靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 26 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G001208 |
Chr07 | NC_080393.1:9233060-9233068promoter 内 2078-2086 bp |
+ | 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 9224097-9231145(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr01G005800 |
Chr01 | NC_080387.1:74072100-74072108promoter 内 2062-2070 bp |
- | 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 74074039-74077240(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr04G001043 |
Chr04 | NC_080390.1:14841156-14841164promoter 内 2050-2058 bp |
- | 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 14843107-14843833(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr02G003978 |
Chr02 | NC_080388.1:62034880-62034888promoter 内 2046-2054 bp |
+ | 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 62036835-62048554(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr04G000287 |
Chr04 | NC_080390.1:2661258-2661266promoter 内 1992-2000 bp |
+ | 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 2663267-2664339(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr05G000450 |
Chr05 | NC_080391.1:3420320-3420328promoter 内 1939-1947 bp |
- | 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 3413634-3418266(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr01G005196 |
Chr01 | NC_080387.1:69648770-69648778promoter 内 1917-1925 bp |
- | 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 69646200-69646694(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr08G003701 |
Chr08 | NC_080394.1:41455359-41455367promoter 内 1893-1901 bp |
+ | 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 41457467-41460905(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr05G000537 |
Chr05 | NC_080391.1:4128878-4128886promoter 内 1889-1897 bp |
- | 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 4119603-4126774(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr08G002134 |
Chr08 | NC_080394.1:19237949-19237957promoter 内 1848-1856 bp |
+ | 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 19234248-19235804(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr07G000138 |
Chr07 | NC_080393.1:824232-824240promoter 内 1797-1805 bp |
- | 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 820621-822036(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr05G004204 |
Chr05 | NC_080391.1:55913311-55913319promoter 内 1777-1785 bp |
- | 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 55908894-55911095(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr07G002793 |
Chr07 | NC_080393.1:27810425-27810433promoter 内 1756-1764 bp |
- | 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 27812670-27815956(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr01G001195 |
Chr01 | NC_080387.1:24102106-24102114promoter 内 1724-1732 bp |
- | 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 24097390-24099837(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr01G002042 |
Chr01 | NC_080387.1:36096591-36096599promoter 内 1687-1695 bp |
- | 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 36091412-36094285(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr03G001332 |
Chr03 | NC_080389.1:15561714-15561722promoter 内 1652-1660 bp |
+ | 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 15559292-15559373(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr05G001416 |
Chr05 | NC_080391.1:12795239-12795247promoter 内 1587-1595 bp |
- | 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 12790333-12792833(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr06G000182 |
Chr06 | NC_080392.1:1264647-1264655promoter 内 1580-1588 bp |
- | 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 1267068-1270344(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr04G003190 |
Chr04 | NC_080390.1:48588918-48588926promoter 内 1574-1582 bp |
- | 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 48584890-48586499(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr02G002492 |
Chr02 | NC_080388.1:43362812-43362820promoter 内 1569-1577 bp |
- | 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 43353388-43360388(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr02G004924 |
Chr02 | NC_080388.1:71255456-71255464promoter 内 1567-1575 bp |
- | 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 71252206-71253030(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr07G002971 |
Chr07 | NC_080393.1:30271995-30272003promoter 内 1554-1562 bp |
- | 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 30268075-30269556(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr07G002953 |
Chr07 | NC_080393.1:29984906-29984914promoter 内 1539-1547 bp |
- | 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 29980973-29982452(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr05G004019 |
Chr05 | NC_080391.1:54186697-54186705promoter 内 1527-1535 bp |
- | 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 54182318-54184231(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr08G001311 |
Chr08 | NC_080394.1:10452284-10452292promoter 内 1484-1492 bp |
+ | 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 10444744-10449775(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr06G002928 |
Chr06 | NC_080392.1:42148442-42148450promoter 内 1451-1459 bp |
- | 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 42150992-42153855(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr05G004358 |
Chr05 | NC_080391.1:57158608-57158616promoter 内 1425-1433 bp |
+ | 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 57161184-57165169(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr04G000177 |
Chr04 | NC_080390.1:1583681-1583689promoter 内 1417-1425 bp |
- | 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 1586265-1587756(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr06G002639 |
Chr06 | NC_080392.1:37997841-37997849promoter 内 1409-1417 bp |
+ | 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 38000433-38001640(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr06G000006 |
Chr06 | NC_080392.1:177149-177157promoter 内 1401-1409 bp |
+ | 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 172972-174557(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr03G003585 |
Chr03 | NC_080389.1:54491458-54491466promoter 内 1358-1366 bp |
+ | 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 54486704-54488823(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GCCGTACAA |
SmilChr07G000638 |
Chr07 | NC_080393.1:4298126-4298134promoter 内 1334-1342 bp |
+ | 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 4300793-4302837(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TTGTACGGC |
SmilChr05G003013 |
Chr05 | NC_080391.1:37476058-37476066promoter 内 1313-1321 bp |
+ | 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 37478746-37480768(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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Chr05 | NC_080391.1:1073442-1073450promoter 内 1311-1319 bp |
- | 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 1076132-1079423(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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Chr07 | NC_080393.1:7221886-7221894promoter 内 1266-1274 bp |
- | 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 7224621-7227286(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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Chr06 | NC_080392.1:3155030-3155038promoter 内 1261-1269 bp |
- | 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 3150565-3152298(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 45254913-45256355(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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- | 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 21409306-21410664(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 4806858-4809266(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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+ | 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 36682773-36686580(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 57661133-57670723(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 57588585-57591109(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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+ | 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 19127247-19129416(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
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SMil_00021663-RA_Salv |
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SMil_00021663-RA_Salv |
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- | 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 50889135-50892864(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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- | 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 60123770-60126643(-) |
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Chr08 | NC_080394.1:57673582-57673590promoter 内 938-946 bp |
- | 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.5/ 100 | 1 | 57676645-57679415(+) |
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MP00633 |
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