转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 35 / 120 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004578 Chr07 NC_080393.1:58567953-58567971promoter 内 2042-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 58569912-58570741(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr03G003385 Chr03 NC_080389.1:52217363-52217381promoter 内 1673-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 52205301-52215053(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr03G001737 Chr03 NC_080389.1:23391575-23391593promoter 内 1267-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 23387307-23388859(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCAAATAAGGTAAA
SmilChr07G004579 Chr07 NC_080393.1:58567953-58567971promoter 内 809-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 58571145-58571516(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr02G002922 Chr02 NC_080388.1:49625550-49625568promoter 内 3982-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 49625569-49629392(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTTAAAGGGAAAA
SmilChr06G000019 Chr06 NC_080392.1:258430-258448promoter 内 3902-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 253716-258349(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAAAAGAAAG
SmilChr08G000891 Chr08 NC_080394.1:6610045-6610063promoter 内 3876-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6607017-6609938(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTGCCAAAAAGGGAAAT
SmilChr06G000104 Chr06 NC_080392.1:741550-741568promoter 内 3868-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 741683-748259(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTGTCCAAAAATGGAAAG
SmilChr08G003808 Chr08 NC_080394.1:44135166-44135184promoter 内 3849-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 44133107-44135032(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAAT
SmilChr01G001057 Chr01 NC_080387.1:21901829-21901847promoter 内 3814-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 21902016-21904918(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTATTTTTGGAAAGC
SmilChr05G001201 Chr05 NC_080391.1:10094298-10094316promoter 内 3814-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 10094056-10094129(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTGTCCAAAAATGGAAAG
SmilChr05G002955 Chr05 NC_080391.1:35708641-35708659promoter 内 3809-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 35705690-35708467(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTACCTTATTTGGAAAGT
SmilChr02G002684 Chr02 NC_080388.1:46499486-46499504promoter 内 3800-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 46492875-46499303(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr02G000115 Chr02 NC_080388.1:1459974-1459992promoter 内 3766-3784 bp - 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1460209-1463014(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TAATTCCTAAAAAGGAAAG
SmilChr05G004261 Chr05 NC_080391.1:56407066-56407084promoter 内 3754-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56407313-56408989(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr08G002896 Chr08 NC_080394.1:28855364-28855382promoter 内 3727-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28855638-28857743(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr01G003333 Chr01 NC_080387.1:52035587-52035605promoter 内 3718-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 52032767-52035322(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCTATTTTTGGAAAGC
SmilChr05G001752 Chr05 NC_080391.1:17063227-17063245promoter 内 3643-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 17063585-17067485(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr03G003032 Chr03 NC_080389.1:47236481-47236499promoter 内 3630-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47231680-47236128(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr02G001305 Chr02 NC_080388.1:24232972-24232990promoter 内 3431-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 24233542-24236968(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr01G003190 Chr01 NC_080387.1:50645966-50645984promoter 内 3295-3313 bp - 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 50639513-50645278(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCTTTTTGGCAAAT
SmilChr08G002034 Chr08 NC_080394.1:18123330-18123348promoter 内 3279-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18118717-18122626(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTACCTAAAAAGGAAAT
SmilChr07G000490 Chr07 NC_080393.1:3423256-3423274promoter 内 3272-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 3419519-3422545(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr03G001170 Chr03 NC_080389.1:13458464-13458482promoter 内 3193-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 13459272-13460810(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTGTCCAAAAATGGAAAG
SmilChr03G001302 Chr03 NC_080389.1:15250851-15250869promoter 内 3164-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 15248385-15250032(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr07G002201 Chr07 NC_080393.1:20245347-20245365promoter 内 3164-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 20240433-20244528(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr08G002352 Chr08 NC_080394.1:22252275-22252293promoter 内 3029-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 22253247-22259711(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr05G002516 Chr05 NC_080391.1:27922705-27922723promoter 内 2957-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27919821-27921679(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTGTCCAAAAATGGAAAG
SmilChr08G001092 Chr08 NC_080394.1:8428017-8428035promoter 内 2717-2735 bp + 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8419520-8426751(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTGTCCAAAAATGGAAAG
SmilChr05G003583 Chr05 NC_080391.1:47864895-47864913promoter 内 2648-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47866248-47869132(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTGTCCAAAAATGGAAAG
SmilChr07G000720 Chr07 NC_080393.1:5008499-5008517promoter 内 2626-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5005896-5007142(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr06G002908 Chr06 NC_080392.1:41893103-41893121promoter 内 2581-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 41894523-41896457(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTGCCAAAAAGGGAAAT
SmilChr05G002102 Chr05 NC_080391.1:22022873-22022891promoter 内 2508-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 22024366-22029143(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCATTTTTGGACACC
SmilChr08G000890 Chr08 NC_080394.1:6610045-6610063promoter 内 2416-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6607017-6608478(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTGCCAAAAAGGGAAAT
SmilChr03G004461 Chr03 NC_080389.1:62695210-62695228promoter 内 2378-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 62689413-62693605(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAAAAGAAAG
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