转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 33 / 143 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003197 Chr08 NC_080394.1:32798207-32798218promoter 内 84-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 32792532-32794301(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr02G000981 Chr02 NC_080388.1:17259860-17259871promoter 内 67-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 17263794-17268668(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr07G002044 Chr07 NC_080393.1:18543845-18543856promoter 内 65-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18537071-18539920(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GATAGCTGTCAA
SmilChr02G004396 Chr02 NC_080388.1:66297825-66297836promoter 内 19-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 66301807-66304825(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTATC
SmilChr07G000037 Chr07 NC_080393.1:167747-167758promoter 内 1816-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 162832-165573(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTGGCCG
SmilChr07G000039 Chr07 NC_080393.1:167747-167758promoter 内 1783-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 169965-173166(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CGGCCAGCTGTA
SmilChr04G004156 Chr04 NC_080390.1:56267240-56267251promoter 内 916-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 56263259-56264166(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGAGCTGTCGC
SmilChr05G002821 Chr05 NC_080391.1:33348228-33348239promoter 内 2149-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 33345258-33346387(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGACAGCTGAT
SmilChr06G003115 Chr06 NC_080392.1:44008161-44008172promoter 内 1208-1219 bp + 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 44000739-44005379(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTGGCCG
SmilChr07G000624 Chr07 NC_080393.1:4219042-4219053promoter 内 3832-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 4218163-4218884(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGTT
SmilChr05G002880 Chr05 NC_080391.1:34476466-34476477promoter 内 2965-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 34473277-34475441(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGACAGCTGGT
SmilChr03G004595 Chr03 NC_080389.1:63770046-63770057promoter 内 2948-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 63771099-63773539(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTTCCAGCTGTG
SmilChr01G004968 Chr01 NC_080387.1:67783423-67783434promoter 内 2685-2696 bp - 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 67784739-67791410(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAGAGCTGTCAG
SmilChr01G005858 Chr01 NC_080387.1:74516376-74516387promoter 内 2510-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 74509077-74514896(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTT
SmilChr04G003468 Chr04 NC_080390.1:51164922-51164933promoter 内 2167-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 51166756-51167854(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGGAAA
SmilChr05G001099 Chr05 NC_080391.1:9150784-9150795promoter 内 2000-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 9152785-9157046(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTATC
SmilChr03G002592 Chr03 NC_080389.1:41227177-41227188promoter 内 1830-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 41229348-41233430(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGGACAGCTGTT
SmilChr04G004178 Chr04 NC_080390.1:56379267-56379278promoter 内 1579-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 56374652-56376856(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGGAAA
SmilChr06G003148 Chr06 NC_080392.1:44507229-44507240promoter 内 1503-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 44502839-44504742(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGTT
SmilChr05G002178 Chr05 NC_080391.1:23226365-23226376promoter 内 1249-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 23221247-23223624(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACCAGCTGTCCA
SmilChr01G005406 Chr01 NC_080387.1:71315609-71315620promoter 内 939-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 71311053-71312558(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTT
SmilChr07G000623 Chr07 NC_080393.1:4219042-4219053promoter 内 247-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 4214514-4215299(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGACAGCTGTT
SmilChr01G001989 Chr01 NC_080387.1:35318441-35318452promoter 内 3837-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 35312795-35318288(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCGACAGCTGAT
SmilChr08G000074 Chr08 NC_080394.1:433001-433012promoter 内 3837-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 433165-435581(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTT
SmilChr01G000516 Chr01 NC_080387.1:10612354-10612365promoter 内 3829-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 10611243-10612193(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTT
SmilChr07G001540 Chr07 NC_080393.1:12519093-12519104promoter 内 3768-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 12519326-12520218(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGGAAA
SmilChr07G001503 Chr07 NC_080393.1:11986588-11986599promoter 内 3767-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 11986822-11987713(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGGAAA
SmilChr04G000364 Chr04 NC_080390.1:3655147-3655158promoter 内 3574-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3654240-3654731(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGAGCTGTCAT
SmilChr01G003588 Chr01 NC_080387.1:54430383-54430394promoter 内 3470-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54430914-54433917(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AAGAGCTGTCAT
SmilChr04G000621 Chr04 NC_080390.1:7038613-7038624promoter 内 3426-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7037654-7038049(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGACAGCTGTG
SmilChr01G005860 Chr01 NC_080387.1:74526858-74526869promoter 内 3415-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 74524119-74526283(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTT
SmilChr04G003477 Chr04 NC_080390.1:51231404-51231415promoter 内 3359-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51232046-51234859(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGAGCTGTCGC
SmilChr02G001282 Chr02 NC_080388.1:23646462-23646473promoter 内 3333-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23644815-23645805(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCGACAGCTCTC
SmilChr07G001872 Chr07 NC_080393.1:16197877-16197888promoter 内 3228-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 16198650-16205594(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACGACAGCTGAG
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14725869-14725880promoter 内 3170-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 14726700-14727998(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACGACAGCTGAG
SmilChr06G001485 Chr06 NC_080392.1:15825385-15825396promoter 内 3159-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 15818411-15824554(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTATC
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SmilChr03G003385 Chr03 NC_080389.1:52216469-52216480promoter 内 2574-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 52205301-52215053(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTCGT
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SmilChr02G000523 Chr02 NC_080388.1:7178361-7178372promoter 内 2187-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7180175-7183488(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATGACAGCTCTT