转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 28 / 131 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004361 Chr02 NC_080388.1:65884642-65884654promoter 内 1828-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 65886815-65891848(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAACTTT
SmilChr03G002036 Chr03 NC_080389.1:30718923-30718935promoter 内 1629-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 30721295-30721639(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGCGTTGACTATA
SmilChr02G002737 Chr02 NC_080388.1:47301914-47301926promoter 内 1485-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 47304430-47306172(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51664141-51664153promoter 内 1389-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 51666753-51674549(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G001393 Chr01 NC_080387.1:27426386-27426398promoter 内 1114-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 27429273-27430251(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCTTTGACTTTA
SmilChr01G003685 Chr01 NC_080387.1:55231310-55231322promoter 内 1013-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55234298-55235568(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTAAGTCAACTCT
SmilChr01G005273 Chr01 NC_080387.1:70157740-70157752promoter 内 990-1002 bp + 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 70160751-70163867(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGAGGTCAACGGG
SmilChr02G000414 Chr02 NC_080388.1:5255042-5255054promoter 内 940-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5258103-5261633(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAA
SmilChr02G003993 Chr02 NC_080388.1:62236717-62236729promoter 内 921-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62230799-62233649(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAAGTTGACTTGT
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68823182-68823194promoter 内 912-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 68818426-68820105(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCGTTGACTACG
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15922646-15922658promoter 内 708-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15917647-15919365(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTCGTTGACTACT
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55218596-55218608promoter 内 676-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 55212150-55215283(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCCGTTGACTTGA
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3240960-3240972promoter 内 66-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3207949-3237037(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGCGTTGACTATA
SmilChr03G000094 Chr03 NC_080389.1:1056934-1056946promoter 内 12-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 1041581-1052957(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CGCGTTGACTATA
SmilChr03G001131 Chr03 NC_080389.1:13060554-13060566promoter 内 3986-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13060569-13065688(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTAAGTCAACTCT
SmilChr03G001132 Chr03 NC_080389.1:13066383-13066395promoter 内 3971-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13066413-13071497(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GTAAGTCAACTCT
SmilChr01G002670 Chr01 NC_080387.1:44914496-44914508promoter 内 3964-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44914533-44918072(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCTTTGACTTTG
SmilChr03G000784 Chr03 NC_080389.1:8940263-8940275promoter 内 3904-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8937178-8940178(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAG
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28806494-28806506promoter 内 3895-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28806600-28807767(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAACCAA
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856578-50856590promoter 内 3746-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50856833-50858826(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAAGTCAACGGA
SmilChr01G000594 Chr01 NC_080387.1:12938369-12938381promoter 内 3743-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12938627-12948947(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGTTGACTATT
SmilChr01G005839 Chr01 NC_080387.1:74394372-74394384promoter 内 3732-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74392759-74394115(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAAAGGT
SmilChr01G003187 Chr01 NC_080387.1:50621068-50621080promoter 内 3647-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50614422-50620726(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAACCAA
SmilChr01G001976 Chr01 NC_080387.1:35167948-35167960promoter 内 3510-3522 bp + 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35163307-35167469(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TCCGTTGACTTAA
SmilChr01G000779 Chr01 NC_080387.1:16986864-16986876promoter 内 3509-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16983283-16986384(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAACTTT
SmilChr02G003255 Chr02 NC_080388.1:53842063-53842075promoter 内 3410-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53836245-53841484(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAACTTT
SmilChr02G001722 Chr02 NC_080388.1:31689797-31689809promoter 内 3262-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31687898-31689070(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G005610 Chr01 NC_080387.1:72647873-72647885promoter 内 3180-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72648694-72652315(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAACATA
SmilChr01G001849 Chr01 NC_080387.1:33423198-33423210promoter 内 3121-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33424078-33425991(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAAAGGT
SmilChr01G001485 Chr01 NC_080387.1:28637693-28637705promoter 内 3039-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28631904-28636743(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAGTTGACTATT
SmilChr01G000671 Chr01 NC_080387.1:14849670-14849682promoter 内 2885-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14850786-14865235(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACAAGTCAACTTT
SmilChr01G004078 Chr01 NC_080387.1:59211174-59211186promoter 内 2824-2836 bp - 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59207508-59210009(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AATAGTCAACTTC
SmilChr01G005964 Chr01 NC_080387.1:75366613-75366625promoter 内 2768-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75363350-75365392(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTCTTTGACTTTG
SmilChr02G003635 Chr02 NC_080388.1:57698842-57698854promoter 内 2741-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57700102-57700797(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TATAGTCAACGCG
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3018608-3018620promoter 内 2645-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3016743-3017264(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGAGTTGACTATT
SmilChr01G004079 Chr01 NC_080387.1:59211174-59211186promoter 内 2576-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59212599-59214259(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GAAGTTGACTATT
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