转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 18 / 137 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000924 Chr04 NC_080390.1:12065123-12065137promoter 内 339-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 12068785-12071173(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCG
SmilChr07G002140 Chr07 NC_080393.1:19559227-19559241promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 19563027-19567920(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTAGCCTACGTGGCA
SmilChr08G002123 Chr08 NC_080394.1:19102975-19102989promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 19097564-19099178(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGTGACGTGGCG
SmilChr06G000499 Chr06 NC_080392.1:4104990-4105004promoter 内 73-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 4100519-4101076(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGATCCCACGTGGCA
SmilChr01G001592 Chr01 NC_080387.1:29998719-29998733promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 29998804-30004658(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGATGACGTGTCA
SmilChr01G004022 Chr01 NC_080387.1:58632024-58632038promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 58632204-58636130(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCACACAC
SmilChr07G001843 Chr07 NC_080393.1:15896485-15896499promoter 内 3748-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 15891832-15896246(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATCACC
SmilChr05G002343 Chr05 NC_080391.1:25399719-25399733promoter 内 3588-3602 bp - 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25398713-25399320(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTGCAGA
SmilChr04G002343 Chr04 NC_080390.1:37790062-37790076promoter 内 2831-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 37791232-37795242(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGCTGACGTGTCA
SmilChr04G001137 Chr04 NC_080390.1:16699169-16699183promoter 内 2441-2455 bp - 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 16700729-16708920(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGTCGACGTGGCA
SmilChr01G002534 Chr01 NC_080387.1:43362144-43362158promoter 内 2396-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 43343102-43360553(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGATTT
SmilChr04G003154 Chr04 NC_080390.1:48153801-48153815promoter 内 2383-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 48148335-48152197(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTTACGTGGCA
SmilChr08G003297 Chr08 NC_080394.1:34082678-34082692promoter 内 1859-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 34084820-34086727(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGATCACGTGGCC
SmilChr04G002561 Chr04 NC_080390.1:40920770-40920784promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 40923291-40924443(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACATG
SmilChr06G002183 Chr06 NC_080392.1:30181069-30181083promoter 内 1222-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 30173892-30178304(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGTCGACGTGGCA
SmilChr07G004487 Chr07 NC_080393.1:57413200-57413214promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 57406379-57410374(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGATCT
SmilChr02G001839 Chr02 NC_080388.1:33529420-33529434promoter 内 1156-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 33521896-33526589(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTCCCAA
SmilChr07G003891 Chr07 NC_080393.1:48731728-48731742promoter 内 912-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 48727613-48728653(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTGCTCA
SmilChr01G003527 Chr01 NC_080387.1:53907185-53907199promoter 内 529-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53910657-53912621(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGAACACGTGGCA
SmilChr08G002495 Chr08 NC_080394.1:23923974-23923988promoter 内 191-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 23919279-23920178(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTTCATC
SmilChr04G001502 Chr04 NC_080390.1:24623271-24623285promoter 内 7-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 24627265-24628260(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGCTGACGTGGCT
SmilChr01G000172 Chr01 NC_080387.1:2833037-2833051promoter 内 3570-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 2833468-2836431(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTTGCCACGTGGCA
SmilChr01G000173 Chr01 NC_080387.1:2833037-2833051promoter 内 601-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 2836437-2840730(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTTGCCACGTGGCA
SmilChr03G003212 Chr03 NC_080389.1:49743352-49743366promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 49743419-49745671(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGGATGC
SmilChr04G003069 Chr04 NC_080390.1:47227168-47227182promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 47224859-47226568(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCCCTA
SmilChr04G003144 Chr04 NC_080390.1:48074515-48074529promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 48075141-48076844(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCCCTA
SmilChr02G005329 Chr02 NC_080388.1:74144360-74144374promoter 内 2875-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 74141865-74143248(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCGGG
SmilChr02G000215 Chr02 NC_080388.1:2820798-2820812promoter 内 2206-2220 bp + 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 2817805-2819017(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGCCCACGTGGCC
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53371816-53371830promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 53373842-53376928(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CATGCTTACGTGGCA
SmilChr08G000158 Chr08 NC_080394.1:1047465-1047479promoter 内 399-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 1051067-1051483(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAACTGACGTGGCA
SmilChr01G003831 Chr01 NC_080387.1:56640268-56640282promoter 内 3963-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56637261-56640244(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGCTTC
SmilChr01G005635 Chr01 NC_080387.1:72787755-72787769promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 72787830-72791416(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTTGCCACGTGGCA
SmilChr08G000110 Chr08 NC_080394.1:694770-694784promoter 内 3596-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 690721-694379(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACATAG
SmilChr06G001934 Chr06 NC_080392.1:23552008-23552022promoter 内 2673-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 23545456-23550694(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCCAAA
SmilChr01G003832 Chr01 NC_080387.1:56640268-56640282promoter 内 2360-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56641909-56652785(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGCTGACGTGTCG
SmilChr01G005572 Chr01 NC_080387.1:72479316-72479330promoter 内 1700-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 72481617-72483066(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCTTC
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