转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 30 / 134 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005414 Chr02 NC_080388.1:74605191-74605205promoter 内 7-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74609185-74610719(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGTACAATGATTAT
SmilChr01G001541 Chr01 NC_080387.1:29432116-29432130promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 10 29433455-29433526(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G005896 Chr01 NC_080387.1:74878899-74878913promoter 内 2946-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 9 74879954-74880883(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58941891-58941905promoter 内 2655-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 8 58927254-58940559(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGACAATGATTAC
SmilChr02G000300 Chr02 NC_080388.1:3792757-3792771promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 7 3792808-3794739(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATAATT
SmilChr03G001855 Chr03 NC_080389.1:25574805-25574819promoter 内 728-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 7 25578078-25588940(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGACAATGATTAC
SmilChr02G004042 Chr02 NC_080388.1:62727030-62727044promoter 内 2208-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 6 62728823-62730356(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGACAATGATTAC
SmilChr02G001222 Chr02 NC_080388.1:22439940-22439954promoter 内 1541-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 6 22435815-22437494(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGACAATGATTAC
SmilChr02G004041 Chr02 NC_080388.1:62727030-62727044promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 62719642-62725784(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G004588 Chr01 NC_080387.1:63897441-63897455promoter 内 2554-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 63894616-63896008(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATTAAT
SmilChr03G001176 Chr03 NC_080389.1:13519813-13519827promoter 内 1817-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 13521997-13523176(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACTATAATGATGAA
SmilChr02G001534 Chr02 NC_080388.1:28597868-28597882promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 28600076-28600906(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAACAATGATTAT
SmilChr02G001535 Chr02 NC_080388.1:28597868-28597882promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 28601380-28601452(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAACAATGATTAT
SmilChr02G004317 Chr02 NC_080388.1:65499490-65499504promoter 内 3562-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 65499929-65502746(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr02G003269 Chr02 NC_080388.1:53942790-53942804promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 53943472-53945305(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr02G003863 Chr02 NC_080388.1:60576211-60576225promoter 内 3066-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 60574796-60575290(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G002057 Chr01 NC_080387.1:36372531-36372545promoter 内 1875-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 36374657-36378001(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAGATTT
SmilChr03G001022 Chr03 NC_080389.1:11850215-11850229promoter 内 1706-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 11852510-11854008(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATGATT
SmilChr01G003119 Chr01 NC_080387.1:50007479-50007493promoter 内 719-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 50002361-50004211(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGACAATGATTAC
SmilChr02G004708 Chr02 NC_080388.1:69361284-69361298promoter 内 3361-3375 bp + 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 69357387-69360658(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCACGAAA
SmilChr01G002015 Chr01 NC_080387.1:35717230-35717244promoter 内 3018-3032 bp + 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 35712868-35716261(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAGATTT
SmilChr01G002510 Chr01 NC_080387.1:42994785-42994799promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 42996383-43000308(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr02G001196 Chr02 NC_080388.1:22005229-22005243promoter 内 2206-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 22007024-22012627(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATTTTT
SmilChr03G000622 Chr03 NC_080389.1:6864271-6864285promoter 内 2012-2026 bp - 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 6861170-6862296(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACTATAATGATGAA
SmilChr02G003473 Chr02 NC_080388.1:56037939-56037953promoter 内 1471-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 56040469-56045779(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATCCTC
SmilChr02G000839 Chr02 NC_080388.1:14202454-14202468promoter 内 1148-1162 bp - 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 14205307-14207987(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGTTTTC
SmilChr01G001972 Chr01 NC_080387.1:35102110-35102124promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 35105479-35107663(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGTTTTC
SmilChr01G003703 Chr01 NC_080387.1:55413694-55413708promoter 内 606-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 55408889-55410313(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTATAATGATTGG
SmilChr01G001640 Chr01 NC_080387.1:30417173-30417187promoter 内 337-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 30420837-30422442(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTATAATGATTAA
SmilChr03G002361 Chr03 NC_080389.1:37234999-37235013promoter 内 217-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 37238783-37243764(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGTTTTC
SmilChr02G001872 Chr02 NC_080388.1:33986540-33986554promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 33990364-33992098(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGTTTTC
SmilChr02G003824 Chr02 NC_080388.1:59886261-59886275promoter 内 120-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 59890142-59890868(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTGCC
SmilChr02G004318 Chr02 NC_080388.1:65499490-65499504promoter 内 116-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 65503375-65507356(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTCGTA
SmilChr01G004784 Chr01 NC_080387.1:66032930-66032944promoter 内 29-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 66036902-66038789(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGATAATGATTAA
SmilChr02G000342 Chr02 NC_080388.1:4449358-4449372promoter 内 3950-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 4447221-4449321(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATAATT
SmilChr02G004223 Chr02 NC_080388.1:64440100-64440114promoter 内 3922-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 64440179-64441027(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATAT
SmilChr02G003094 Chr02 NC_080388.1:51820051-51820065promoter 内 3871-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 51820181-51822612(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAATAATGATTAG
SmilChr03G000491 Chr03 NC_080389.1:5263048-5263062promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 5263340-5269150(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTACCGTA
SmilChr01G005082 Chr01 NC_080387.1:68699945-68699959promoter 内 3652-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 68700294-68701229(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTAA
SmilChr01G005162 Chr01 NC_080387.1:69397652-69397666promoter 内 3610-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 69385861-69397275(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGATGATGATTAA
SmilChr03G001265 Chr03 NC_080389.1:14647117-14647131promoter 内 3394-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 14645299-14646524(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTAATAATGATTAT
SmilChr01G005473 Chr01 NC_080387.1:71715942-71715956promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 71716661-71719500(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCCAC
SmilChr02G002851 Chr02 NC_080388.1:48679500-48679514promoter 内 3150-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 48680351-48684323(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACGGGTAATGATTAA
SmilChr02G004709 Chr02 NC_080388.1:69361284-69361298promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 69362241-69363486(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTCGTGATGATTAC
SmilChr02G004124 Chr02 NC_080388.1:63500094-63500108promoter 内 2880-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 63501215-63502134(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATGAA
SmilChr02G004588 Chr02 NC_080388.1:68359133-68359147promoter 内 2523-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 68356906-68357669(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGTTAT
SmilChr02G002850 Chr02 NC_080388.1:48679500-48679514promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 48674009-48677934(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACCCGT
SmilChr02G003823 Chr02 NC_080388.1:59886261-59886275promoter 内 2372-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59887890-59889453(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTGCC
SmilChr02G000130 Chr02 NC_080388.1:1759068-1759082promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1756019-1757367(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATGAA
SmilChr03G000112 Chr03 NC_080389.1:1256412-1256426promoter 内 2215-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1241646-1254640(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGACAATGATTAC