转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 26 / 137 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001208 Chr07 NC_080393.1:9233060-9233068promoter 内 2078-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 9224097-9231145(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr01G005800 Chr01 NC_080387.1:74072100-74072108promoter 内 2062-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 74074039-74077240(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr04G001043 Chr04 NC_080390.1:14841156-14841164promoter 内 2050-2058 bp - 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14843107-14843833(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr02G003978 Chr02 NC_080388.1:62034880-62034888promoter 内 2046-2054 bp + 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 62036835-62048554(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr04G000287 Chr04 NC_080390.1:2661258-2661266promoter 内 1992-2000 bp + 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 2663267-2664339(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr05G000450 Chr05 NC_080391.1:3420320-3420328promoter 内 1939-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3413634-3418266(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr01G005196 Chr01 NC_080387.1:69648770-69648778promoter 内 1917-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 69646200-69646694(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr08G003701 Chr08 NC_080394.1:41455359-41455367promoter 内 1893-1901 bp + 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41457467-41460905(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr05G000537 Chr05 NC_080391.1:4128878-4128886promoter 内 1889-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4119603-4126774(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr08G002134 Chr08 NC_080394.1:19237949-19237957promoter 内 1848-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19234248-19235804(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr07G000138 Chr07 NC_080393.1:824232-824240promoter 内 1797-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 820621-822036(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr05G004204 Chr05 NC_080391.1:55913311-55913319promoter 内 1777-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 55908894-55911095(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr07G002793 Chr07 NC_080393.1:27810425-27810433promoter 内 1756-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 27812670-27815956(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr01G001195 Chr01 NC_080387.1:24102106-24102114promoter 内 1724-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 24097390-24099837(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36096591-36096599promoter 内 1687-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 36091412-36094285(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr03G001332 Chr03 NC_080389.1:15561714-15561722promoter 内 1652-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15559292-15559373(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr05G001416 Chr05 NC_080391.1:12795239-12795247promoter 内 1587-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 12790333-12792833(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr06G000182 Chr06 NC_080392.1:1264647-1264655promoter 内 1580-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1267068-1270344(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr04G003190 Chr04 NC_080390.1:48588918-48588926promoter 内 1574-1582 bp - 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 48584890-48586499(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43362812-43362820promoter 内 1569-1577 bp - 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 43353388-43360388(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71255456-71255464promoter 内 1567-1575 bp - 2426 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 71252206-71253030(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr07G002971 Chr07 NC_080393.1:30271995-30272003promoter 内 1554-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30268075-30269556(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr07G002953 Chr07 NC_080393.1:29984906-29984914promoter 内 1539-1547 bp - 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 29980973-29982452(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr05G004019 Chr05 NC_080391.1:54186697-54186705promoter 内 1527-1535 bp - 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54182318-54184231(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr08G001311 Chr08 NC_080394.1:10452284-10452292promoter 内 1484-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 10444744-10449775(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr06G002928 Chr06 NC_080392.1:42148442-42148450promoter 内 1451-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 42150992-42153855(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr05G004358 Chr05 NC_080391.1:57158608-57158616promoter 内 1425-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 57161184-57165169(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr04G000177 Chr04 NC_080390.1:1583681-1583689promoter 内 1417-1425 bp - 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1586265-1587756(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr06G002639 Chr06 NC_080392.1:37997841-37997849promoter 内 1409-1417 bp + 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 38000433-38001640(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr06G000006 Chr06 NC_080392.1:177149-177157promoter 内 1401-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 172972-174557(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr03G003585 Chr03 NC_080389.1:54491458-54491466promoter 内 1358-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54486704-54488823(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr07G000638 Chr07 NC_080393.1:4298126-4298134promoter 内 1334-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4300793-4302837(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr05G003013 Chr05 NC_080391.1:37476058-37476066promoter 内 1313-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37478746-37480768(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
SmilChr05G000132 Chr05 NC_080391.1:1073442-1073450promoter 内 1311-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1076132-1079423(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr07G000992 Chr07 NC_080393.1:7221886-7221894promoter 内 1266-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7224621-7227286(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCCGTACAA
SmilChr06G000394 Chr06 NC_080392.1:3155030-3155038promoter 内 1261-1269 bp - 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3150565-3152298(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TTGTACGGC
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