转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 22 / 171 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001916 Chr04 NC_080390.1:31243726-31243742promoter 内 745-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31246982-31250422(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGGAAGAGGACAAAATA
SmilChr02G004343 Chr02 NC_080388.1:65690210-65690226promoter 内 734-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65693477-65704341(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr04G003313 Chr04 NC_080390.1:49860377-49860393promoter 内 727-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49854005-49857119(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr04G003293 Chr04 NC_080390.1:49654700-49654716promoter 内 641-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49658060-49659167(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr01G004262 Chr01 NC_080387.1:60890188-60890204promoter 内 583-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60893606-60895376(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9995329-9995345promoter 内 512-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr08G004692 Chr08 NC_080394.1:56353488-56353504promoter 内 479-495 bp + 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56349327-56349982(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTTTTATT
SmilChr05G001382 Chr05 NC_080391.1:12345596-12345612promoter 内 298-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 12349299-12352990(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGCTTTGTCGTTTTCAG
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53040193-53040209promoter 内 267-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTCTAGTG
SmilChr05G004245 Chr05 NC_080391.1:56259377-56259393promoter 内 228-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56253565-56255620(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr05G000765 Chr05 NC_080391.1:5934985-5935001promoter 内 200-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5938786-5940012(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAAAACAAGACAAAAAA
SmilChr01G006039 Chr01 NC_080387.1:75894066-75894082promoter 内 178-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75886241-75890259(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTGAAAAGGACAAAAAA
SmilChr01G003046 Chr01 NC_080387.1:49439493-49439509promoter 内 168-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49443326-49448527(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr07G004390 Chr07 NC_080393.1:56478830-56478846promoter 内 154-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56482677-56483981(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCGTCTTATC
SmilChr07G002715 Chr07 NC_080393.1:26620336-26620352promoter 内 121-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 26612754-26616472(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31085574-31085590promoter 内 99-115 bp - 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31080667-31081688(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GGAAAAAAGACAAAACA
SmilChr02G002979 Chr02 NC_080388.1:50359454-50359470promoter 内 71-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 50363384-50364606(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GAGAAAACGACAAATTC
SmilChr07G004721 Chr07 NC_080393.1:60094697-60094713promoter 内 71-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60098627-60099659(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr04G000517 Chr04 NC_080390.1:5695567-5695583promoter 内 36-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5699532-5700239(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr07G000403 Chr07 NC_080393.1:2786327-2786343promoter 内 10-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 2790318-2795051(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAGAAACGACAAAAGT
SmilChr07G004204 Chr07 NC_080393.1:54144132-54144148promoter 内 378-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 54147755-54148813(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCGTAAAGTG
SmilChr05G001601 Chr05 NC_080391.1:14775243-14775259promoter 内 35-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 3 14779209-14780266(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTCTGTCGTTTTCTT
SmilChr04G000497 Chr04 NC_080390.1:5432043-5432059promoter 内 3814-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 5422966-5431872(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTCTTTGTCGTCTTTCG
SmilChr01G005245 Chr01 NC_080387.1:69966889-69966905promoter 内 3754-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 69967136-69969848(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCGTTTTAAG
SmilChr02G004024 Chr02 NC_080388.1:62524442-62524458promoter 内 3581-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 62519489-62524038(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCCTAAAAGACAAAAGA
SmilChr07G002405 Chr07 NC_080393.1:22408104-22408120promoter 内 3417-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 22408688-22409723(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAATAAGACAAAAAA
SmilChr05G000772 Chr05 NC_080391.1:6019484-6019500promoter 内 3406-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 6020079-6026571(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTATTCTA
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8259912-8259928promoter 内 3392-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 8260521-8264195(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTTTTGGC
SmilChr05G000478 Chr05 NC_080391.1:3704710-3704726promoter 内 3286-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 3698093-3704011(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAAAAAGCGACAAAAAG
SmilChr01G000433 Chr01 NC_080387.1:8662390-8662406promoter 内 3243-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 8658607-8661648(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCTTCTTCTT
SmilChr02G004188 Chr02 NC_080388.1:64198787-64198803promoter 内 3243-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 64199545-64203085(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGTTTGTCGTCTACTT
SmilChr08G000738 Chr08 NC_080394.1:5468503-5468519promoter 内 3156-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 5469348-5471604(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACAAAGACGACAAAAGA
SmilChr05G004373 Chr05 NC_080391.1:57264017-57264033promoter 内 2975-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57265043-57266859(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAATAAGACAAAAAA
SmilChr02G004187 Chr02 NC_080388.1:64198787-64198803promoter 内 2483-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 64196032-64197285(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAGTAGACGACAAACAA
SmilChr08G003170 Chr08 NC_080394.1:32375433-32375449promoter 内 2478-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 32371880-32373926(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAATAAGACAAAAAA
SmilChr01G004607 Chr01 NC_080387.1:64045333-64045349promoter 内 2453-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 64046881-64049414(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAATAAGACAAAAAA
SmilChr07G000130 Chr07 NC_080393.1:766041-766057promoter 内 2249-2265 bp - 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 767793-768818(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTCTTTTT
SmilChr04G000923 Chr04 NC_080390.1:12070574-12070590promoter 内 2191-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 12066016-12068780(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGTCTCCGT
SmilChr05G001435 Chr05 NC_080391.1:13095088-13095104promoter 内 2143-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 13089822-13093246(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAATAAGACAAAAAA
SmilChr04G002510 Chr04 NC_080390.1:40083681-40083697promoter 内 1943-1959 bp - 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40085739-40088968(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTCTTCCC
SmilChr03G001734 Chr03 NC_080389.1:23306300-23306316promoter 内 1049-1065 bp + 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 23309252-23310665(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGCGAAAAGACAAAAAT
SmilChr04G002338 Chr04 NC_080390.1:37734274-37734290promoter 内 998-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 37730213-37731287(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCCAAAACGACAAATAT
SmilChr08G001141 Chr08 NC_080394.1:8993637-8993653promoter 内 919-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 8996719-8997271(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AACATAAAGACAAAACA
SmilChr05G003567 Chr05 NC_080391.1:47613455-47613471promoter 内 866-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 47609291-47610336(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CATAATAAGACAAAAAA
SmilChr03G003036 Chr03 NC_080389.1:47257178-47257194promoter 内 805-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 47260374-47261035(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGCTTTGCA
SmilChr03G000767 Chr03 NC_080389.1:8785384-8785400promoter 内 98-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 8779824-8781497(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAAATAACGACAAAATA
SmilChr01G000938 Chr01 NC_080387.1:19863310-19863326promoter 内 27-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 19852879-19859352(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTTTTGGC
SmilChr05G001745 Chr05 NC_080391.1:16950660-16950676promoter 内 3873-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16950788-17012130(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTTTTACA
SmilChr07G001614 Chr07 NC_080393.1:13545031-13545047promoter 内 3864-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 13543418-13544910(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGGAAGAAGACAAAACT
SmilChr05G004117 Chr05 NC_080391.1:55036020-55036036promoter 内 3775-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55036246-55038092(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTCGTCGTTTTCTT