转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 20 / 142 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56352209-56352223promoter 内 3356-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 56352854-56354315(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G004286 Chr03 NC_080389.1:61273362-61273376promoter 内 3353-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61274010-61275939(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G005135 Chr02 NC_080388.1:72790934-72790948promoter 内 3350-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72791585-72794428(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G002401 Chr08 NC_080394.1:22793092-22793106promoter 内 3349-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 22793744-22794823(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr03G001391 Chr03 NC_080389.1:16502103-16502117promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16499300-16501456(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G003281 Chr04 NC_080390.1:49479942-49479956promoter 内 3339-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49480604-49483137(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000037 Chr05 NC_080391.1:165820-165834promoter 内 3339-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 166482-170355(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G000293 Chr08 NC_080394.1:2012880-2012894promoter 内 3326-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2009006-2012219(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G005089 Chr02 NC_080388.1:72491461-72491475promoter 内 3305-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72485185-72490779(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G000341 Chr06 NC_080392.1:2555304-2555318promoter 内 3291-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2556014-2558338(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G001575 Chr03 NC_080389.1:19891464-19891478promoter 内 3280-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19889017-19890757(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G003446 Chr02 NC_080388.1:55716808-55716822promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 55717544-55720811(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G001134 Chr08 NC_080394.1:8911125-8911139promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8911863-8913055(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr06G002954 Chr06 NC_080392.1:42356329-42356343promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42355017-42355597(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr07G003082 Chr07 NC_080393.1:32479220-32479234promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 32479971-32482009(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G000147 Chr07 NC_080393.1:883586-883600promoter 内 3235-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 879402-882834(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G001543 Chr04 NC_080390.1:25528731-25528745promoter 内 3231-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 25524323-25527975(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G002706 Chr06 NC_080392.1:39063551-39063565promoter 内 3230-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 39064322-39069066(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G003133 Chr04 NC_080390.1:47918611-47918625promoter 内 3216-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47919396-47920450(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G002233 Chr07 NC_080393.1:20536965-20536979promoter 内 3210-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 20534193-20536188(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G001477 Chr07 NC_080393.1:11622245-11622259promoter 内 3202-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11623044-11628360(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G002341 Chr06 NC_080392.1:34060691-34060705promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 34061500-34070336(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G000460 Chr05 NC_080391.1:3479048-3479062promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3470457-3478235(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G003445 Chr02 NC_080388.1:55716808-55716822promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 55713959-55715990(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G002862 Chr03 NC_080389.1:45236552-45236566promoter 内 3163-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45233810-45235728(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G004133 Chr04 NC_080390.1:56147386-56147400promoter 内 3150-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 56148237-56152298(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G002724 Chr06 NC_080392.1:39350694-39350708promoter 内 3148-3162 bp - 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 39351547-39352639(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G000906 Chr04 NC_080390.1:11792542-11792556promoter 内 3128-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11789200-11791683(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G003237 Chr01 NC_080387.1:51126240-51126254promoter 内 3125-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51118984-51125378(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G000035 Chr05 NC_080391.1:165820-165834promoter 内 3089-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 163018-164922(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G001324 Chr04 NC_080390.1:21332457-21332471promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21333374-21334620(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000494 Chr05 NC_080391.1:3852959-3852973promoter 内 3080-3094 bp - 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3853880-3854869(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001219 Chr05 NC_080391.1:10224673-10224687promoter 内 3069-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 10222376-10223755(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G001737 Chr06 NC_080392.1:20036160-20036174promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 20033971-20035241(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G001560 Chr08 NC_080394.1:12858302-12858316promoter 内 3011-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12855086-12857326(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G002936 Chr01 NC_080387.1:48112306-48112320promoter 内 3009-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48113298-48119428(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGAA
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