转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 17 / 171 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002003 Chr08 NC_080394.1:17816920-17816936promoter 内 43-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 17811659-17812978(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCGTTAACTA
SmilChr07G001568 Chr07 NC_080393.1:12907396-12907412promoter 内 3956-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12907441-12908556(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAAGCGACAAAACA
SmilChr02G005152 Chr02 NC_080388.1:72887293-72887309promoter 内 3938-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72887356-72893574(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAACGACAAATGG
SmilChr02G005149 Chr02 NC_080388.1:72875042-72875058promoter 内 3932-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72875111-72879373(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAACGACAAATGG
SmilChr08G004790 Chr08 NC_080394.1:57207836-57207852promoter 内 3924-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 57207913-57209816(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCGTTTTAAA
SmilChr07G001528 Chr07 NC_080393.1:12335218-12335234promoter 内 3803-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12335416-12336362(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAAGCGACAAAACA
SmilChr08G001399 Chr08 NC_080394.1:11212220-11212236promoter 内 3763-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11208532-11211998(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCAATAAGACAAAAAA
SmilChr08G002722 Chr08 NC_080394.1:26843954-26843970promoter 内 3715-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26843613-26843684(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAAAGACAAAAAA
SmilChr08G002721 Chr08 NC_080394.1:26843954-26843970promoter 内 3607-3623 bp - 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26838201-26843576(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAAAGACAAAAAA
SmilChr04G002327 Chr04 NC_080390.1:37578470-37578486promoter 内 3564-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37578907-37584645(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGGAAACGACAAAGCA
SmilChr02G005151 Chr02 NC_080388.1:72887293-72887309promoter 内 3505-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72886312-72886813(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCATTTGTCGTTTTCTT
SmilChr03G001860 Chr03 NC_080389.1:25680934-25680950promoter 内 3462-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25681473-25688528(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGGAAGAGGACAAAATT
SmilChr01G000071 Chr01 NC_080387.1:1219531-1219547promoter 内 3404-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1214521-1218950(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACAAAAAAGACAAAAAA
SmilChr04G001777 Chr04 NC_080390.1:29196757-29196773promoter 内 3237-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29195041-29196009(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TACAACACGACAAAACC
SmilChr07G002100 Chr07 NC_080393.1:19106378-19106394promoter 内 3159-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 19107220-19109037(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAGACGACAAAGAT
SmilChr01G004331 Chr01 NC_080387.1:61457392-61457408promoter 内 2879-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 61454574-61456286(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACAAAAAAGACAAAAAA
SmilChr04G002192 Chr04 NC_080390.1:35457761-35457777promoter 内 2778-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35458984-35459621(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGATAAAGACAAAAAT
SmilChr02G005148 Chr02 NC_080388.1:72875042-72875058promoter 内 2578-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72873195-72873635(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCATTTGTCGTTTTCTT
SmilChr06G002183 Chr06 NC_080392.1:30179746-30179762promoter 内 2543-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 30173892-30178304(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTTTGT
SmilChr08G001400 Chr08 NC_080394.1:11212220-11212236promoter 内 2498-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 11213723-11214343(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTATTGGG
SmilChr04G001776 Chr04 NC_080390.1:29196757-29196773promoter 内 2165-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 29193652-29194937(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TACAACACGACAAAACC
SmilChr03G001775 Chr03 NC_080389.1:24196792-24196808promoter 内 2086-2102 bp - 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24198707-24198812(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCCTCTTCCG
SmilChr07G002067 Chr07 NC_080393.1:18787767-18787783promoter 内 2080-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18789688-18791725(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTTTTTTA
SmilChr02G002080 Chr02 NC_080388.1:37386505-37386521promoter 内 2058-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37388448-37388789(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTTTTCAT
SmilChr07G002436 Chr07 NC_080393.1:22775266-22775282promoter 内 1936-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22777331-22778311(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTCTTTTG
SmilChr06G000650 Chr06 NC_080392.1:5754102-5754118promoter 内 1724-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5748463-5751841(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACAAAAAAGACAAAAAA
SmilChr08G002091 Chr08 NC_080394.1:18802220-18802236promoter 内 1594-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18798638-18799829(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCGTTATGTT
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60969040-60969056promoter 内 1524-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGCTAAACGACAAACAA
SmilChr01G000834 Chr01 NC_080387.1:18018001-18018017promoter 内 1483-1499 bp + 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18020519-18023491(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGGAAGAGGACAAAATT
SmilChr03G002869 Chr03 NC_080389.1:45327971-45327987promoter 内 1141-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 45330831-45337388(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTATAGTG
SmilChr07G001569 Chr07 NC_080393.1:12907396-12907412promoter 内 1100-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 12910297-12910725(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAAGCGACAAAACA
SmilChr02G000449 Chr02 NC_080388.1:5876040-5876056promoter 内 1080-1096 bp - 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5869129-5873135(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGGAAGAGGACAAAATT
SmilChr08G000648 Chr08 NC_080394.1:4819996-4820012promoter 内 897-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4823100-4825560(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTTTGT
SmilChr01G005126 Chr01 NC_080387.1:69067003-69067019promoter 内 712-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 69060113-69063730(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCAAAACGACAAAAGG
SmilChr06G000653 Chr06 NC_080392.1:5754102-5754118promoter 内 590-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5757513-5758815(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTTTTGT
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