转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 17 / 151 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000668 Chr01 NC_080387.1:14818304-14818316promoter 内 565-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 14821740-14822909(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACCTCA
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75713129-75713141promoter 内 505-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTGGTAGGTAAA
SmilChr05G001176 Chr05 NC_080391.1:9851076-9851088promoter 内 455-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 9854622-9858250(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTACCACA
SmilChr03G001059 Chr03 NC_080389.1:12285551-12285563promoter 内 403-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 12289149-12290155(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACCTCA
SmilChr02G003816 Chr02 NC_080388.1:59786862-59786874promoter 内 288-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 59781262-59783161(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGGGTAGGTGGG
SmilChr01G004767 Chr01 NC_080387.1:65850092-65850104promoter 内 876-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 65853217-65854059(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAGC
SmilChr01G004012 Chr01 NC_080387.1:58542523-58542535promoter 内 3607-3619 bp + 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 58537138-58542141(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTAAA
SmilChr04G003612 Chr04 NC_080390.1:52616456-52616468promoter 内 2837-2849 bp + 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 52606022-52615304(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTAGC
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:512124-512136promoter 内 2297-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 504684-510432(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTGGC
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18304501-18304513promoter 内 2252-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 18300691-18302764(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAGGTAGGTGGC
SmilChr04G001197 Chr04 NC_080390.1:18319533-18319545promoter 内 1612-1624 bp + 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 18321922-18328541(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCTCA
SmilChr03G000051 Chr03 NC_080389.1:512124-512136promoter 内 1430-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 514695-517585(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCTCA
SmilChr04G001399 Chr04 NC_080390.1:22779050-22779062promoter 内 798-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 22775380-22775859(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAGGTAGGTAGC
SmilChr05G000070 Chr05 NC_080391.1:352753-352765promoter 内 373-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 348181-349137(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCGGTAGGTGGC
SmilChr01G003071 Chr01 NC_080387.1:49559083-49559095promoter 内 3692-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 49553057-49558786(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGCGGTAGGTGGG
SmilChr01G001110 Chr01 NC_080387.1:22721477-22721489promoter 内 3228-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 22722250-22722572(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTAAA
SmilChr01G001835 Chr01 NC_080387.1:33288173-33288185promoter 内 3005-3017 bp + 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 33283408-33287189(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTAGA
SmilChr01G002185 Chr01 NC_080387.1:37972585-37972597promoter 内 1515-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 37965979-37970111(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCGCC
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32889951-32889963promoter 内 1429-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 32887286-32887391(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTGGTAGGTGGC
SmilChr01G003365 Chr01 NC_080387.1:52400086-52400098promoter 内 1044-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 52389794-52397141(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACCTTT
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091094-5091106promoter 内 846-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACCCAC
SmilChr02G002314 Chr02 NC_080388.1:40766847-40766859promoter 内 581-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 40754457-40763439(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTCACCTACCGTC
SmilChr04G001724 Chr04 NC_080390.1:28489509-28489521promoter 内 135-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 28493375-28494745(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCGGTAGGTGGC
SmilChr03G004464 Chr03 NC_080389.1:62735887-62735899promoter 内 2269-2281 bp - 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 6 62714551-62734167(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTT
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:848575-848587promoter 内 3951-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 848625-850513(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACTTTT
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58073288-58073300promoter 内 2813-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 58067179-58072112(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCTAA
SmilChr03G003006 Chr03 NC_080389.1:46894039-46894051promoter 内 2016-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 46896024-46896674(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAAG
SmilChr01G000054 Chr01 NC_080387.1:848575-848587promoter 内 1305-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 851271-853373(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTACTTTT
SmilChr02G002888 Chr02 NC_080388.1:49178792-49178804promoter 内 1207-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 49173724-49176010(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAGG
SmilChr05G000090 Chr05 NC_080391.1:502019-502031promoter 内 3559-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 499024-501589(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACA
SmilChr04G000144 Chr04 NC_080390.1:1248320-1248332promoter 内 3476-3488 bp - 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 1248845-1259176(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAGTAGGTAGG
SmilChr01G003128 Chr01 NC_080387.1:50115809-50115821promoter 内 3428-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 50116382-50117713(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCCACCTACCACA
SmilChr02G004840 Chr02 NC_080388.1:70534640-70534652promoter 内 3319-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 70524776-70533970(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCACCTACCAAA
SmilChr03G003443 Chr03 NC_080389.1:52807496-52807508promoter 内 3182-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 52808315-52812795(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTT
SmilChr03G003445 Chr03 NC_080389.1:52815618-52815630promoter 内 3182-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 52816437-52820917(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTT
SmilChr02G004188 Chr02 NC_080388.1:64198659-64198671promoter 内 3115-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 64199545-64203085(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGAAGTAGGTAGG
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SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68516877-68516889promoter 内 2704-2716 bp + 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 68511315-68515592(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGGTAGGTAAA
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SmilChr03G003447 Chr03 NC_080389.1:52823832-52823844promoter 内 2615-2627 bp + 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 52825218-52828784(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCTACCTACTTTT
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