转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 35 / 171 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001962 Chr04 NC_080390.1:31816727-31816743promoter 内 2223-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31810581-31814965(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGAAATACGACAAAATT
SmilChr05G002850 Chr05 NC_080391.1:33996888-33996904promoter 内 2129-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33998760-33998865(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GACAAAACGACAGAAAA
SmilChr03G000588 Chr03 NC_080389.1:6539862-6539878promoter 内 2119-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6535229-6537996(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGAAATACGACAAAATT
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49855048-49855064promoter 内 2118-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49856931-49862217(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTTCTTGGA
SmilChr07G000319 Chr07 NC_080393.1:2140940-2140956promoter 内 2113-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2142828-2148715(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGATAACGACAAGAGA
SmilChr08G000768 Chr08 NC_080394.1:5672663-5672679promoter 内 1953-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5674711-5677662(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTATTTTT
SmilChr07G001957 Chr07 NC_080393.1:17042201-17042217promoter 内 1727-1743 bp - 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17044475-17046414(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTTTTTGT
SmilChr06G002335 Chr06 NC_080392.1:33894757-33894773promoter 内 1598-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33897160-33899088(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAGTTAAAGACAAAAAA
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8526891-8526907promoter 内 1589-1605 bp + 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8523336-8524495(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCTTTTTTCT
SmilChr01G005049 Chr01 NC_080387.1:68420942-68420958promoter 内 1540-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 68423403-68425871(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTTTATTT
SmilChr07G000318 Chr07 NC_080393.1:2140940-2140956promoter 内 1493-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2137406-2138448(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTCTTGTCGTTATCTG
SmilChr08G004132 Chr08 NC_080394.1:50238072-50238088promoter 内 1374-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50240699-50244579(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTTTAATT
SmilChr04G003572 Chr04 NC_080390.1:52145678-52145694promoter 内 1272-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52148407-52148964(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTATTTA
SmilChr03G002532 Chr03 NC_080389.1:40377057-40377073promoter 内 1238-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40379820-40380477(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCAAAAGGACAAAAAG
SmilChr01G002229 Chr01 NC_080387.1:38759083-38759099promoter 内 1179-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38751506-38756277(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAAAACCGACAAAAAC
SmilChr05G000749 Chr05 NC_080391.1:5800981-5800997promoter 内 1097-1113 bp - 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5803885-5804777(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTTTCTTT
SmilChr02G001008 Chr02 NC_080388.1:17832710-17832726promoter 内 1060-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17826297-17829785(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTCTGTCGTTTTGTC
SmilChr06G003223 Chr06 NC_080392.1:44999948-44999964promoter 内 1053-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44994120-44997016(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAATTTGTCGTTTTTCA
SmilChr01G005048 Chr01 NC_080387.1:68420942-68420958promoter 内 1051-1067 bp - 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 68404875-68418008(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAATAAAAGACAAAATA
SmilChr02G000371 Chr02 NC_080388.1:4713770-4713786promoter 内 795-811 bp - 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4707394-4710580(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGCAACACGACAAACAA
SmilChr08G002487 Chr08 NC_080394.1:23777689-23777705promoter 内 794-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 23780896-23787017(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTCTGTCGTTTTGTC
SmilChr08G002544 Chr08 NC_080394.1:24723840-24723856promoter 内 790-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24727051-24727158(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AACTAGAAGACAAAAAG
SmilChr01G001376 Chr01 NC_080387.1:27116466-27116482promoter 内 781-797 bp - 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27119686-27126433(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCGTTATCAC
SmilChr03G003239 Chr03 NC_080389.1:50283384-50283400promoter 内 495-511 bp - 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50286890-50290839(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTTTTGGTG
SmilChr01G002378 Chr01 NC_080387.1:40987099-40987115promoter 内 444-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40982041-40983558(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTAAAAAAGACAAAAAA
SmilChr07G001181 Chr07 NC_080393.1:8953256-8953272promoter 内 358-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8947016-8949629(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAAATAAGACAAAAAT
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52503716-52503732promoter 内 273-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAAATGACAAAAAT
SmilChr08G001858 Chr08 NC_080394.1:15957789-15957805promoter 内 267-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15961523-15963989(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAAATGACAAAAAT
SmilChr05G000352 Chr05 NC_080391.1:2630553-2630569promoter 内 222-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2634332-2635873(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTCTAGTT
SmilChr01G003066 Chr01 NC_080387.1:49510981-49510997promoter 内 146-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49505497-49507142(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAAAACCGACAAAAAC
SmilChr05G003610 Chr05 NC_080391.1:48168938-48168954promoter 内 56-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48172883-48174013(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTCAAAGCGACAAAACA
SmilChr03G002379 Chr03 NC_080389.1:37546094-37546110promoter 内 46-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 37550049-37551242(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAATAAAAGACAAAAAT
SmilChr02G005342 Chr02 NC_080388.1:74247545-74247561promoter 内 44-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 74251502-74251948(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGGTTTGTCGTTTTATT
SmilChr01G002880 Chr01 NC_080387.1:47425380-47425396promoter 内 2349-2365 bp - 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 47423642-47423744(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATAAAAAGGACAAAAAA
SmilChr01G003226 Chr01 NC_080387.1:51034053-51034069promoter 内 3322-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 51030576-51033390(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAAAGACGACAAATGT
SmilChr06G001083 Chr06 NC_080392.1:10821112-10821128promoter 内 2956-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 10814147-10820083(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCGTTTCTGC
SmilChr07G002190 Chr07 NC_080393.1:20121083-20121099promoter 内 2240-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 20118416-20119338(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCCTAAAAGACAAAAGC
SmilChr03G001579 Chr03 NC_080389.1:19951168-19951184promoter 内 125-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 19955044-19956198(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGAACACGACAAAGCT
SmilChr04G000049 Chr04 NC_080390.1:441855-441871promoter 内 91-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 445765-452720(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATAAAATGACAAAAAA
SmilChr02G003642 Chr02 NC_080388.1:57773541-57773557promoter 内 3979-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 57770884-57773535(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CACAATGCGACAAAATA
SmilChr01G005671 Chr01 NC_080387.1:72990149-72990165promoter 内 3929-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 72990221-72990890(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCGTATACCT
SmilChr02G005573 Chr02 NC_080388.1:75608539-75608555promoter 内 3325-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 75605921-75607879(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGAAAACAGACAAAAAA
SmilChr08G000712 Chr08 NC_080394.1:5290592-5290608promoter 内 3111-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 5282715-5289718(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCGCTTTCTA
SmilChr05G000647 Chr05 NC_080391.1:4894909-4894925promoter 内 2896-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4896014-4900275(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAGAAGCGACAAAAAA
SmilChr05G002337 Chr05 NC_080391.1:25311149-25311165promoter 内 1918-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 25313232-25319970(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCGAACAAGACAAAAGA
SmilChr08G004157 Chr08 NC_080394.1:50797378-50797394promoter 内 1208-1224 bp + 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 50800171-50806894(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATAATAAGACAAAAAA
SmilChr01G002576 Chr01 NC_080387.1:43907789-43907805promoter 内 1176-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43910614-43915558(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTAAAAGACAAAAAT
SmilChr08G000713 Chr08 NC_080394.1:5290592-5290608promoter 内 534-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 5294059-5297042(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAGAAAGCGACAAAATG
SmilChr02G003435 Chr02 NC_080388.1:55583767-55583783promoter 内 372-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55587396-55589165(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAATAAAAGACAAAAGG
SmilChr03G001387 Chr03 NC_080389.1:16421010-16421026promoter 内 3901-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16421110-16424014(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAAAGACAAATCC