转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 26 / 138 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72856213-72856225promoter 内 3556-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72856658-72859105(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCG
SmilChr02G003279 Chr02 NC_080388.1:54083183-54083195promoter 内 3485-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54083699-54084713(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCTTTGACTATT
SmilChr02G004205 Chr02 NC_080388.1:64313229-64313241promoter 内 3460-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 64313770-64316621(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACGAG
SmilChr01G005981 Chr01 NC_080387.1:75472686-75472698promoter 内 3369-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75468432-75472066(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAGGA
SmilChr01G003979 Chr01 NC_080387.1:58237387-58237399promoter 内 3236-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58238152-58242105(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACGAC
SmilChr02G004937 Chr02 NC_080388.1:71337207-71337219promoter 内 2706-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71338502-71341737(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCTTTGACTAGA
SmilChr02G002302 Chr02 NC_080388.1:40613327-40613339promoter 内 2445-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40607092-40611783(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACCTC
SmilChr02G005117 Chr02 NC_080388.1:72677327-72677339promoter 内 2426-2438 bp + 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72672090-72675764(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGAGTCAACGGA
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72856213-72856225promoter 内 2414-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72852191-72854638(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCTCC
SmilChr01G003379 Chr01 NC_080387.1:52471711-52471723promoter 内 2387-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52466624-52470109(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCTTTGACTATT
SmilChr02G004033 Chr02 NC_080388.1:62626184-62626196promoter 内 2356-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62627829-62630397(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCTCC
SmilChr02G002400 Chr02 NC_080388.1:41883403-41883415promoter 内 2207-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41885197-41886517(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAGCA
SmilChr01G003708 Chr01 NC_080387.1:55432555-55432567promoter 内 2148-2160 bp + 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 55434408-55435001(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACGTTGACCACT
SmilChr02G001014 Chr02 NC_080388.1:17884995-17885007promoter 内 2003-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 17886993-17888133(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAACACC
SmilChr01G004793 Chr01 NC_080387.1:66164502-66164514promoter 内 1845-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 66166658-66169694(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACTTCG
SmilChr01G004183 Chr01 NC_080387.1:60276990-60277002promoter 内 1840-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60274033-60274841(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAGCA
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71337207-71337219promoter 内 1778-1790 bp + 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71328852-71334996(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAGCT
SmilChr01G004978 Chr01 NC_080387.1:67836147-67836159promoter 内 1749-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 67838399-67842346(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACGTTGACCACG
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6585069-6585081promoter 内 1657-1669 bp + 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6579395-6582737(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAGGT
SmilChr01G005515 Chr01 NC_080387.1:71982938-71982950promoter 内 1633-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71975466-71980582(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGTTGACTGGA
SmilChr01G000152 Chr01 NC_080387.1:2586638-2586650promoter 内 1620-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2589019-2591200(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCTTTGACTATT
SmilChr03G001984 Chr03 NC_080389.1:28990485-28990497promoter 内 1353-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 28993133-28994051(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAGGTTGACTTTG
SmilChr01G005337 Chr01 NC_080387.1:70600229-70600241promoter 内 1287-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70602943-70604862(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAGGA
SmilChr02G005119 Chr02 NC_080388.1:72677327-72677339promoter 内 1282-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72680046-72684140(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTCAT
SmilChr02G003346 Chr02 NC_080388.1:54673942-54673954promoter 内 1202-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54676741-54680443(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTAGTCAACGCA
SmilChr01G004789 Chr01 NC_080387.1:66112221-66112233promoter 内 575-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 66115647-66117585(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACTTCG
SmilChr02G003656 Chr02 NC_080388.1:57943662-57943674promoter 内 566-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 57947097-57947936(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCG
SmilChr02G002701 Chr02 NC_080388.1:46842435-46842447promoter 内 457-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46845979-46850611(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCG
SmilChr03G004424 Chr03 NC_080389.1:62402620-62402632promoter 内 433-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62396982-62399064(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAGGGTCAACGAT
SmilChr03G002867 Chr03 NC_080389.1:45319458-45319470promoter 内 418-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 45304300-45315887(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGCG
SmilChr02G005542 Chr02 NC_080388.1:75425393-75425405promoter 内 209-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 75429185-75435963(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCTTTGACTAGT
SmilChr01G002330 Chr01 NC_080387.1:40452474-40452486promoter 内 182-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 40456293-40457039(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACCTCC
SmilChr01G005825 Chr01 NC_080387.1:74249283-74249295promoter 内 3254-3266 bp + 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 5 74250030-74251068(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTTGT
SmilChr01G005832 Chr01 NC_080387.1:74331301-74331313promoter 内 3663-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 74331639-74338489(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTTGT
SmilChr01G005822 Chr01 NC_080387.1:74226011-74226023promoter 内 2829-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 74227183-74229632(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGGGTTGACTTGT
SmilChr02G000702 Chr02 NC_080388.1:11219494-11219506promoter 内 2491-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 4 11208006-11217996(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACACC
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