转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 32 / 149 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000362 Chr05 NC_080391.1:2701449-2701456promoter 内 1704-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 2697325-2699159(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G003686 Chr02 NC_080388.1:58222179-58222186promoter 内 1696-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 58224484-58228396(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G000445 Chr05 NC_080391.1:3388894-3388901promoter 内 1693-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 3379568-3386593(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr08G002235 Chr08 NC_080394.1:20463107-20463114promoter 内 1692-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 20465416-20471175(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G004253 Chr07 NC_080393.1:54975549-54975556promoter 内 1678-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 54969555-54973233(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G002087 Chr01 NC_080387.1:36854072-36854079promoter 内 1669-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 36856404-36857548(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G002051 Chr02 NC_080388.1:36925605-36925612promoter 内 1659-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 36927947-36929065(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G000709 Chr07 NC_080393.1:4935914-4935921promoter 内 1659-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 4938256-4941411(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G000500 Chr06 NC_080392.1:4113421-4113428promoter 内 1613-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 4102097-4111040(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G000773 Chr07 NC_080393.1:5410640-5410647promoter 内 1607-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 5406561-5408253(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G004265 Chr03 NC_080389.1:61131721-61131728promoter 内 1604-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 61134118-61138266(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G002204 Chr05 NC_080391.1:23490391-23490398promoter 内 1579-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 23492813-23493903(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G001474 Chr02 NC_080388.1:27526975-27526982promoter 内 1577-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 27518785-27524558(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G004731 Chr07 NC_080393.1:60186345-60186352promoter 内 1541-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 60188805-60191488(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G004278 Chr03 NC_080389.1:61227248-61227255promoter 内 1538-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 61221053-61224792(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G002446 Chr05 NC_080391.1:26945292-26945299promoter 内 1508-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 26947785-26950342(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G003613 Chr07 NC_080393.1:42422935-42422942promoter 内 1500-1507 bp - 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 42425436-42426618(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G000787 Chr04 NC_080390.1:9686105-9686112promoter 内 1492-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 9678829-9683603(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G000139 Chr01 NC_080387.1:2337190-2337197promoter 内 1491-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 2339700-2341885(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G002336 Chr04 NC_080390.1:37692033-37692040promoter 内 1461-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 37694573-37696627(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G004662 Chr01 NC_080387.1:64726669-64726676promoter 内 1442-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 64721669-64724117(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G004706 Chr02 NC_080388.1:69355716-69355723promoter 内 1420-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 69351219-69353142(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G003866 Chr05 NC_080391.1:52261519-52261526promoter 内 1412-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 52264108-52269980(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G002678 Chr08 NC_080394.1:26309214-26309221promoter 内 1385-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 26299173-26306605(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G005210 Chr02 NC_080388.1:73333900-73333907promoter 内 1384-1391 bp - 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 73330538-73331290(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G001702 Chr07 NC_080393.1:14434289-14434296promoter 内 1384-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 14429062-14431679(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G000592 Chr05 NC_080391.1:4464597-4464604promoter 内 1354-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 4467244-4470005(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G005202 Chr02 NC_080388.1:73289674-73289681promoter 内 1344-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 73286223-73287024(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31156877-31156884promoter 内 1335-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 31159543-31170581(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G000093 Chr06 NC_080392.1:660133-660140promoter 内 1319-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 662815-664478(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G000703 Chr04 NC_080390.1:8175776-8175783promoter 内 1309-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 8178468-8181148(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G000702 Chr04 NC_080390.1:8175776-8175783promoter 内 1279-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 8171805-8173061(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G000801 Chr07 NC_080393.1:5642532-5642539promoter 内 1260-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 5645273-5647729(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G003942 Chr07 NC_080393.1:49785018-49785025promoter 内 1257-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 49787762-49790269(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr08G000003 Chr08 NC_080394.1:49985-49992promoter 内 1253-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 52733-57412(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G001372 Chr08 NC_080394.1:10943781-10943788promoter 内 1250-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 10946532-10946665(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
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