转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 31 / 121 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005784 Chr01 NC_080387.1:73941926-73941940promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73937889-73937960(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTTAGATCTAAG
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42942226-42942240promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAACTC
SmilChr02G002698 Chr02 NC_080388.1:46751554-46751568promoter 内 2808-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 9 46752747-46759935(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGGCAGATCTGAT
SmilChr02G002697 Chr02 NC_080388.1:46751554-46751568promoter 内 2221-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 8 46749046-46749788(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCCTTC
SmilChr01G001009 Chr01 NC_080387.1:21220312-21220326promoter 内 3952-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 7 21220361-21223520(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCGGATCTAGAACC
SmilChr02G001034 Chr02 NC_080388.1:18379577-18379591promoter 内 1054-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 7 18382524-18385099(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGACTTGGATCTGAG
SmilChr01G000283 Chr01 NC_080387.1:5556592-5556606promoter 内 1604-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 6 5558989-5562387(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCTAGATCTAGA
SmilChr02G003758 Chr02 NC_080388.1:59228293-59228307promoter 内 1567-1581 bp - 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 6 59230727-59236132(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGTCCA
SmilChr02G001094 Chr02 NC_080388.1:19739379-19739393promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 19735577-19737694(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCTAGATCTAGA
SmilChr02G000292 Chr02 NC_080388.1:3702037-3702051promoter 内 1739-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 3704299-3707126(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGAGGA
SmilChr04G001478 Chr04 NC_080390.1:24219429-24219443promoter 内 3368-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 24220062-24220832(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACATTGGATCTGAG
SmilChr05G000351 Chr05 NC_080391.1:2633393-2633407promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 2630799-2632340(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATTCAGATCTGGC
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39847637-39847651promoter 内 2544-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 39849094-39851883(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGAGTAGATCTGAG
SmilChr03G002156 Chr03 NC_080389.1:33547612-33547626promoter 内 2452-2466 bp - 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 33549161-33552044(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCAATC
SmilChr04G002521 Chr04 NC_080390.1:40246615-40246629promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 40248514-40251244(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGAGTAGATCTGAG
SmilChr04G004155 Chr04 NC_080390.1:56258090-56258104promoter 内 1586-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 56252704-56255689(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGTGGT
SmilChr02G005261 Chr02 NC_080388.1:73702528-73702542promoter 内 1222-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 73698250-73699763(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGAGGA
SmilChr03G002149 Chr03 NC_080389.1:33437703-33437717promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 33433170-33434205(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATGTTC
SmilChr03G002332 Chr03 NC_080389.1:36785775-36785789promoter 内 197-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 36781031-36781985(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATGTTC
SmilChr03G003180 Chr03 NC_080389.1:49258063-49258077promoter 内 3403-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 49256691-49257479(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTATATCC
SmilChr01G003095 Chr01 NC_080387.1:49779049-49779063promoter 内 3134-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 49776377-49778196(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGGTTC
SmilChr05G000352 Chr05 NC_080391.1:2633393-2633407promoter 内 3062-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 2634332-2635873(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGAATGA
SmilChr02G002378 Chr02 NC_080388.1:41679116-41679130promoter 内 2976-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41675976-41678105(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGTCTCT
SmilChr01G004928 Chr01 NC_080387.1:67349933-67349947promoter 内 2882-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 67346163-67348828(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGACCA
SmilChr02G004335 Chr02 NC_080388.1:65607981-65607995promoter 内 2709-2723 bp - 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 65609273-65613562(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGAAATC
SmilChr01G005773 Chr01 NC_080387.1:73809554-73809568promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 73803823-73808194(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTGCAGATCTGAG
SmilChr03G001487 Chr03 NC_080389.1:17943772-17943786promoter 内 2335-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17945438-17947540(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGACCG
SmilChr01G004710 Chr01 NC_080387.1:65247316-65247330promoter 内 2321-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 65242854-65245650(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAGCCT
SmilChr02G003099 Chr02 NC_080388.1:51887414-51887428promoter 内 2176-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 51889239-51889311(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAACCTAGATCTGTG
SmilChr02G000367 Chr02 NC_080388.1:4677759-4677773promoter 内 2138-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4679622-4684080(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCAAAT
SmilChr03G001383 Chr03 NC_080389.1:16352196-16352210promoter 内 2118-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16354079-16356884(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTATGGATCTGAT
SmilChr02G000755 Chr02 NC_080388.1:12327844-12327858promoter 内 2075-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 12304635-12325932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCCTAGATCTGAA
SmilChr03G001381 Chr03 NC_080389.1:16331546-16331560promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16333745-16336551(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTATGGATCTGAT
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55074355-55074369promoter 内 1663-1677 bp + 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55063768-55072031(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCATTG
SmilChr04G002216 Chr04 NC_080390.1:35849394-35849408promoter 内 1574-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35845154-35846981(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTCTAGATCTGGT
SmilChr01G000959 Chr01 NC_080387.1:20310504-20310518promoter 内 1282-1296 bp - 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 20307693-20307799(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTCAGATCTGGC
SmilChr02G003984 Chr02 NC_080388.1:62090543-62090557promoter 内 1219-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 62093325-62103782(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTAGATCTAGAACT
SmilChr02G002564 Chr02 NC_080388.1:44615246-44615260promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 44610723-44612255(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCAAAT
SmilChr02G002561 Chr02 NC_080388.1:44560037-44560051promoter 内 901-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 44555391-44556951(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCAAAT
SmilChr04G000253 Chr04 NC_080390.1:2301484-2301498promoter 内 452-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 2305033-2307170(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCCCC
SmilChr04G001170 Chr04 NC_080390.1:17515098-17515112promoter 内 108-122 bp - 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17505225-17511219(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAACATAGATCTGAG
SmilChr03G001579 Chr03 NC_080389.1:19954877-19954891promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19955044-19956198(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTTTTAGATCTGGA
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4138207-4138221promoter 内 3738-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4136911-4137958(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGATTTG
SmilChr01G004299 Chr01 NC_080387.1:61175043-61175057promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61172693-61174484(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTCTAGATCTGTG
SmilChr04G004037 Chr04 NC_080390.1:55608860-55608874promoter 内 3382-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55605554-55608255(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCTATAGATCTGAG
SmilChr01G000662 Chr01 NC_080387.1:14736009-14736023promoter 内 3367-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14736643-14738495(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAGATC
SmilChr01G005554 Chr01 NC_080387.1:72374247-72374261promoter 内 3367-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 72370681-72373627(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCGAGATCTGAA
SmilChr01G005524 Chr01 NC_080387.1:72125738-72125752promoter 内 3348-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 72122213-72125099(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCGAGATCTGAA
SmilChr02G000040 Chr02 NC_080388.1:487936-487950promoter 内 3280-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 483264-487229(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGAAGA
SmilChr01G002624 Chr01 NC_080387.1:44511970-44511984promoter 内 3162-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44508084-44511145(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGTCGCC