转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025053-RA_Salv SmilChr03G002335 bZIP XP_057801256.1 MP00647 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 27 / 143 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001871 Chr03 NC_080389.1:25918449-25918456promoter 内 2514-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 25919936-25922407(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr05G002886 Chr05 NC_080391.1:34572112-34572119promoter 内 1741-1748 bp - 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 34566940-34569859(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G001638 Chr06 NC_080392.1:18474254-18474261promoter 内 1623-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 18469982-18471883(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr05G002033 Chr05 NC_080391.1:21159871-21159878promoter 内 1600-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 21152731-21157477(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr01G001160 Chr01 NC_080387.1:23561885-23561892promoter 内 879-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 23565007-23582155(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr05G003284 Chr05 NC_080391.1:42854208-42854215promoter 内 670-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 42847936-42850884(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr02G000837 Chr02 NC_080388.1:14191898-14191905promoter 内 566-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 6 14195333-14198013(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5040396-5040403promoter 内 3962-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 5034119-5040364(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G001095 Chr06 NC_080392.1:10951207-10951214promoter 内 3929-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 10951279-10952473(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G001094 Chr06 NC_080392.1:10948864-10948871promoter 内 3763-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 10941141-10948633(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4003662-4003669promoter 内 2800-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 4004863-4005674(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68050615-68050622promoter 内 2295-2302 bp + 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 68052321-68052394(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr05G002649 Chr05 NC_080391.1:29975361-29975368promoter 内 2160-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 29977202-29978950(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr07G001311 Chr07 NC_080393.1:10104521-10104528promoter 内 2149-2156 bp - 1845 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 10101917-10102676(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr05G001564 Chr05 NC_080391.1:14311685-14311692promoter 内 1696-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 14313990-14314802(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46183878-46183885promoter 内 954-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 46186925-46187875(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr07G001519 Chr07 NC_080393.1:12161138-12161145promoter 内 933-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 12164206-12167003(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr04G000514 Chr04 NC_080390.1:5642050-5642057promoter 内 381-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 5645670-5657433(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G002301 Chr06 NC_080392.1:33248016-33248023promoter 内 144-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 33241591-33244166(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G000499 Chr06 NC_080392.1:4104992-4104999promoter 内 78-85 bp - 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 4100519-4101076(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr07G001353 Chr07 NC_080393.1:10484484-10484491promoter 内 3927-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 10477176-10484417(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr05G000471 Chr05 NC_080391.1:3574138-3574145promoter 内 3911-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 3571933-3574055(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr03G002583 Chr03 NC_080389.1:41092672-41092679promoter 内 3859-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 41092814-41094075(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr03G003194 Chr03 NC_080389.1:49417796-49417803promoter 内 3855-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 49417942-49442263(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G000535 Chr06 NC_080392.1:4457393-4457400promoter 内 3837-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 4453857-4457236(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr03G004619 Chr03 NC_080389.1:63895464-63895471promoter 内 3825-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 63895640-63897794(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr04G003536 Chr04 NC_080390.1:51724849-51724856promoter 内 3800-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 51720969-51724655(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr01G002942 Chr01 NC_080387.1:48202463-48202470promoter 内 3756-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 48199708-48202225(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGT
SmilChr04G004021 Chr04 NC_080390.1:55448305-55448312promoter 内 3751-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 55448555-55454161(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr07G001390 Chr07 NC_080393.1:10780767-10780774promoter 内 3724-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 10781044-10781781(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100036-43100043promoter 内 3721-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 43097783-43099763(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr06G001679 Chr06 NC_080392.1:19065370-19065377promoter 内 3591-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 19063937-19064967(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr03G002960 Chr03 NC_080389.1:46360512-46360519promoter 内 3588-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 46357573-46360106(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr02G002052 Chr02 NC_080388.1:36932489-36932496promoter 内 3551-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 36932939-36935810(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr01G002468 Chr01 NC_080387.1:42401386-42401393promoter 内 3546-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 42401841-42404048(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr02G002153 Chr02 NC_080388.1:38748072-38748079promoter 内 3523-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 38748550-38761334(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
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SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38388897-38388904promoter 内 3366-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 38389532-38392060(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
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SmilChr01G002480 Chr01 NC_080387.1:42536269-42536276promoter 内 3057-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 42534282-42535332(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr01G003533 Chr01 NC_080387.1:53950102-53950109promoter 内 3021-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 53951082-53956762(+) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 CCACGTGG
SmilChr01G001243 Chr01 NC_080387.1:24935302-24935309promoter 内 2993-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 24933517-24934301(-) SMil_00025053-RA_Salv MP00647 ACACGTGG