转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 20 / 123 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003357 Chr03 NC_080389.1:51911125-51911139promoter 内 762-776 bp + 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51890133-51907900(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAGAGGG
SmilChr08G000926 Chr08 NC_080394.1:6834840-6834854promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6838115-6840794(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAATATGTCGGTGGC
SmilChr05G000980 Chr05 NC_080391.1:7914790-7914804promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7918077-7921479(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATATTGTCGGTGGG
SmilChr08G000368 Chr08 NC_080394.1:2533088-2533102promoter 内 500-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2536589-2538992(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACAATTAT
SmilChr07G002649 Chr07 NC_080393.1:25665214-25665228promoter 内 496-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 25659899-25661723(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACATCACA
SmilChr02G003426 Chr02 NC_080388.1:55469517-55469531promoter 内 437-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55461968-55465967(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCTTTTGTCGGTGGG
SmilChr08G001272 Chr08 NC_080394.1:10141828-10141842promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 10132537-10138181(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CATATTGTCGGTGGG
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71145744-71145758promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 71149436-71150275(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACAAATGG
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4444325-4444339promoter 内 1748-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 4441547-4442086(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGGTGGCGGTGGT
SmilChr04G002621 Chr04 NC_080390.1:41624923-41624937promoter 内 1455-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 41627469-41633803(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGGGTCGGTGGC
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4444325-4444339promoter 内 1032-1046 bp - 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 4440018-4441370(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGGTGGCGGTGGT
SmilChr07G004605 Chr07 NC_080393.1:58857300-58857314promoter 内 303-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 58850431-58853616(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACACCACC
SmilChr03G001690 Chr03 NC_080389.1:22416068-22416082promoter 内 3614-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 22415028-22415695(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTTTGGCGGTGGT
SmilChr07G003889 Chr07 NC_080393.1:48686773-48686787promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 48680258-48686027(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCAGC
SmilChr08G000675 Chr08 NC_080394.1:5022860-5022874promoter 内 3017-3031 bp - 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 5018900-5021890(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAGTTGTCGGCGGC
SmilChr08G000676 Chr08 NC_080394.1:5022860-5022874promoter 内 2236-2250 bp - 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 5024625-5028925(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAACTCT
SmilChr04G001333 Chr04 NC_080390.1:21525772-21525786promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 21527817-21535119(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGACTTC
SmilChr07G001310 Chr07 NC_080393.1:10093793-10093807promoter 内 1773-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 10096021-10102481(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAATTGTCGGCGGC
SmilChr07G003890 Chr07 NC_080393.1:48686773-48686787promoter 内 1283-1297 bp + 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 48689491-48689818(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGGTGGCGGTGGT
SmilChr02G004260 Chr02 NC_080388.1:64813162-64813176promoter 内 1128-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 64816035-64816107(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACAATGGA
SmilChr02G004564 Chr02 NC_080388.1:68159577-68159591promoter 内 893-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 68151567-68156483(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGACTTC
SmilChr03G002541 Chr03 NC_080389.1:40572390-40572404promoter 内 865-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 40575526-40577406(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAATTGTCGGCGGC
SmilChr01G003107 Chr01 NC_080387.1:49885840-49885854promoter 内 858-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 49882048-49882711(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTCCTGTCGGTGGA
SmilChr03G004705 Chr03 NC_080389.1:64339523-64339537promoter 内 3967-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 64335662-64339503(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAGTGAC
SmilChr02G000513 Chr02 NC_080388.1:7076803-7076817promoter 内 3562-3576 bp + 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7077242-7081611(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGCGTCGGTGCT
SmilChr07G004006 Chr07 NC_080393.1:51115554-51115568promoter 内 3537-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 51114430-51115104(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTACTGTCGGTGGC
SmilChr08G004832 Chr08 NC_080394.1:57583945-57583959promoter 内 3408-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 57584538-57586921(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAATTCT
SmilChr03G001286 Chr03 NC_080389.1:15060608-15060622promoter 内 3230-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15061379-15065070(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATTTTGTCGGTGGT
SmilChr07G002954 Chr07 NC_080393.1:29986893-29986907promoter 内 3068-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29983060-29985974(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGG
SmilChr07G002972 Chr07 NC_080393.1:30273986-30274000promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30270149-30273066(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGG
SmilChr05G003613 Chr05 NC_080391.1:48225381-48225395promoter 内 2707-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 48226675-48229866(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCGCCGACAACGGC
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70275011-70275025promoter 内 2616-2630 bp - 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATGGTTGTCGGTGGT
SmilChr03G002716 Chr03 NC_080389.1:43119096-43119110promoter 内 2581-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 43114938-43117690(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGTTTGTCGGTGGG
SmilChr03G002188 Chr03 NC_080389.1:34179476-34179490promoter 内 2579-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 34180898-34182773(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGG
SmilChr08G002017 Chr08 NC_080394.1:17949017-17949031promoter 内 2563-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 17944914-17947593(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGG
SmilChr08G000879 Chr08 NC_080394.1:6500889-6500903promoter 内 2552-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 6498181-6499454(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGTCGGTGGG
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