转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 31 / 133 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002949 Chr02 NC_080388.1:50030938-50030952promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50029921-50030442(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGATCTTATCCCAA
SmilChr03G001580 Chr03 NC_080389.1:19960905-19960919promoter 内 3384-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19957268-19960302(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAGATAAGGCTGC
SmilChr01G001436 Chr01 NC_080387.1:28031434-28031448promoter 内 3353-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28030640-28030800(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGATCTTATCCAAT
SmilChr01G005172 Chr01 NC_080387.1:69473854-69473868promoter 内 3109-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69474746-69476712(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTACCTTATCCTTG
SmilChr01G002381 Chr01 NC_080387.1:41014034-41014048promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41006914-41013148(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGCAGATAAGGTGTT
SmilChr03G001625 Chr03 NC_080389.1:20879448-20879462promoter 内 2919-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20875128-20878380(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTCCTTATCTATT
SmilChr02G000542 Chr02 NC_080388.1:7472272-7472286promoter 内 2860-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7473413-7474540(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCACCTTATCCTTG
SmilChr03G000202 Chr03 NC_080389.1:2298590-2298604promoter 内 2768-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2296226-2297371(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGTTTG
SmilChr02G003319 Chr02 NC_080388.1:54457360-54457374promoter 内 2602-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54453435-54455975(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTCACCTTATCTTAT
SmilChr03G000859 Chr03 NC_080389.1:9820876-9820890promoter 内 2548-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9813814-9819437(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGTTTG
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14602632-14602646promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14598107-14601107(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAAGATAAGGGAAG
SmilChr03G000179 Chr03 NC_080389.1:1921855-1921869promoter 内 2416-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1923440-2552598(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAACATTATCCAAA
SmilChr02G001206 Chr02 NC_080388.1:22232747-22232761promoter 内 2174-2188 bp + 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22234574-22237833(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATAGATAAGGTTTG
SmilChr02G002290 Chr02 NC_080388.1:40429461-40429475promoter 内 2139-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40431323-40434945(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCATTCTTATCCCAT
SmilChr02G000411 Chr02 NC_080388.1:5158468-5158482promoter 内 2108-2122 bp - 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5160361-5161098(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACGCCTTATCCCTT
SmilChr03G000223 Chr03 NC_080389.1:2608674-2608688promoter 内 2096-2110 bp - 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2610579-2611193(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAACATTATCCAAA
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41175795-41175809promoter 内 1900-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAGGATAAGTTTGA
SmilChr01G004735 Chr01 NC_080387.1:65539137-65539151promoter 内 1835-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65541303-65542172(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAAGAACAA
SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60415218-60415232promoter 内 1716-1730 bp - 2271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60417503-60433614(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTACCTTATCTCTT
SmilChr02G000720 Chr02 NC_080388.1:11589816-11589830promoter 内 1680-1694 bp + 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11592137-11595069(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACGGGATAAGAATGG
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62689431-62689445promoter 内 1647-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 62691785-62695137(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTCCTTATCTTTA
SmilChr03G001597 Chr03 NC_080389.1:20281618-20281632promoter 内 1461-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20284158-20287446(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAATTCTTATCCCAA
SmilChr02G005444 Chr02 NC_080388.1:74815276-74815290promoter 内 1355-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74817922-74820746(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTTTCTTATCCTAT
SmilChr01G000848 Chr01 NC_080387.1:18325233-18325247promoter 内 1227-1241 bp - 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 18321602-18322473(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAGGATAAGACAAT
SmilChr02G000304 Chr02 NC_080388.1:3844286-3844300promoter 内 1095-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3839067-3841394(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGACCTTATCTTGA
SmilChr02G003268 Chr02 NC_080388.1:53937901-53937915promoter 内 1079-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53940823-53941464(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAAGATAAGGAAAC
SmilChr03G001444 Chr03 NC_080389.1:17224163-17224177promoter 内 1049-1063 bp + 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 17216362-17221225(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATTCTTATCCTTT
SmilChr02G003318 Chr02 NC_080388.1:54457360-54457374promoter 内 1041-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54453435-54454414(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTCACCTTATCTTAT
SmilChr03G000109 Chr03 NC_080389.1:1198615-1198629promoter 内 974-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1201642-1202819(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGAGTGA
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64047850-64047864promoter 内 920-934 bp + 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64042824-64044783(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAATCTTATCCATC
SmilChr02G000444 Chr02 NC_080388.1:5820212-5820226promoter 内 894-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5816373-5817119(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGGATAAGGCGAA
SmilChr02G001441 Chr02 NC_080388.1:27105276-27105290promoter 内 854-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27099113-27102143(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAACATTGA
SmilChr02G002849 Chr02 NC_080388.1:48665669-48665683promoter 内 696-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48668974-48673486(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAGATAAGGAAAA
SmilChr01G005404 Chr01 NC_080387.1:71307585-71307599promoter 内 663-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71303109-71304261(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGATTCT
SmilChr01G004905 Chr01 NC_080387.1:67102724-67102738promoter 内 372-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 67106353-67109520(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATAGATAAGGTCAC
SmilChr02G004572 Chr02 NC_080388.1:68219063-68219077promoter 内 2773-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 8 68220291-68226607(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGGGAAG
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26464021-26464035promoter 内 3936-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 26464086-26473494(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTTTCTTATCCAAA
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SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20166245-20166259promoter 内 3434-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 20166812-20167687(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGTCCTTATCTTCT
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SmilChr01G002781 Chr01 NC_080387.1:46268811-46268825promoter 内 2567-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 46270245-46272496(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGGATAAGATGAT
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SmilChr01G000835 Chr01 NC_080387.1:18031563-18031577promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 18033341-18034810(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGTCTTATCCACT
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