1:64011774-64011786promoter 内 807-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64007152-64008592(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAAGTCAACTAA
SmilChr01G005050 Chr01 NC_080387.1:68444615-68444627promoter 内 802-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68447814-68451121(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAGTTGACTGTT
SmilChr06G001506 Chr06 NC_080392.1:16096076-16096088promoter 内 794-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16090638-16092881(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACTAGTCAACCGG
SmilChr04G000752 Chr04 NC_080390.1:9228775-9228787promoter 内 788-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9217409-9225574(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GATAGTCAACCTG
SmilChr04G002376 Chr04 NC_080390.1:38278844-38278856promoter 内 766-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38263081-38275621(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCGGTTGACTAGT
SmilChr02G003813 Chr02 NC_080388.1:59759164-59759176promoter 内 760-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59753881-59755935(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGAGTTGACTAAG
SmilChr08G002389 Chr08 NC_080394.1:22649355-22649367promoter 内 745-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22652611-22657883(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATGAGTCAACCGT
SmilChr03G004158 Chr03 NC_080389.1:60359207-60359219promoter 内 720-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60362488-60378219(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACTAGTCAACCGG
SmilChr07G003682 Chr07 NC_080393.1:44276995-44277007promoter 内 720-732 bp + 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44280276-44280381(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACGTTGACCAAG
SmilChr06G002284 Chr06 NC_080392.1:32863079-32863091promoter 内 717-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32859702-32859807(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CACGTTGACCAAG
SmilChr03G001009 Chr03 NC_080389.1:11569063-11569075promoter 内 712-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11572352-11573228(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ACGAGTCAACCCT
SmilChr02G005126 Chr02 NC_080388.1:72730627-72730639promoter 内 696-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72733932-72743060(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGTGTTGACTTAA
SmilChr02G001715 Chr02 NC_080388.1:31587673-31587685promoter 内 694-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31590980-31592222(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAAGTCAACTAA
SmilChr04G003000 Chr04 NC_080390.1:46407468-46407480promoter 内 659-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46401567-46404138(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTTGGTCAACGTG
SmilChr06G002513 Chr06 NC_080392.1:36026180-36026192promoter 内 639-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36018022-36022830(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAAGTCAACAGG
SmilChr01G003080 Chr01 NC_080387.1:49640820-49640832promoter 内 585-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49644236-49647282(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CATGTTGACTTCG
SmilChr03G004641 Chr03 NC_080389.1:63997502-63997514promoter 内 583-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64000920-64004225(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTAAGTCAACAAG
SmilChr02G004757 Chr02 NC_080388.1:69759560-69759572promoter 内 582-594 bp + 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69749881-69756153(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTAGTCAACTTC
SmilChr02G000730 Chr02 NC_080388.1:11838084-11838096promoter 内 572-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11841513-11842947(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CTTGTTGACTTAG
SmilChr06G000615 Chr06 NC_080392.1:5325071-5325083promoter 内 558-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5328514-5329212(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 GGTAGTCAACTCT
SmilChr04G002796 Chr04 NC_080390.1:43824772-43824784promoter 内 554-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43820057-43821337(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AAAAGTCAATCGC
SmilChr07G001200 Chr07 NC_080393.1:9120389-9120401promoter 内 550-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9115439-9116950(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATGAGTCAACCGT
SmilChr07G002196 Chr07 NC_080393.1:20159416-20159428promoter 内 547-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20162870-20163647(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TTAAGTCAACTAA
SmilChr04G002085 Chr04 NC_080390.1:33613729-33613741promoter 内 542-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33609571-33610282(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAGTTGACTACC
SmilChr01G005120 Chr01 NC_080387.1:69000285-69000297promoter 内 539-551 bp - 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68996026-68996835(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 AGAGTTGACTACC
SmilChr06G001742 Chr06 NC_080392.1:20086412-20086424promoter 内 524-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20089889-20092137(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CATAGTCAACAAT
SmilChr03G003247 Chr03 NC_080389.1:50354303-50354315promoter 内 512-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50357792-50360236(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TGAAGTCAACCAG
SmilChr01G005361 Chr01 NC_080387.1:70845799-70845811promoter 内 509-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70840324-70842319(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 ATTGTTGACTATG
SmilChr02G005208 Chr02 NC_080388.1:73314632-73314644promoter 内 486-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73318147-73322357(+) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 CCCGTTGACGTAG
SmilChr02G004159 Chr02 NC_080388.1:63913483-63913495promoter 内 448-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63905106-63909942(-) SMil_00021820-RA_Salv MP00408 TAGAGTCAACCTC
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