转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 31 / 134 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004121 Chr04 NC_080390.1:56073489-56073503promoter 内 1514-1528 bp - 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56075976-56078817(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGCATA
SmilChr06G000898 Chr06 NC_080392.1:8480471-8480485promoter 内 1500-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8482972-8488027(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTTGCCGACATCT
SmilChr03G002324 Chr03 NC_080389.1:36593113-36593127promoter 内 1486-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36587799-36590612(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCAGACC
SmilChr01G000205 Chr01 NC_080387.1:3555105-3555119promoter 内 1438-1452 bp + 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3546780-3552556(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTAGAAA
SmilChr05G002596 Chr05 NC_080391.1:29185085-29185099promoter 内 1356-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29181060-29182454(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGATGCCGACATCA
SmilChr05G001237 Chr05 NC_080391.1:10477169-10477183promoter 内 1278-1292 bp - 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10479892-10482261(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCCACCA
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55104745-55104759promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55107495-55110325(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTTGTCGGCGACGC
SmilChr02G002194 Chr02 NC_080388.1:39161782-39161796promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39158517-39159026(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCCGCCGACACAG
SmilChr03G004086 Chr03 NC_080389.1:59773466-59773480promoter 内 1231-1245 bp - 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59765665-59770710(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGATGCCGACATAC
SmilChr01G000843 Chr01 NC_080387.1:18271636-18271650promoter 内 1202-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18274435-18279623(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAACCGCCGACATTT
SmilChr07G002370 Chr07 NC_080393.1:22007561-22007575promoter 内 1186-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 22010376-22013975(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTCTGCCGACGTCG
SmilChr05G000251 Chr05 NC_080391.1:1919090-1919104promoter 内 740-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1911765-1915843(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCATACCGACATCA
SmilChr01G005849 Chr01 NC_080387.1:74440390-74440404promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74436940-74437011(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCACGCCGACATTA
SmilChr08G002655 Chr08 NC_080394.1:26035664-26035678promoter 内 581-595 bp + 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26028874-26032258(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCACGGG
SmilChr08G001745 Chr08 NC_080394.1:14677310-14677324promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14680741-14688167(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTCGCCGACAAGT
SmilChr07G001223 Chr07 NC_080393.1:9358202-9358216promoter 内 495-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9361708-9363904(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTGGGCCGACATTA
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73333953-73333967promoter 内 454-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73337500-73338856(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTGTCGGCCGAGG
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70094499-70094513promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70098103-70106949(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGGGACCGACATGA
SmilChr07G003343 Chr07 NC_080393.1:35821296-35821310promoter 内 386-400 bp - 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35824911-35826102(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCAGACC
SmilChr05G003370 Chr05 NC_080391.1:44585419-44585433promoter 内 337-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44589083-44594685(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACGTCGGCAGTGC
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18487465-18487479promoter 内 246-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18491220-18493750(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCACTAG
SmilChr08G000307 Chr08 NC_080394.1:2133310-2133324promoter 内 225-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2137086-2137706(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCGTCGA
SmilChr07G000750 Chr07 NC_080393.1:5287820-5287834promoter 内 169-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5280137-5284002(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAGGTCGGCAATGG
SmilChr06G001635 Chr06 NC_080392.1:18321447-18321461promoter 内 142-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18325306-18330759(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCAGACC
SmilChr05G002054 Chr05 NC_080391.1:21407937-21407951promoter 内 3703-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 21405442-21407653(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGCACC
SmilChr08G002238 Chr08 NC_080394.1:20510887-20510901promoter 内 3588-3602 bp - 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 20511300-20516797(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGCACC
SmilChr02G003861 Chr02 NC_080388.1:60528760-60528774promoter 内 1197-1211 bp - 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 60531564-60532579(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGTACA
SmilChr01G003315 Chr01 NC_080387.1:51874151-51874165promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 51877715-51880313(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr07G002885 Chr07 NC_080393.1:29102043-29102057promoter 内 3760-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 29102284-29102733(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACTGCCGACGTCC
SmilChr05G004143 Chr05 NC_080391.1:55386775-55386789promoter 内 3754-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 55385619-55386542(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTGCACCGACATCA
SmilChr03G001031 Chr03 NC_080389.1:12016324-12016338promoter 内 3323-3337 bp - 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 12013561-12015660(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr01G004714 Chr01 NC_080387.1:65323658-65323672promoter 内 2951-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 65324708-65326861(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACAACCGACATAG
SmilChr06G000306 Chr06 NC_080392.1:2218969-2218983promoter 内 2907-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 2210189-2217889(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCGGGAG
SmilChr02G002680 Chr02 NC_080388.1:46388274-46388288promoter 内 2732-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 46384041-46387019(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGCACC
SmilChr07G004154 Chr07 NC_080393.1:53394823-53394837promoter 内 2540-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 53396284-53396862(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41887789-41887803promoter 内 2539-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 41885763-41886341(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATCGCCGACAAGG
SmilChr04G002009 Chr04 NC_080390.1:32588124-32588138promoter 内 2459-2473 bp + 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 32585835-32586596(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTCGAAA
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