转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 16 / 131 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61608520-61608529promoter 内 2416-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 61610105-61613153(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G004634 Chr02 NC_080388.1:68804570-68804579promoter 内 2255-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 68806316-68807995(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30156247-30156256promoter 内 2153-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 30158095-30162904(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr02G002220 Chr02 NC_080388.1:39472755-39472764promoter 内 2149-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39474607-39477573(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G005360 Chr02 NC_080388.1:74317142-74317151promoter 内 2080-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74319063-74320542(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr02G001309 Chr02 NC_080388.1:24337569-24337578promoter 内 2014-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 24321846-24335591(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G003517 Chr02 NC_080388.1:56364356-56364365promoter 内 1977-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56361184-56362341(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G003519 Chr02 NC_080388.1:56370392-56370401promoter 内 1977-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56367230-56368377(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G004656 Chr02 NC_080388.1:68973362-68973371promoter 内 1966-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 68975397-68976452(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G002098 Chr01 NC_080387.1:37022175-37022184promoter 内 1947-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37024229-37028094(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36005989-36005998promoter 内 1738-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 36008252-36008563(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G000008 Chr01 NC_080387.1:176800-176809promoter 内 1715-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 170625-174523(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G000667 Chr01 NC_080387.1:14825460-14825469promoter 内 1636-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 14820548-14823104(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G002639 Chr01 NC_080387.1:44679099-44679108promoter 内 1627-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 44675989-44676734(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr02G001310 Chr02 NC_080388.1:24337569-24337578promoter 内 1568-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 24340002-24340595(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G001707 Chr01 NC_080387.1:31504905-31504914promoter 内 1520-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 31496041-31502433(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr02G000562 Chr02 NC_080388.1:7903604-7903613promoter 内 1503-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 7906102-7906208(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G002873 Chr02 NC_080388.1:48974849-48974858promoter 内 1493-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 48969672-48972350(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr02G004448 Chr02 NC_080388.1:66827037-66827046promoter 内 1480-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 66829558-66829664(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G002757 Chr01 NC_080387.1:45912567-45912576promoter 内 1474-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45909943-45910049(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G002273 Chr01 NC_080387.1:39497007-39497016promoter 内 1468-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39499540-39499646(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G002614 Chr02 NC_080388.1:45318676-45318685promoter 内 1435-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45310224-45316119(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G001068 Chr01 NC_080387.1:22028733-22028742promoter 内 1397-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22024948-22026138(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr02G001129 Chr02 NC_080388.1:20419469-20419478promoter 内 1345-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 20416119-20416822(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G002070 Chr01 NC_080387.1:36574308-36574317promoter 内 1026-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 36565220-36571342(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G005861 Chr01 NC_080387.1:74549292-74549301promoter 内 1002-1011 bp - 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74534652-74546302(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G004081 Chr01 NC_080387.1:59225040-59225049promoter 内 932-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 59220331-59221980(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58187606-58187615promoter 内 780-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 58181847-58184394(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G004447 Chr02 NC_080388.1:66827037-66827046promoter 内 611-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 66816892-66823656(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G005500 Chr01 NC_080387.1:71893501-71893510promoter 内 435-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71888810-71889944(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G004920 Chr02 NC_080388.1:71231823-71231832promoter 内 412-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71235412-71237777(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G003807 Chr01 NC_080387.1:56446332-56446341promoter 内 400-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56449933-56452544(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G001077 Chr02 NC_080388.1:19302003-19302012promoter 内 268-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 19305736-19307784(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31093363-31093372promoter 内 198-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 31086192-31089569(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G001502 Chr01 NC_080387.1:28868875-28868884promoter 内 160-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28859946-28865043(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr01G000669 Chr01 NC_080387.1:14825460-14825469promoter 内 90-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 14829371-14831561(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATAAG
SmilChr02G002236 Chr02 NC_080388.1:39693123-39693132promoter 内 44-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39697080-39698597(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CTTATGATTG
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SmilChr02G001391 Chr02 NC_080388.1:26405777-26405786promoter 内 3835-3844 bp + 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 26402064-26405620(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTA
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SmilChr01G004678 Chr01 NC_080387.1:64873433-64873442promoter 内 2428-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 64867873-64871869(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTA
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SmilChr01G000156 Chr01 NC_080387.1:2645965-2645974promoter 内 480-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 2649486-2652095(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTA
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69888358-69888367promoter 内 224-233 bp - 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 69892135-69895808(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATTA