转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 25 / 123 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000312 Chr01 NC_080387.1:6027486-6027500promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 6026254-6027351(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCCAAGTCAATGGC
SmilChr02G003535 Chr02 NC_080388.1:56497609-56497623promoter 内 3698-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56497912-56500423(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGAAAGTCAAAGAC
SmilChr01G002380 Chr01 NC_080387.1:41001930-41001944promoter 内 3472-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 41002459-41005081(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAAAAGTCAAACAT
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55700345-55700359promoter 内 3235-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55696078-55699593(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGCAAGTCAAAGAA
SmilChr02G000262 Chr02 NC_080388.1:3412490-3412504promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3409681-3411676(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGATAGTCAACGTG
SmilChr01G002144 Chr01 NC_080387.1:37429184-37429198promoter 内 2911-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37430274-37436163(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACATTGACTTTTGA
SmilChr02G001280 Chr02 NC_080388.1:23641716-23641730promoter 内 2621-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23639688-23640350(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAAAAAGTCAAGCTC
SmilChr01G003714 Chr01 NC_080387.1:55480345-55480359promoter 内 2543-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55481803-55486554(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGATAGTCAACCTC
SmilChr02G002247 Chr02 NC_080388.1:39906906-39906920promoter 内 2054-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39908853-39912236(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACTCTTGACTTTGTT
SmilChr02G004551 Chr02 NC_080388.1:68046538-68046552promoter 内 2052-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 68042315-68044603(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAGTTGACTTTGTG
SmilChr02G004399 Chr02 NC_080388.1:66339603-66339617promoter 内 1868-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 66334013-66337484(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATTTTGACTTTTTC
SmilChr02G004111 Chr02 NC_080388.1:63404643-63404657promoter 内 1817-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 63406827-63409082(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACAAAGTCAATGGG
SmilChr02G001139 Chr02 NC_080388.1:20559323-20559337promoter 内 1702-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 20561622-20562869(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCAAGTCAAGGGA
SmilChr01G002442 Chr01 NC_080387.1:41997070-41997084promoter 内 1400-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 41999671-42000568(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGAGTTGACTTTGAT
SmilChr01G005869 Chr01 NC_080387.1:74627277-74627291promoter 内 1214-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 74623630-74624504(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAGTTGACTTTGTT
SmilChr02G001328 Chr02 NC_080388.1:24739943-24739957promoter 内 1119-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24742825-24747007(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCACAAGTCAAAGAC
SmilChr01G003713 Chr01 NC_080387.1:55480345-55480359promoter 内 1117-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55473436-55477475(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAGGTTGACTATCTC
SmilChr02G001765 Chr02 NC_080388.1:32393735-32393749promoter 内 784-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 32384930-32390532(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGACAAGTCAACCAA
SmilChr02G003111 Chr02 NC_080388.1:52089878-52089892promoter 内 647-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 52085105-52086538(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAAAAGTCAACAAA
SmilChr01G001610 Chr01 NC_080387.1:30250099-30250113promoter 内 597-611 bp + 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30253503-30255496(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCGGTTGACTTCTCC
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49184869-49184883promoter 内 575-589 bp + 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGGTTGACTTTTAT
SmilChr02G001061 Chr02 NC_080388.1:18917253-18917267promoter 内 58-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 18921196-18924120(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACTTTTGACTTTTAC
SmilChr02G000411 Chr02 NC_080388.1:5157271-5157285promoter 内 911-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 5160361-5161098(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGATGGTCAACGAA
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25315401-25315415promoter 内 3642-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 25306259-25315056(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACTACGTG
SmilChr01G005552 Chr01 NC_080387.1:72353304-72353318promoter 内 3567-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 72353738-72354907(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACGTTGACTTGACG
SmilChr02G003885 Chr02 NC_080388.1:60916670-60916684promoter 内 3198-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 60917473-60924780(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAATGAT
SmilChr01G001319 Chr01 NC_080387.1:26220011-26220025promoter 内 3033-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 26216407-26219057(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGAAAGTCAATGGT
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16293994-16294008promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 16289859-16292752(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTTTTGACTTGTAC
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52426476-52426490promoter 内 2476-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 52428001-52432420(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATGTTGACTTGTTA
SmilChr01G001336 Chr01 NC_080387.1:26539847-26539861promoter 内 1967-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 26541881-26545457(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGATGGTCAACGAA
SmilChr01G001128 Chr01 NC_080387.1:22890173-22890187promoter 内 1700-1714 bp - 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 22887781-22887886(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGTTGACCATCCC
SmilChr02G003884 Chr02 NC_080388.1:60916670-60916684promoter 内 1285-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 60908928-60913968(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCATTGACTTTTTT
SmilChr02G004459 Chr02 NC_080388.1:67016014-67016028promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 66989070-67015879(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAAAAAGTCAAAAAC
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22979806-22979820promoter 内 3641-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 22978984-22979460(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACTACGTG
SmilChr01G004415 Chr01 NC_080387.1:62297700-62297714promoter 内 3414-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 62298287-62300829(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TACTTTGACTTTCTA
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SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45145469-45145483promoter 内 2783-2797 bp + 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 45141055-45144265(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACTAAGTCAACAGT