转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 3 / 164 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000097 Chr03 NC_080389.1:1083684-1083698promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1082174-1083545(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCCCAA
SmilChr08G000652 Chr08 NC_080394.1:4847485-4847499promoter 内 3823-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 4847663-4851168(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G001532 Chr01 NC_080387.1:29341304-29341318promoter 内 3635-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 29340528-29340952(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACACT
SmilChr07G002376 Chr07 NC_080393.1:22121351-22121365promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22118335-22120944(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATTGGTAGGTGGG
SmilChr04G002458 Chr04 NC_080390.1:39392460-39392474promoter 内 3400-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 39390029-39391873(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACACT
SmilChr03G003937 Chr03 NC_080389.1:58435673-58435687promoter 内 3277-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 58433387-58434963(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70096625-70096639promoter 内 2523-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70098103-70106949(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr03G004029 Chr03 NC_080389.1:59305434-59305448promoter 内 1726-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 59298837-59303173(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G000192 Chr06 NC_080392.1:1332816-1332830promoter 内 1505-1519 bp + 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1326955-1330334(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACACT
SmilChr05G000142 Chr05 NC_080391.1:1144218-1144232promoter 内 1357-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1146862-1150361(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACACT
SmilChr06G000933 Chr06 NC_080392.1:8862213-8862227promoter 内 1146-1160 bp + 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 8855261-8859372(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACACT
SmilChr07G004494 Chr07 NC_080393.1:57560526-57560540promoter 内 912-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 57563615-57569980(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTGGG
SmilChr05G000141 Chr05 NC_080391.1:1144218-1144232promoter 内 418-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1131390-1140649(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G003439 Chr02 NC_080388.1:55659829-55659843promoter 内 283-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 55663547-55668086(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACACT
SmilChr05G004072 Chr05 NC_080391.1:54612641-54612655promoter 内 157-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54616485-54618957(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGGGGTAGGTGGG
SmilChr08G002691 Chr08 NC_080394.1:26505907-26505921promoter 内 2853-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 26503716-26504773(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGAGGTAGGTGGA
SmilChr03G000170 Chr03 NC_080389.1:1867842-1867856promoter 内 1929-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 1869914-1872256(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGGGGTAGGTGGG
SmilChr08G000345 Chr08 NC_080394.1:2398337-2398351promoter 内 1950-1964 bp + 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 2394626-2396300(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCACCC
SmilChr03G001530 Chr03 NC_080389.1:19114985-19114999promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 19111906-19112765(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTACTC
SmilChr03G001531 Chr03 NC_080389.1:19119620-19119634promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 19116541-19117400(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTACTC
SmilChr08G002465 Chr08 NC_080394.1:23481212-23481226promoter 内 2953-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 23477957-23480178(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACAA
SmilChr01G000369 Chr01 NC_080387.1:7621707-7621721promoter 内 2625-2639 bp - 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 7620268-7620345(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGGTGGTAGGTAGG
SmilChr04G004146 Chr04 NC_080390.1:56204887-56204901promoter 内 2192-2206 bp + 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56201896-56203092(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAATCT
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55083236-55083250promoter 内 2064-2078 bp + 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 55085173-55089489(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGAAGGTAGGTGGG
SmilChr04G004148 Chr04 NC_080390.1:56204887-56204901promoter 内 1700-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56207188-56209220(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGATTGGTAGGTGAG
SmilChr01G000364 Chr01 NC_080387.1:7535352-7535366promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 7539047-7539838(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACAA
SmilChr04G003073 Chr04 NC_080390.1:47295831-47295845promoter 内 299-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 47288630-47292143(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCACAA
SmilChr05G003364 Chr05 NC_080391.1:44482578-44482592promoter 内 3181-3195 bp - 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44481446-44481772(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGTTGGTAGGTGAA
SmilChr02G004127 Chr02 NC_080388.1:63524820-63524834promoter 内 505-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 63520369-63521338(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGTGGTAGGTGGA
SmilChr05G002869 Chr05 NC_080391.1:34371037-34371051promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 34374797-34377585(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25616321-25616335promoter 内 1658-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 25607442-25613992(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCACATC
SmilChr03G004181 Chr03 NC_080389.1:60531307-60531321promoter 内 848-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 60534460-60538815(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGAGGTAGGTGAG
SmilChr08G000380 Chr08 NC_080394.1:2666628-2666642promoter 内 722-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 2669907-2670617(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTAGGTAGGTGGG
SmilChr05G002368 Chr05 NC_080391.1:25859195-25859209promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 25863007-25865305(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAACAG
SmilChr07G002458 Chr07 NC_080393.1:23107607-23107621promoter 内 2274-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 23102781-23105894(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCTTGGTAGGTGGG
SmilChr02G002135 Chr02 NC_080388.1:38468042-38468056promoter 内 979-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 38464018-38465034(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr01G004291 Chr01 NC_080387.1:61128349-61128363promoter 内 3287-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 61129063-61132865(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGGA
SmilChr08G001961 Chr08 NC_080394.1:17264849-17264863promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 17265975-17267865(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGGA
SmilChr03G001938 Chr03 NC_080389.1:27516529-27516543promoter 内 2662-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 27517868-27523585(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGGTAGGTGGG
SmilChr02G003461 Chr02 NC_080388.1:55899527-55899541promoter 内 2211-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 55901317-55907160(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTGAG
SmilChr08G001444 Chr08 NC_080394.1:11599699-11599713promoter 内 2207-2221 bp - 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 11587711-11597919(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G001503 Chr02 NC_080388.1:28079292-28079306promoter 内 2178-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 28074760-28077483(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAAGAT
SmilChr02G003610 Chr02 NC_080388.1:57358205-57358219promoter 内 2155-2169 bp + 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 57353334-57356373(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTTCAA
SmilChr01G002081 Chr01 NC_080387.1:36754450-36754464promoter 内 2082-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 36756369-36761002(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCATTCA
SmilChr07G003806 Chr07 NC_080393.1:46911949-46911963promoter 内 1776-1790 bp + 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 46906777-46909738(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAAGAT
SmilChr03G001600 Chr03 NC_080389.1:20337249-20337263promoter 内 1519-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20332193-20334781(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAAGAT
SmilChr03G000232 Chr03 NC_080389.1:2757678-2757692promoter 内 1351-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2752746-2755042(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCAAGAT
SmilChr01G001772 Chr01 NC_080387.1:32638506-32638520promoter 内 1025-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 32630790-32635544(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTGAG
SmilChr03G001361 Chr03 NC_080389.1:15977077-15977091promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 15973052-15974086(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTTCAA
SmilChr05G000106 Chr05 NC_080391.1:686908-686922promoter 内 551-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 680867-683472(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGGTAGGTGGG