转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 33 / 152 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003131 Chr05 NC_080391.1:39940365-39940383promoter 内 226-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39944140-39946027(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAATGGTGGTTGAAGCAC
SmilChr02G005105 Chr02 NC_080388.1:72577223-72577241promoter 内 163-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 72581061-72585279(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGATGTGGTTGAAGAGT
SmilChr01G002249 Chr01 NC_080387.1:39101610-39101628promoter 内 97-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39105514-39107684(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACCACCTGGGA
SmilChr04G003172 Chr04 NC_080390.1:48393772-48393790promoter 内 72-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48387346-48389861(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACGACAACCACCACCAC
SmilChr01G002429 Chr01 NC_080387.1:41833244-41833262promoter 内 3740-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 41833505-41837531(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCTCCAACCACACCATC
SmilChr02G001952 Chr02 NC_080388.1:35214155-35214173promoter 内 3740-3758 bp - 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 35214416-35229933(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAGCTGTGGTTGGGGATG
SmilChr05G002464 Chr05 NC_080391.1:27147263-27147281promoter 内 3120-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 27148144-27152200(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTGCCAACCACATTTGC
SmilChr02G004776 Chr02 NC_080388.1:69909610-69909628promoter 内 2509-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 69911102-69916141(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGCCACAACCACCAACAG
SmilChr01G001200 Chr01 NC_080387.1:24171141-24171159promoter 内 2446-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 24160292-24169604(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATGCCAACCACTTGTTC
SmilChr05G001691 Chr05 NC_080391.1:16060784-16060802promoter 内 1827-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 16062958-16063713(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAGGTGGTTGCTGAAT
SmilChr03G000462 Chr03 NC_080389.1:4942260-4942278promoter 内 1270-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 4944991-4950450(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTC
SmilChr03G002248 Chr03 NC_080389.1:35406867-35406885promoter 内 293-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 35410575-35412657(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACCTTCAACCACTATTTC
SmilChr04G002019 Chr04 NC_080390.1:32764684-32764702promoter 内 3980-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 32761675-32764681(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCACAACCACAACCAC
SmilChr03G001147 Chr03 NC_080389.1:13224673-13224691promoter 内 3876-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 13222908-13224566(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAAAGTAGTTGGAAGTT
SmilChr02G001573 Chr02 NC_080388.1:29164466-29164484promoter 内 3857-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 29162480-29164340(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTCTCAACCACCCAGGT
SmilChr02G002123 Chr02 NC_080388.1:38000330-38000348promoter 内 3817-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 38000514-38005590(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCCCACAACCACCTTATT
SmilChr03G002352 Chr03 NC_080389.1:37158751-37158769promoter 内 3784-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 37158968-37164609(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGCACAACCACCTATTC
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4885138-4885156promoter 内 3688-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 4885451-4887397(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCGCCAACCACCGTCTA
SmilChr02G000590 Chr02 NC_080388.1:8461598-8461616promoter 内 3482-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 8462117-8462620(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTACCAACCACCACATA
SmilChr01G004436 Chr01 NC_080387.1:62452844-62452862promoter 内 3365-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 62453480-62462374(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTAGATGGTTGGAGATG
SmilChr04G000369 Chr04 NC_080390.1:3714718-3714736promoter 内 3324-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 3710532-3714059(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGACGGCAACCACCACTCC
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21003562-21003580promoter 内 3283-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 21001451-21002862(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCCCCAACCACTTGGTG
SmilChr01G005692 Chr01 NC_080387.1:73199396-73199414promoter 内 3062-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73197240-73198475(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTC
SmilChr03G002345 Chr03 NC_080389.1:36985419-36985437promoter 内 2827-2845 bp + 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 36981758-36984263(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGTTGTGGTTGGGCGAC
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24827126-24827144promoter 内 2415-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 24816330-24825558(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATGCCAACCACTTGTTC
SmilChr01G004932 Chr01 NC_080387.1:67377802-67377820promoter 内 2320-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 67372644-67376139(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGGGATTG
SmilChr01G003424 Chr01 NC_080387.1:52912547-52912565promoter 内 2231-2249 bp + 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52908982-52910795(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACAGGTGGTTGTAGTAG
SmilChr01G005494 Chr01 NC_080387.1:71859316-71859334promoter 内 2104-2122 bp - 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 71853840-71857437(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTCTACAACCACCAACGC
SmilChr05G002031 Chr05 NC_080391.1:21122697-21122715promoter 内 1719-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 21124979-21125848(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAATGGTGGTTGAAGTTT
SmilChr04G003573 Chr04 NC_080390.1:52152439-52152457promoter 内 1502-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52149441-52149958(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCACCAACCACTTTTCT
SmilChr03G004235 Chr03 NC_080389.1:60869071-60869089promoter 内 1423-1441 bp - 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 60864735-60866511(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCCCGCAACCACCCACTG
SmilChr05G002966 Chr05 NC_080391.1:35961425-35961443promoter 内 1308-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 35954385-35958750(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACCGCCATCTC
SmilChr02G004528 Chr02 NC_080388.1:67866148-67866166promoter 内 1033-1051 bp + 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 67869116-67873893(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGTTGCAACCACTTCCTC
SmilChr02G003326 Chr02 NC_080388.1:54529088-54529106promoter 内 1032-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54523480-54526137(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCCCCAACCACTAGTTT
SmilChr05G000760 Chr05 NC_080391.1:5890567-5890585promoter 内 971-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 5893597-5894649(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGATTCAACCACCTTCCT
SmilChr01G001600 Chr01 NC_080387.1:30164632-30164650promoter 内 796-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 30158031-30161445(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGACGGTGGTTGGTGGTT
SmilChr02G005331 Chr02 NC_080388.1:74148662-74148680promoter 内 728-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 74151935-74153381(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCTCCACCACCTCCGC
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SmilChr04G001125 Chr04 NC_080390.1:16311417-16311435promoter 内 3931-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16308418-16311365(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTACACCCACCTTTTC
SmilChr01G004187 Chr01 NC_080387.1:60296791-60296809promoter 内 3909-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60296883-60301401(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATCCAACCACTTTGTC
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SmilChr03G004313 Chr03 NC_080389.1:61503930-61503948promoter 内 3835-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61498912-61503782(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCACCAACAACCTTTTC