转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 22 / 149 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002060 Chr04 NC_080390.1:33348994-33349001promoter 内 2484-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 33350511-33354304(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003592 Chr03 NC_080389.1:54570758-54570765promoter 内 2465-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 54572294-54574332(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001335 Chr04 NC_080390.1:21572256-21572263promoter 内 2458-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 21573799-21576723(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002480 Chr03 NC_080389.1:39358754-39358761promoter 内 2426-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39360329-39362283(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G003010 Chr04 NC_080390.1:46490426-46490433promoter 内 2415-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 46492012-46494195(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000167 Chr04 NC_080390.1:1503849-1503856promoter 内 2412-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 1501725-1502267(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001208 Chr01 NC_080387.1:24298880-24298887promoter 内 2408-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 24300473-24301747(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G004248 Chr02 NC_080388.1:64668693-64668700promoter 内 2400-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 64661246-64667099(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G001607 Chr02 NC_080388.1:29904166-29904173promoter 内 2395-2402 bp + 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 29905772-29907271(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001215 Chr04 NC_080390.1:18929977-18929984promoter 内 2380-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 18925717-18928363(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G003255 Chr01 NC_080387.1:51254558-51254565promoter 内 2370-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 51256189-51261192(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G005199 Chr01 NC_080387.1:69672468-69672475promoter 内 2367-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 69674102-69681886(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5001808-5001815promoter 内 2349-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4977151-5000163(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30576285-30576292promoter 内 2317-2324 bp - 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 30577969-30585793(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G003799 Chr02 NC_080388.1:59622474-59622481promoter 内 2271-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 59619165-59620751(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002240 Chr03 NC_080389.1:35291014-35291021promoter 内 2225-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 35288443-35289245(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001687 Chr04 NC_080390.1:27897383-27897390promoter 内 2203-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 27899181-27902134(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G004417 Chr01 NC_080387.1:62312422-62312429promoter 内 2166-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 62306415-62310594(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21446981-21446988promoter 内 2164-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 21441617-21445151(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001700 Chr02 NC_080388.1:31320811-31320818promoter 内 2151-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 31322661-31326472(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16223615-16223622promoter 内 2139-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 16225477-16227754(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002742 Chr03 NC_080389.1:43587558-43587565promoter 内 2139-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 43580843-43585703(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G004394 Chr02 NC_080388.1:66298808-66298815promoter 内 2138-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 66294410-66296952(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000672 Chr04 NC_080390.1:7627988-7627995promoter 内 2120-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 7621166-7626114(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001393 Chr04 NC_080390.1:22659953-22659960promoter 内 2091-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 22661863-22663866(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G004083 Chr01 NC_080387.1:59252383-59252390promoter 内 2078-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 59254306-59257098(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G003302 Chr04 NC_080390.1:49747342-49747349promoter 内 2068-2075 bp + 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 49749275-49750338(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003978 Chr03 NC_080389.1:58797796-58797803promoter 内 2051-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 58799746-58811854(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002250 Chr03 NC_080389.1:35433021-35433028promoter 内 2042-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 35428730-35431069(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G004942 Chr01 NC_080387.1:67543354-67543361promoter 内 2040-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 67539147-67541400(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001135 Chr02 NC_080388.1:20483304-20483311promoter 内 2027-2034 bp + 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20476332-20481337(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G002741 Chr04 NC_080390.1:43076788-43076795promoter 内 2026-2033 bp - 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 43074041-43074820(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42008067-42008074promoter 内 2000-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 42010068-42015034(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G004333 Chr03 NC_080389.1:61682488-61682495promoter 内 1978-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 61677000-61680472(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G002826 Chr01 NC_080387.1:46863279-46863286promoter 内 1972-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 46865308-46866386(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G000543 Chr04 NC_080390.1:6057305-6057312promoter 内 1970-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 6050741-6055281(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
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