转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 2 / 149 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000115 Chr03 NC_080389.1:1281724-1281738promoter 内 1509-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 1276406-1279246(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAAGGTA
SmilChr02G005231 Chr02 NC_080388.1:73508953-73508967promoter 内 3309-3323 bp - 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 73504800-73508275(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATTTC
SmilChr02G004250 Chr02 NC_080388.1:64694036-64694050promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 64694201-64695370(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATGGATAAGGAT
SmilChr04G002542 Chr04 NC_080390.1:40719901-40719915promoter 内 2041-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 40717831-40717955(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCATTTT
SmilChr04G001238 Chr04 NC_080390.1:19414188-19414202promoter 内 1488-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 3 19410757-19411689(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCAAAAG
SmilChr02G003795 Chr02 NC_080388.1:59598165-59598179promoter 内 2842-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 59592143-59597020(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCAAATA
SmilChr04G001128 Chr04 NC_080390.1:16371702-16371716promoter 内 2796-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 16369144-16370511(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCAAAAG
SmilChr03G001388 Chr03 NC_080389.1:16426097-16426111promoter 内 2452-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 16427646-16428575(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCAAAAG
SmilChr04G000941 Chr04 NC_080390.1:12408634-12408648promoter 内 2438-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 12405617-12407085(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCAAAAG
SmilChr02G004709 Chr02 NC_080388.1:69359664-69359678promoter 内 1424-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 69362241-69363486(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCATATT
SmilChr04G001649 Chr04 NC_080390.1:27438049-27438063promoter 内 740-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 27431858-27434802(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCATATT
SmilChr02G004707 Chr02 NC_080388.1:69359664-69359678promoter 内 236-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 69353201-69355913(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAAGGAT
SmilChr04G003571 Chr04 NC_080390.1:52143039-52143053promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 52130561-52139241(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCACTCA
SmilChr01G002384 Chr01 NC_080387.1:41064991-41065005promoter 内 1438-1452 bp - 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 41067554-41070519(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTGGATAAGGTA
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52388324-52388338promoter 内 512-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCACAAT
SmilChr02G005262 Chr02 NC_080388.1:73714581-73714595promoter 内 3044-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 73711521-73713638(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCATTAA
SmilChr03G003911 Chr03 NC_080389.1:58202570-58202584promoter 内 2882-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 58195779-58201465(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGTGGATAAGGAT
SmilChr02G003852 Chr02 NC_080388.1:60294026-60294040promoter 内 685-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 60290627-60290724(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAGGTA
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301783-6301797promoter 内 2443-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 4 6297501-6300239(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCCTTATCCAAAAC
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8260027-8260041promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 8260521-8264195(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAAGGCT
SmilChr03G001178 Chr03 NC_080389.1:13531233-13531247promoter 内 2526-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 13528672-13529772(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCATTTT
SmilChr01G006028 Chr01 NC_080387.1:75838645-75838659promoter 内 3807-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75837700-75838465(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCAAATT
SmilChr01G006029 Chr01 NC_080387.1:75838645-75838659promoter 内 2282-2296 bp - 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75840364-75843979(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAAGGAT
SmilChr01G005789 Chr01 NC_080387.1:73986497-73986511promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73988235-73992518(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAGATT
SmilChr04G000983 Chr04 NC_080390.1:13253520-13253534promoter 内 2132-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13250427-13251665(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCAATTA
SmilChr03G000126 Chr03 NC_080389.1:1380464-1380478promoter 内 1381-1395 bp + 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1375998-1377858(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAAGGCT
SmilChr04G002935 Chr04 NC_080390.1:45593023-45593037promoter 内 890-904 bp - 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45596134-45598702(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAAGGCA
SmilChr02G002222 Chr02 NC_080388.1:39490778-39490792promoter 内 3008-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 39491771-39498915(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAATGTT
SmilChr03G001320 Chr03 NC_080389.1:15458717-15458731promoter 内 1684-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 15461034-15462749(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACAAA
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15450964-15450978promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 15449509-15450816(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAAGGAT
SmilChr02G000656 Chr02 NC_080388.1:9970115-9970129promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 9968660-9969301(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAAGGAT
SmilChr03G001371 Chr03 NC_080389.1:16109091-16109105promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 16096314-16107822(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCTTATT
SmilChr01G004098 Chr01 NC_080387.1:59439868-59439882promoter 内 3861-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 59440008-59447385(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCTAATA
SmilChr04G000673 Chr04 NC_080390.1:7632213-7632227promoter 内 3762-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 7632452-7633045(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCTTATT
SmilChr03G001999 Chr03 NC_080389.1:29715787-29715801promoter 内 2761-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 29717027-29718523(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCAAAAG
SmilChr02G001049 Chr02 NC_080388.1:18564977-18564991promoter 内 2555-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18566423-18567151(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCAATTA
SmilChr02G005586 Chr02 NC_080388.1:75669197-75669211promoter 内 2271-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 75664446-75667481(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCAGAAA
SmilChr03G004429 Chr03 NC_080389.1:62432316-62432330promoter 内 1660-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 62425990-62429989(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCATTAG
SmilChr04G002008 Chr04 NC_080390.1:32572923-32572937promoter 内 1492-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 32568455-32570428(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATGTGGATAAGGCT
SmilChr01G004887 Chr01 NC_080387.1:66930140-66930154promoter 内 1243-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 66932898-66933727(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCACTCT
SmilChr03G003693 Chr03 NC_080389.1:55863375-55863389promoter 内 744-758 bp + 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 55866632-55868608(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCAAAAG
SmilChr04G000715 Chr04 NC_080390.1:8360053-8360067promoter 内 601-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 8363453-8366516(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCAATTA
SmilChr03G001204 Chr03 NC_080389.1:13874863-13874877promoter 内 474-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 13878390-13879761(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAAGGAT
SmilChr01G002487 Chr01 NC_080387.1:42597289-42597303promoter 内 54-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 42601236-42602303(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCAAATG
SmilChr03G001638 Chr03 NC_080389.1:21126457-21126471promoter 内 1536-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 21128922-21131369(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATTTA
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16888739-16888753promoter 内 3950-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 16887178-16888702(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTGTGGATAAGGAT
SmilChr01G004267 Chr01 NC_080387.1:60920080-60920094promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 60920153-60921247(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACATG
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50703936-50703950promoter 内 3753-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 50704184-50705021(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAAGATT
SmilChr01G004268 Chr01 NC_080387.1:60920080-60920094promoter 内 1769-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 60922312-60923221(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACATG
SmilChr04G000539 Chr04 NC_080390.1:5996023-5996037promoter 内 123-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 5999901-6020574(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATTAA