转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 25 / 152 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005560 Chr01 NC_080387.1:72415773-72415791promoter 内 2152-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 72410811-72413942(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAAGTGGTTGAGGGCA
SmilChr03G002359 Chr03 NC_080389.1:37195492-37195510promoter 内 1961-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 37197532-37199867(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTTCCAACCACCAGACC
SmilChr01G002336 Chr01 NC_080387.1:40532889-40532907promoter 内 1506-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 40535384-40537096(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCATCAACCACATCCCC
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60156832-60156850promoter 内 1055-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 60149380-60153904(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCGCCCAACCACTGTCTC
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68247747-68247765promoter 内 711-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 68251037-68253803(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGGGGTGGTTGGCTCGC
SmilChr03G004137 Chr03 NC_080389.1:60226700-60226718promoter 内 689-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 60220415-60223406(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATTCCAACCACATCTTC
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27280574-27280592promoter 内 588-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 27272328-27277179(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTAAGTGGTTGAGATTT
SmilChr02G004315 Chr02 NC_080388.1:65487664-65487682promoter 内 321-339 bp - 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 65480358-65484002(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCCCAACCACAGCCAT
SmilChr04G000457 Chr04 NC_080390.1:4850170-4850188promoter 内 155-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 4843351-4846342(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGCGGTGGTTGGCGTTA
SmilChr02G001108 Chr02 NC_080388.1:19968014-19968032promoter 内 3914-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19964701-19967945(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCACAACCACCAACTC
SmilChr02G001109 Chr02 NC_080388.1:19974035-19974053promoter 内 3914-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19970724-19973966(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCACAACCACCAACTC
SmilChr02G001110 Chr02 NC_080388.1:19980056-19980074promoter 内 3909-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19976745-19979982(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCACAACCACCAACTC
SmilChr02G001324 Chr02 NC_080388.1:24730447-24730465promoter 内 3821-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24730627-24732489(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTAGTTGGAAAGA
SmilChr02G001761 Chr02 NC_080388.1:32364483-32364501promoter 内 3815-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32363557-32364315(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGAAAGTGGTTGGACTGA
SmilChr01G000818 Chr01 NC_080387.1:17680046-17680064promoter 内 3631-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 17673208-17679694(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCGCCCAACCACTGTCTC
SmilChr03G000167 Chr03 NC_080389.1:1828278-1828296promoter 内 3581-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1828698-1834802(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACGAGGTGGTTGGTTTTG
SmilChr02G005587 Chr02 NC_080388.1:75672805-75672823promoter 内 3560-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75668157-75672382(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAAATGTGGTTGGAGTTG
SmilChr05G001530 Chr05 NC_080391.1:14014922-14014940promoter 内 3492-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14015431-14017879(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTTCAACCACTTCCAG
SmilChr02G001910 Chr02 NC_080388.1:34395268-34395286promoter 内 3458-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 34388363-34394743(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTTCCAACTACCTCATA
SmilChr05G001602 Chr05 NC_080391.1:14780100-14780118promoter 内 3391-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14780710-14786198(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTCCAACCACTCTGTT
SmilChr01G000986 Chr01 NC_080387.1:20880055-20880073promoter 内 3232-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20874144-20879304(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCTCCAACCACTCTTCT
SmilChr01G001123 Chr01 NC_080387.1:22840080-22840098promoter 内 3227-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 22840854-22842220(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCTCCAACCACTCTTCT
SmilChr01G003377 Chr01 NC_080387.1:52458043-52458061promoter 内 3033-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52451698-52457093(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGCATCAACCACCTCAAG
SmilChr01G002325 Chr01 NC_080387.1:40331920-40331938promoter 内 2938-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40326715-40330875(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCGTCCAACCACCCACTC
SmilChr01G000617 Chr01 NC_080387.1:13610459-13610477promoter 内 2926-2944 bp - 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13611534-13614649(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTTGTGGTTGGCAGTG
SmilChr04G001371 Chr04 NC_080390.1:22271002-22271020promoter 内 2899-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 22251609-22269918(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGAAGGTGGTTGAACAGC
SmilChr03G004671 Chr03 NC_080389.1:64165400-64165418promoter 内 2842-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64166559-64168856(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGCTCCAACCACAACTAC
SmilChr02G005037 Chr02 NC_080388.1:72063047-72063065promoter 内 2808-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72064240-72066161(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCTCCAACCGCCACACC
SmilChr01G005531 Chr01 NC_080387.1:72166924-72166942promoter 内 2788-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72162633-72165729(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAAGTGGTTGAGGGCA
SmilChr02G002856 Chr02 NC_080388.1:48763535-48763553promoter 内 2742-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48764794-48768703(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGTTAGTGGTTGAAAAAG
SmilChr04G002040 Chr04 NC_080390.1:33117246-33117264promoter 内 2723-2741 bp + 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33113750-33115986(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAAAATTGGTTGGGGAAG
SmilChr03G001600 Chr03 NC_080389.1:20336130-20336148promoter 内 2634-2652 bp - 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20332193-20334781(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATCTGCAACCACCCTCGC
SmilChr02G005035 Chr02 NC_080388.1:72063047-72063065promoter 内 2510-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72059711-72061574(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTGGCGGTTGGAGAAG
SmilChr03G004341 Chr03 NC_080389.1:61716157-61716175promoter 内 2172-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61717986-61721047(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCCCAACCACTCCATC
SmilChr04G002274 Chr04 NC_080390.1:36922200-36922218promoter 内 2148-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 36924053-36927670(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAAAGGTGGTTGTGGGCC
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SmilChr01G002461 Chr01 NC_080387.1:42286590-42286608promoter 内 1697-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42288894-42289000(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
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