转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 27 / 121 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000676 Chr04 NC_080390.1:7727270-7727284promoter 内 3247-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 7728024-7730147(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGTTTAGATCTGGA
SmilChr03G004253 Chr03 NC_080389.1:61013522-61013536promoter 内 3694-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 61010657-61013229(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTATAGATCTGAT
SmilChr02G003688 Chr02 NC_080388.1:58281494-58281508promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 58274625-58280947(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGCGAGATCTGAG
SmilChr04G001993 Chr04 NC_080390.1:32234158-32234172promoter 内 3329-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 32234830-32236495(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACAGATCTGGA
SmilChr03G002199 Chr03 NC_080389.1:34596089-34596103promoter 内 3147-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 34596943-34597717(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGATCCA
SmilChr02G002336 Chr02 NC_080388.1:41062679-41062693promoter 内 2679-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 41064001-41065238(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAT
SmilChr03G003334 Chr03 NC_080389.1:51607597-51607611promoter 内 1833-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 51609765-51612494(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGCTTC
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58281545-58281559promoter 内 1777-1791 bp - 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 58283769-58293795(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGCTTC
SmilChr03G000168 Chr03 NC_080389.1:1836758-1836772promoter 内 1525-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 1839234-1840592(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATGCCAGATCTGAG
SmilChr04G000457 Chr04 NC_080390.1:4849904-4849918promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 4843351-4846342(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTCTAGATCTGGA
SmilChr05G001382 Chr05 NC_080391.1:12345608-12345622promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 12349299-12352990(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCGTCT
SmilChr04G003605 Chr04 NC_080390.1:52520344-52520358promoter 内 202-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 52515660-52516559(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAAATCTGAA
SmilChr04G001992 Chr04 NC_080390.1:32234158-32234172promoter 内 3937-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 32232606-32234108(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGTTTTT
SmilChr02G000134 Chr02 NC_080388.1:1843347-1843361promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 1840720-1843276(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACACCAGATCTGGG
SmilChr03G003672 Chr03 NC_080389.1:55558390-55558404promoter 内 3868-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 55558523-55575901(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTATATTT
SmilChr02G004003 Chr02 NC_080388.1:62368265-62368279promoter 内 3652-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 62357810-62367930(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATCAGATCTGTT
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9879991-9880005promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9880632-9885394(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGTTTCT
SmilChr05G000982 Chr05 NC_080391.1:7934656-7934670promoter 内 2976-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 7935681-7938272(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCCAGATCTGTG
SmilChr04G003630 Chr04 NC_080390.1:52811448-52811462promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 52812795-52817443(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGTGTG
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37717762-37717776promoter 内 2566-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 37713921-37716341(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGTGTG
SmilChr01G004020 Chr01 NC_080387.1:58595439-58595453promoter 内 2128-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 58591649-58593580(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGATCCA
SmilChr01G000547 Chr01 NC_080387.1:11305178-11305192promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 11307176-11308469(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAACAGATCTGAG
SmilChr02G001403 Chr02 NC_080388.1:26615682-26615696promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 26617680-26620835(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACAGATCTGGA
SmilChr03G002966 Chr03 NC_080389.1:46410497-46410511promoter 内 1973-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 46399994-46408483(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAGACAGATCTGGG
SmilChr01G000308 Chr01 NC_080387.1:5998043-5998057promoter 内 1751-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 6000293-6003053(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGAAT
SmilChr02G000726 Chr02 NC_080388.1:11797634-11797648promoter 内 1592-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 11793787-11795239(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGTTTCT
SmilChr01G004567 Chr01 NC_080387.1:63730964-63730978promoter 内 1314-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 63733651-63736157(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCATTA
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1843347-1843361promoter 内 1276-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 1846072-1849597(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGTGTG
SmilChr02G001399 Chr02 NC_080388.1:26572325-26572339promoter 内 779-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 26575547-26585582(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACAGATCTGGA
SmilChr03G003671 Chr03 NC_080389.1:55558390-55558404promoter 内 400-414 bp - 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 55547875-55554803(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATATAGATCTGCG
SmilChr02G001237 Chr02 NC_080388.1:22743720-22743734promoter 内 12-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 22747709-22748731(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGACACT
SmilChr01G003754 Chr01 NC_080387.1:55933203-55933217promoter 内 3809-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55931377-55933025(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAACTC
SmilChr01G004534 Chr01 NC_080387.1:63507261-63507275promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63507936-63510819(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAACTTAGATCTGAA
SmilChr02G003131 Chr02 NC_080388.1:52340839-52340853promoter 内 3306-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52337056-52340158(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAAATCTGAA
SmilChr02G003184 Chr02 NC_080388.1:52985363-52985377promoter 内 3117-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52986247-52990483(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATACAGATCTGCA
SmilChr02G004412 Chr02 NC_080388.1:66461894-66461908promoter 内 2998-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 66454537-66460905(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGACGGATCTGAG
SmilChr04G003360 Chr04 NC_080390.1:50195614-50195628promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50196652-50204421(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAAATTA
SmilChr02G000989 Chr02 NC_080388.1:17408244-17408258promoter 内 2761-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17409484-17412883(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGAATTGGATCTGAA
SmilChr04G002512 Chr04 NC_080390.1:40120480-40120494promoter 内 2515-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40116596-40119008(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTACTAGATCTGGT
SmilChr04G001882 Chr04 NC_080390.1:30725984-30725998promoter 内 2432-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30727553-30727659(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCCATCT
SmilChr02G002485 Chr02 NC_080388.1:43245658-43245672promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43241794-43244074(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTTTTAGATCTGAA
SmilChr05G001366 Chr05 NC_080391.1:12135417-12135431promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 12137121-12139180(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAACTCA
SmilChr03G000535 Chr03 NC_080389.1:5777859-5777873promoter 内 2253-2267 bp - 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5773432-5776125(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACGGATCTGAA
SmilChr02G000059 Chr02 NC_080388.1:758048-758062promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 755774-756272(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTATAGATCTGAG
SmilChr02G005579 Chr02 NC_080388.1:75633688-75633702promoter 内 2131-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75628944-75631832(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGAAGA
SmilChr02G003164 Chr02 NC_080388.1:52680164-52680178promoter 内 2035-2049 bp + 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52675067-52678212(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAATGG
SmilChr04G001471 Chr04 NC_080390.1:24146367-24146381promoter 内 2035-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24148333-24148852(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGCTTC
SmilChr02G003021 Chr02 NC_080388.1:50895869-50895883promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50897870-50901111(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAATGG
SmilChr02G003182 Chr02 NC_080388.1:52985363-52985377promoter 内 1945-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52980938-52983321(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTATTC
SmilChr02G004130 Chr02 NC_080388.1:63562566-63562580promoter 内 1876-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63558436-63560455(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGTTAGATCTGAA