转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 16 / 121 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000656 Chr04 NC_080390.1:7427795-7427809promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 7428744-7431916(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTT
SmilChr04G000984 Chr04 NC_080390.1:13311921-13311935promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 13312893-13392871(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTT
SmilChr03G001390 Chr03 NC_080389.1:16493113-16493127promoter 内 2841-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 16494273-16496140(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTT
SmilChr05G000935 Chr05 NC_080391.1:7498389-7498403promoter 内 2430-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 7495422-7496832(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGTGTT
SmilChr02G000627 Chr02 NC_080388.1:9366285-9366299promoter 内 2341-2355 bp + 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 9367945-9370806(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGTCGGATCTGAG
SmilChr02G000159 Chr02 NC_080388.1:2063888-2063902promoter 内 2115-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 2061494-2062016(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr02G003634 Chr02 NC_080388.1:57687175-57687189promoter 内 2096-2110 bp - 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 57677485-57685284(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr02G000899 Chr02 NC_080388.1:15461263-15461277promoter 内 2014-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 15463250-15464429(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCTAGA
SmilChr01G002451 Chr01 NC_080387.1:42107158-42107172promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 42096023-42104934(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGGCCGGATCTGAT
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44998561-44998575promoter 内 1701-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 44995205-44996275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr02G004425 Chr02 NC_080388.1:66583866-66583880promoter 内 1647-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 66586220-66589870(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGAAACA
SmilChr03G000507 Chr03 NC_080389.1:5468228-5468242promoter 内 1645-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 5470584-5477430(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr03G000292 Chr03 NC_080389.1:3343632-3343646promoter 内 1347-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 3337044-3340992(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAACCAGATCTGCG
SmilChr03G003493 Chr03 NC_080389.1:53494697-53494711promoter 内 1259-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 53490621-53491969(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGATTT
SmilChr03G000054 Chr03 NC_080389.1:530113-530127promoter 内 1112-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 526416-527238(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr05G001454 Chr05 NC_080391.1:13289524-13289538promoter 内 933-947 bp - 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 13284606-13286470(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGCCCAGATCTGAG
SmilChr02G000900 Chr02 NC_080388.1:15461263-15461277promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 15464444-15466622(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCTAGA
SmilChr05G000449 Chr05 NC_080391.1:3412741-3412755promoter 内 716-730 bp + 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 3405595-3409470(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCGCT
SmilChr01G001701 Chr01 NC_080387.1:31445215-31445229promoter 内 600-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 31448616-31451301(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTAAT
SmilChr04G000147 Chr04 NC_080390.1:1291500-1291514promoter 内 169-183 bp - 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 1281504-1287682(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCAGATCTGTA
SmilChr02G002789 Chr02 NC_080388.1:47958056-47958070promoter 内 100-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 47946256-47954169(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATCAGATCTGCG
SmilChr02G005409 Chr02 NC_080388.1:74601194-74601208promoter 内 77-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 74595786-74597284(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAAATCC
SmilChr01G003879 Chr01 NC_080387.1:57119521-57119535promoter 内 1956-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 57111588-57117490(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGGTGT
SmilChr03G003193 Chr03 NC_080389.1:49393623-49393637promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49396254-49396766(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAAAAGT
SmilChr03G001364 Chr03 NC_080389.1:16001000-16001014promoter 内 1203-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 15995515-15998216(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAATCAGATCTGCG
SmilChr03G003192 Chr03 NC_080389.1:49393623-49393637promoter 内 965-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49377779-49390601(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTTTTAGATCTGAG
SmilChr02G002357 Chr02 NC_080388.1:41357996-41358010promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 41361923-41365429(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAACGGATCTGAA
SmilChr04G002616 Chr04 NC_080390.1:41580171-41580185promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 6 41571501-41578321(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGCCGT
SmilChr03G002762 Chr03 NC_080389.1:43929817-43929831promoter 内 1229-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 6 43925523-43927059(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGTTTTT
SmilChr01G000264 Chr01 NC_080387.1:5097745-5097759promoter 内 3299-3313 bp - 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 5 5088159-5097057(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTGCAGATCTGAA
SmilChr04G000956 Chr04 NC_080390.1:12664431-12664445promoter 内 2877-2891 bp - 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 12659602-12663321(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCACCAGATCTGAA
SmilChr04G002617 Chr04 NC_080390.1:41580171-41580185promoter 内 782-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 41583390-41583962(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGGCTAGATCTGAG
SmilChr01G005457 Chr01 NC_080387.1:71606319-71606333promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 71600162-71603097(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTTTAGATCTGAT
SmilChr03G000211 Chr03 NC_080389.1:2453954-2453968promoter 内 3423-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 2454532-2455616(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTCAGATCTGCT
SmilChr01G005458 Chr01 NC_080387.1:71606319-71606333promoter 内 2889-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 71603646-71605221(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTTTAGATCTGAT
SmilChr03G004234 Chr03 NC_080389.1:60863262-60863276promoter 内 1890-1904 bp + 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 60858870-60861165(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGTGAT
SmilChr04G002559 Chr04 NC_080390.1:40900168-40900182promoter 内 1138-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 40891856-40897319(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGCTAGATCTGGA
SmilChr02G003083 Chr02 NC_080388.1:51748004-51748018promoter 内 1005-1019 bp - 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 51743062-51745022(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCCAGATCTGCT
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SmilChr02G000033 Chr02 NC_080388.1:406822-406836promoter 内 3866-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 405610-406701(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAATCCC
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SmilChr04G003812 Chr04 NC_080390.1:54271378-54271392promoter 内 2941-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54272438-54274329(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGATCG
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