转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 29 / 128 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001337 Chr06 NC_080392.1:13908552-13908566promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 13900140-13906908(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr02G001591 Chr02 NC_080388.1:29681113-29681127promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 29677481-29680344(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGCGT
SmilChr07G004591 Chr07 NC_080393.1:58710935-58710949promoter 内 2047-2061 bp + 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 58707117-58708995(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGCGT
SmilChr07G002532 Chr07 NC_080393.1:24008538-24008552promoter 内 1098-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 24011441-24014797(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCCT
SmilChr04G001478 Chr04 NC_080390.1:24217116-24217130promoter 内 1055-1069 bp - 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 4 24220062-24220832(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGCGGAGGTGC
SmilChr07G004508 Chr07 NC_080393.1:57745703-57745717promoter 内 3369-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 57743332-57745085(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G002088 Chr02 NC_080388.1:37477190-37477204promoter 内 3195-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 37477996-37482236(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr03G002775 Chr03 NC_080389.1:44146737-44146751promoter 内 3117-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 44144140-44145867(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr03G002356 Chr03 NC_080389.1:37195591-37195605promoter 内 3028-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 37181113-37194632(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr05G001968 Chr05 NC_080391.1:20280925-20280939promoter 内 2954-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 20276669-20279892(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr05G003096 Chr05 NC_080391.1:39384013-39384027promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 39385451-39387158(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr08G000886 Chr08 NC_080394.1:6564175-6564189promoter 内 2521-2535 bp + 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 6565655-6568215(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr03G002359 Chr03 NC_080389.1:37195591-37195605promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 37197532-37199867(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr01G000461 Chr01 NC_080387.1:9453951-9453965promoter 内 1875-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 9456077-9462670(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGTGGCGG
SmilChr07G002280 Chr07 NC_080393.1:21078356-21078370promoter 内 1784-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 21080573-21084723(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCACCACCGCCT
SmilChr05G002089 Chr05 NC_080391.1:21885581-21885595promoter 内 1103-1117 bp + 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 21880892-21882697(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGGAG
SmilChr03G004455 Chr03 NC_080389.1:62655258-62655272promoter 内 1065-1079 bp - 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 62658194-62660437(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGGAG
SmilChr02G004745 Chr02 NC_080388.1:69660011-69660025promoter 内 953-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 69663059-69666520(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr01G005056 Chr01 NC_080387.1:68492423-68492437promoter 内 863-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 68486364-68489299(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr04G001479 Chr04 NC_080390.1:24217116-24217130promoter 内 92-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 24221025-24221546(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGCGGAGGTGC
SmilChr07G002083 Chr07 NC_080393.1:18948002-18948016promoter 内 3819-3833 bp - 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 18948184-18948253(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGACGG
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36633959-36633973promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 36630279-36633642(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGTGG
SmilChr03G001052 Chr03 NC_080389.1:12241052-12241066promoter 内 3664-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 12241389-12243025(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr07G001976 Chr07 NC_080393.1:17328902-17328916promoter 内 3664-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 17329239-17330837(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCACCACCGCCG
SmilChr04G003234 Chr04 NC_080390.1:49163455-49163469promoter 内 3240-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49159480-49162708(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCACCACCGCCG
SmilChr04G003329 Chr04 NC_080390.1:50014474-50014488promoter 内 3240-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50010495-50013727(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCACCACCGCCG
SmilChr04G001799 Chr04 NC_080390.1:29459459-29459473promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 29460879-29462928(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCC
SmilChr02G001825 Chr02 NC_080388.1:33284772-33284786promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 33281548-33283289(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr05G000864 Chr05 NC_080391.1:6858165-6858179promoter 内 2439-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6851903-6856617(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCTG
SmilChr04G003330 Chr04 NC_080390.1:50014474-50014488promoter 内 2308-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 50016167-50018450(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr05G002142 Chr05 NC_080391.1:22595153-22595167promoter 内 2089-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 22581052-22593255(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGTGG
SmilChr06G002425 Chr06 NC_080392.1:34987796-34987810promoter 内 1878-1892 bp + 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 34989919-34991760(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCG
SmilChr05G002526 Chr05 NC_080391.1:28099311-28099325promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 28101604-28103406(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCACCACCGCCG
SmilChr05G002497 Chr05 NC_080391.1:27691207-27691221promoter 内 1622-1636 bp - 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 27693586-27697120(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGCGG
SmilChr04G003235 Chr04 NC_080390.1:49163455-49163469promoter 内 1546-1560 bp - 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49165910-49168531(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr06G001503 Chr06 NC_080392.1:16071309-16071323promoter 内 1387-1401 bp - 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 16073923-16075465(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr05G002143 Chr05 NC_080391.1:22595153-22595167promoter 内 1359-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 22597795-22597990(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCTG
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SmilChr07G004122 Chr07 NC_080393.1:52891164-52891178promoter 内 1010-1024 bp + 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 52886807-52888187(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGATGG
SmilChr03G001053 Chr03 NC_080389.1:12241052-12241066promoter 内 330-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 12244723-12246166(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGC
SmilChr05G000865 Chr05 NC_080391.1:6858165-6858179promoter 内 290-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 6861876-6864054(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGTGG
SmilChr01G005011 Chr01 NC_080387.1:68136956-68136970promoter 内 3972-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 68136985-68137404(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCACCACCGCCG
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SmilChr04G002132 Chr04 NC_080390.1:34308295-34308309promoter 内 3473-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 34298839-34307781(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGCGGAGGTGG
SmilChr05G002090 Chr05 NC_080391.1:21885581-21885595promoter 内 3407-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 21883501-21885001(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGGAG
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SmilChr05G001959 Chr05 NC_080391.1:20110073-20110087promoter 内 2961-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 20102755-20109047(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr01G005856 Chr01 NC_080387.1:74490578-74490592promoter 内 2913-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74491666-74497993(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGTCACCGCCG