转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 19 / 137 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001811 Chr04 NC_080390.1:29605101-29605115promoter 内 1922-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29607180-29610502(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGTTGACGTGGCA
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71910677-71910691promoter 内 1784-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGGATTT
SmilChr02G005492 Chr02 NC_080388.1:75086519-75086533promoter 内 1746-1760 bp + 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75083585-75084278(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGGTTGACGTGGCA
SmilChr02G005493 Chr02 NC_080388.1:75086519-75086533promoter 内 1585-1599 bp + 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75088935-75096699(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACCCT
SmilChr01G005589 Chr01 NC_080387.1:72562034-72562048promoter 内 1563-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72558686-72559610(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCTTC
SmilChr08G000657 Chr08 NC_080394.1:4892076-4892090promoter 内 1433-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4883834-4889522(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAGCAAG
SmilChr01G005568 Chr01 NC_080387.1:72470837-72470851promoter 内 1414-1428 bp - 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72465758-72468264(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCTTC
SmilChr01G005574 Chr01 NC_080387.1:72485893-72485907promoter 内 1396-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72488498-72489364(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCTTC
SmilChr01G005582 Chr01 NC_080387.1:72526803-72526817promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72523486-72524095(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCTTC
SmilChr05G001606 Chr05 NC_080391.1:14800891-14800905promoter 内 1258-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 14803634-14806804(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGTCCCA
SmilChr01G005563 Chr01 NC_080387.1:72430800-72430814promoter 内 1186-1200 bp - 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72433615-72435844(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGGTGACGTGGAA
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72433875-72433889promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72428708-72431033(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGGTGACGTGGAA
SmilChr01G005531 Chr01 NC_080387.1:72168992-72169006promoter 内 724-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72162633-72165729(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGGTGACGTGGAA
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72460504-72460518promoter 内 674-688 bp - 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72451656-72457191(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCTTC
SmilChr06G000312 Chr06 NC_080392.1:2260910-2260924promoter 内 549-563 bp - 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2252940-2257472(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACTCA
SmilChr05G002202 Chr05 NC_080391.1:23474971-23474985promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23470965-23471387(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGCCAAC
SmilChr02G002603 Chr02 NC_080388.1:45154505-45154519promoter 内 375-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 45158131-45159911(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGCCTACGTGGCA
SmilChr07G002065 Chr07 NC_080393.1:18780077-18780091promoter 内 280-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18774292-18776370(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCCCACGTGGCC
SmilChr01G005564 Chr01 NC_080387.1:72446030-72446044promoter 内 79-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72440327-72442122(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGGTGACGTGGAA
SmilChr01G000021 Chr01 NC_080387.1:395660-395674promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 6 392106-394607(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACACGA
SmilChr05G002339 Chr05 NC_080391.1:25324915-25324929promoter 内 1501-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 25327415-25333624(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATATGACGTGGCA
SmilChr06G000267 Chr06 NC_080392.1:1812927-1812941promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 1810106-1812695(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATATTT
SmilChr04G000064 Chr04 NC_080390.1:575647-575661promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 576471-586022(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCCGAC
SmilChr03G000344 Chr03 NC_080389.1:3888605-3888619promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 3889500-3892927(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AACGCCGACGTGGCC
SmilChr04G004174 Chr04 NC_080390.1:56362620-56362634promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 56358324-56360612(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGGTTACGTGGCG
SmilChr08G000526 Chr08 NC_080394.1:3826755-3826769promoter 内 1931-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 3828825-3831781(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCACCGGC
SmilChr02G003163 Chr02 NC_080388.1:52671672-52671686promoter 内 1454-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 52666333-52669139(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATATGACGTGGCA
SmilChr05G000952 Chr05 NC_080391.1:7681949-7681963promoter 内 1256-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 7684694-7690010(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGTGCCACGTGGCA
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3888605-3888619promoter 内 846-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 3883590-3885464(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGGCGTT
SmilChr05G000889 Chr05 NC_080391.1:7040010-7040024promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 7043171-7048337(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGTGCCACGTGGCA
SmilChr06G001537 Chr06 NC_080392.1:16631142-16631156promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 16625597-16627975(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATATGACGTGGCA
SmilChr03G000021 Chr03 NC_080389.1:319744-319758promoter 内 620-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 301984-316377(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGCTGACGTGGAA
SmilChr04G000320 Chr04 NC_080390.1:2917147-2917161promoter 内 203-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 2920945-2921988(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACGCC
SmilChr08G002568 Chr08 NC_080394.1:25061532-25061546promoter 内 3948-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25057145-25061493(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCCAAC
SmilChr01G005571 Chr01 NC_080387.1:72478902-72478916promoter 内 3940-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72478963-72481254(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTAGATCACGTGGCA
SmilChr01G004757 Chr01 NC_080387.1:65772188-65772202promoter 内 3918-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 65772271-65776936(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATCAAC
SmilChr08G002980 Chr08 NC_080394.1:29879256-29879270promoter 内 3875-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29879382-29880407(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGAGAC
SmilChr03G003915 Chr03 NC_080389.1:58247852-58247866promoter 内 3807-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 58248046-58251686(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCACCTTT
SmilChr05G001977 Chr05 NC_080391.1:20435139-20435153promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 20435345-20437510(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGAAGACGTGGCA
SmilChr05G002536 Chr05 NC_080391.1:28310511-28310525promoter 内 3756-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 28304812-28310280(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATATTT
SmilChr04G000318 Chr04 NC_080390.1:2917147-2917161promoter 内 3745-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2917403-2919966(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAACGCC
SmilChr08G003182 Chr08 NC_080394.1:32552222-32552236promoter 内 3567-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32552656-32561997(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATATTT
SmilChr05G003782 Chr05 NC_080391.1:51149186-51149200promoter 内 3554-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51144396-51148753(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATATTT
SmilChr02G003849 Chr02 NC_080388.1:60236131-60236145promoter 内 3474-3488 bp - 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60233021-60235618(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCTTT
SmilChr08G003481 Chr08 NC_080394.1:37460592-37460606promoter 内 3102-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37461491-37464911(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGCTGACGTGGAA
SmilChr01G000123 Chr01 NC_080387.1:2060124-2060138promoter 内 2908-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2057057-2059045(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGAGCTAA
SmilChr08G000525 Chr08 NC_080394.1:3826755-3826769promoter 内 2807-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3823260-3825575(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCCGGTGACGTGGCC
SmilChr08G000185 Chr08 NC_080394.1:1251739-1251753promoter 内 2609-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1253131-1255928(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGCTGACGTGGAA
SmilChr01G003372 Chr01 NC_080387.1:52442235-52442249promoter 内 2500-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52436918-52440748(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCGCCATA
SmilChr08G003614 Chr08 NC_080394.1:39270697-39270711promoter 内 2454-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 39272244-39275231(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAGGCACACGTGGCA