转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 29 / 134 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000357 Chr02 NC_080388.1:4605000-4605014promoter 内 2090-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 4601080-4603103(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATTATC
SmilChr02G005014 Chr02 NC_080388.1:71922505-71922519promoter 内 1944-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 71924562-71926068(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATATCA
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33082002-33082016promoter 内 1817-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 33084186-33088888(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTATTT
SmilChr01G004145 Chr01 NC_080387.1:59963513-59963527promoter 内 1747-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 59965767-59967079(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTACTAGA
SmilChr01G004150 Chr01 NC_080387.1:60036995-60037009promoter 内 1602-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 60028237-60034610(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATTTTT
SmilChr01G004768 Chr01 NC_080387.1:65858013-65858027promoter 内 1518-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 65854747-65855544(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTATTT
SmilChr01G003639 Chr01 NC_080387.1:54895763-54895777promoter 内 1274-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 54890600-54893050(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAATATAATGATTAG
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67543174-67543188promoter 内 1258-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 67528523-67540445(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATTTAT
SmilChr01G002354 Chr01 NC_080387.1:40729300-40729314promoter 内 1211-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40720872-40726524(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATTTAATGATTAC
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41275339-41275353promoter 内 854-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41262782-41272206(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGCTAAT
SmilChr02G002822 Chr02 NC_080388.1:48333167-48333181promoter 内 643-657 bp - 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 48336525-48342033(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATTTTT
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9508963-9508977promoter 内 546-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 9512418-9513257(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCACAAAT
SmilChr01G004688 Chr01 NC_080387.1:64935017-64935031promoter 内 301-315 bp - 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 64930750-64931331(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGAATAATGATTGT
SmilChr01G003905 Chr01 NC_080387.1:57313180-57313194promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 57316909-57323551(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCTAGTAATGATGAT
SmilChr01G001996 Chr01 NC_080387.1:35424848-35424862promoter 内 264-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 35428585-35432335(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAGATCT
SmilChr03G001578 Chr03 NC_080389.1:19947039-19947053promoter 内 3948-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 19947092-19951504(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCGCTTTT
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73244164-73244178promoter 内 3741-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 73244424-73246790(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAAGTAATGATTAT
SmilChr03G001867 Chr03 NC_080389.1:25821478-25821492promoter 内 3591-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25821888-25823864(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGATGATGATTAT
SmilChr01G005475 Chr01 NC_080387.1:71741027-71741041promoter 内 3572-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71734846-71740612(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAACATAATGATTGC
SmilChr02G004149 Chr02 NC_080388.1:63812810-63812824promoter 内 3531-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 63809857-63812354(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGTAATGATTTC
SmilChr01G006010 Chr01 NC_080387.1:75657395-75657409promoter 内 3326-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 75658070-75662073(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATCTCC
SmilChr02G005338 Chr02 NC_080388.1:74227328-74227342promoter 内 3234-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74228095-74239539(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGCATAT
SmilChr02G005155 Chr02 NC_080388.1:72919759-72919773promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 72916532-72918911(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGTGATGATTAA
SmilChr02G000020 Chr02 NC_080388.1:163515-163529promoter 内 2849-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 161505-162377(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATATAATGATTGA
SmilChr03G003287 Chr03 NC_080389.1:50977929-50977943promoter 内 2817-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50976250-50976759(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGATGATGATTAT
SmilChr02G004358 Chr02 NC_080388.1:65873922-65873936promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 65868832-65872699(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGAGCAATGATTAT
SmilChr03G003288 Chr03 NC_080389.1:50983321-50983335promoter 内 2631-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50980166-50981965(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGATGATGATTAT
SmilChr02G000487 Chr02 NC_080388.1:6641470-6641484promoter 内 2270-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6636649-6639753(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATATTC
SmilChr02G000827 Chr02 NC_080388.1:13971763-13971777promoter 内 2197-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 13973567-13973673(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAGCACT
SmilChr01G001956 Chr01 NC_080387.1:34841499-34841513promoter 内 2175-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 34837638-34839687(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATATCA
SmilChr02G000870 Chr02 NC_080388.1:14956808-14956822promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 14953826-14954797(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAACCTAATGATTAG
SmilChr01G001785 Chr01 NC_080387.1:32729949-32729963promoter 内 1964-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32731986-32737720(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCTAGTAATGATGAT
SmilChr02G002926 Chr02 NC_080388.1:49664049-49664063promoter 内 1840-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49666210-49667026(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAGGCAATGATTAA
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:902124-902138promoter 内 1741-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 897628-899878(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATCTCC
SmilChr03G001823 Chr03 NC_080389.1:24951028-24951042promoter 内 1349-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 24946586-24948390(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATCTCC
SmilChr02G001297 Chr02 NC_080388.1:23980287-23980301promoter 内 1309-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 23982979-23983085(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATAATT
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SmilChr02G002565 Chr02 NC_080388.1:44627557-44627571promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44624603-44624709(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACAAAA
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SmilChr01G002035 Chr01 NC_080387.1:35987053-35987067promoter 内 979-993 bp + 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 35982980-35984045(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGGATC
SmilChr02G002927 Chr02 NC_080388.1:49664049-49664063promoter 内 868-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49667182-49668027(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAGGCAATGATTAA
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SmilChr03G001292 Chr03 NC_080389.1:15122327-15122341promoter 内 246-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 15126082-15131174(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATGTTC
SmilChr01G003909 Chr01 NC_080387.1:57377983-57377997promoter 内 176-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 57373138-57374172(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTAGATTA
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