转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 18 / 134 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006105 Chr01 NC_080387.1:76547975-76547989promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76549681-76615946(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATTTCC
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64384383-64384397promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 64380776-64382352(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTAGTAATGATGAA
SmilChr02G005300 Chr02 NC_080388.1:73956422-73956436promoter 内 1386-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73951277-73953821(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTAGTAATGATTGC
SmilChr01G004625 Chr01 NC_080387.1:64295217-64295231promoter 内 1252-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 64297966-64298831(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACAAAT
SmilChr02G003857 Chr02 NC_080388.1:60364748-60364762promoter 内 1161-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60367588-60369177(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGATAATGATGAT
SmilChr01G003710 Chr01 NC_080387.1:55452155-55452169promoter 内 1079-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55455077-55458590(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATACTT
SmilChr01G002997 Chr01 NC_080387.1:48918305-48918319promoter 内 978-992 bp + 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 48921328-48923133(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGTGTAATGATTAT
SmilChr02G000953 Chr02 NC_080388.1:16564222-16564236promoter 内 958-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 16567265-16568644(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACCTGT
SmilChr02G002273 Chr02 NC_080388.1:40194299-40194313promoter 内 788-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40197512-40198624(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTAAA
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51344118-51344132promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 51339521-51340765(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAGATAATGATGAA
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64384383-64384397promoter 内 202-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTAGTAATGATGAA
SmilChr03G003039 Chr03 NC_080389.1:47281181-47281195promoter 内 150-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47285032-47289471(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTATAATGATTAA
SmilChr03G000349 Chr03 NC_080389.1:3922340-3922354promoter 内 2437-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 8 3919408-3920790(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACGACAATGATTAC
SmilChr02G004966 Chr02 NC_080388.1:71574173-71574187promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 71566548-71573018(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGCTGTT
SmilChr01G003724 Chr01 NC_080387.1:55559588-55559602promoter 内 2793-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 55553418-55558394(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAATAATGATGAT
SmilChr02G004967 Chr02 NC_080388.1:71574173-71574187promoter 内 2214-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 71575960-71577118(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACAGCAATGATTAT
SmilChr01G002900 Chr01 NC_080387.1:47668887-47668901promoter 内 1783-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 47671105-47672514(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTGCCTAT
SmilChr01G002898 Chr01 NC_080387.1:47668887-47668901promoter 内 1259-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 47666087-47666159(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAGGCAATGATTAG
SmilChr02G004336 Chr02 NC_080388.1:65620271-65620285promoter 内 916-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 65613795-65617200(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTACCACG
SmilChr01G005870 Chr01 NC_080387.1:74644754-74644768promoter 内 3644-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 74642540-74644411(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATCCTAATGATGAT
SmilChr02G003287 Chr02 NC_080388.1:54154038-54154052promoter 内 3519-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 54152305-54153570(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAATAATGATGAT
SmilChr01G002811 Chr01 NC_080387.1:46660121-46660135promoter 内 3324-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 46660798-46662101(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTTTG
SmilChr02G001107 Chr02 NC_080388.1:19958906-19958920promoter 内 1487-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 19955708-19956406(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTATAC
SmilChr01G004111 Chr01 NC_080387.1:59624898-59624912promoter 内 669-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 59628230-59631003(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATTAT
SmilChr02G005464 Chr02 NC_080388.1:74937613-74937627promoter 内 594-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 74941020-74944148(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAATAATGATGAT
SmilChr02G005434 Chr02 NC_080388.1:74758682-74758696promoter 内 3869-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 74755413-74758564(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAATAATGATGAT
SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56324431-56324445promoter 内 3856-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 56324576-56332760(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTACAATGATTAT
SmilChr02G000507 Chr02 NC_080388.1:6976876-6976890promoter 内 3566-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 6975700-6976455(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCATAATGATTAG
SmilChr02G005319 Chr02 NC_080388.1:74066784-74066798promoter 内 3331-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 74067454-74069023(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCACCTTA
SmilChr03G002459 Chr03 NC_080389.1:38939606-38939620promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 38935585-38938770(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTGT
SmilChr01G003137 Chr01 NC_080387.1:50161558-50161572promoter 内 3142-3156 bp + 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 50162417-50164538(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTGATAATGATGAC
SmilChr01G001249 Chr01 NC_080387.1:25048762-25048776promoter 内 2700-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 25045339-25047475(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATCCTAATGATGAT
SmilChr01G005034 Chr01 NC_080387.1:68291040-68291054promoter 内 2446-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 68288708-68289499(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGGATC
SmilChr03G000616 Chr03 NC_080389.1:6812687-6812701promoter 内 2396-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 6809784-6811096(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTGT
SmilChr01G005492 Chr01 NC_080387.1:71842000-71842014promoter 内 1992-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 71834680-71840005(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTAT
SmilChr03G003319 Chr03 NC_080389.1:51421063-51421077promoter 内 1962-1976 bp + 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 51423102-51427189(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATCCTAATGATGAT
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SmilChr03G002580 Chr03 NC_080389.1:41047694-41047708promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 41033686-41044022(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCACCTTA
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