转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 37 / 162 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003682 Chr01 NC_080387.1:55219290-55219304promoter 内 3682-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55219609-55220499(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTCAAAAGCCATCG
SmilChr03G003186 Chr03 NC_080389.1:49334129-49334143promoter 内 3669-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 49315917-49333811(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACATGGCTTTTCAAT
SmilChr03G000027 Chr03 NC_080389.1:375399-375413promoter 内 3664-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 372725-375076(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCTTGGCTTTTCCAG
SmilChr08G001267 Chr08 NC_080394.1:10065130-10065144promoter 内 3642-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10063187-10064785(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTTTGGTT
SmilChr07G001828 Chr07 NC_080393.1:15771790-15771804promoter 内 3631-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15768866-15771434(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTAAAAAGCCACAT
SmilChr05G001654 Chr05 NC_080391.1:15615546-15615560promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15616070-15616697(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTTGGCTTTTCATT
SmilChr05G002410 Chr05 NC_080391.1:26618730-26618744promoter 内 3438-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26619293-26620707(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTATGACTTTTCGAA
SmilChr05G001843 Chr05 NC_080391.1:18473861-18473875promoter 内 3433-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18474429-18476340(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATCGAAAAGTCATGT
SmilChr03G004489 Chr03 NC_080389.1:63012097-63012111promoter 内 3415-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63007339-63011525(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAAAAGCCACAC
SmilChr05G003213 Chr05 NC_080391.1:41213939-41213953promoter 内 3388-3402 bp - 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41202362-41213340(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACATGACTTTTCGAT
SmilChr03G001547 Chr03 NC_080389.1:19484295-19484309promoter 内 3278-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19485018-19486593(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGTGGCTTTTGGCC
SmilChr05G000278 Chr05 NC_080391.1:2163226-2163240promoter 内 3277-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 2163950-2167847(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTTTGGTT
SmilChr04G003827 Chr04 NC_080390.1:54365807-54365821promoter 内 3248-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54366560-54368416(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCGGCTTTTCGTA
SmilChr05G002923 Chr05 NC_080391.1:35186972-35186986promoter 内 3243-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35183081-35186228(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGACTTTTCGTC
SmilChr05G001842 Chr05 NC_080391.1:18473861-18473875promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18472427-18473079(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACATGACTTTTCGAT
SmilChr08G001860 Chr08 NC_080394.1:15972576-15972590promoter 内 3126-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15973451-15976484(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GACGAAAAGTCATAT
SmilChr08G000234 Chr08 NC_080394.1:1595909-1595923promoter 内 3023-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1594398-1594945(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGACTTTTCGTC
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74351576-74351590promoter 内 2989-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74348519-74350578(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGTCGCCTTTTCGCA
SmilChr08G001044 Chr08 NC_080394.1:7975678-7975692promoter 内 2923-2937 bp + 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7976756-7979113(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTTTGGTT
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76049432-76049446promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 76046944-76048345(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTTGGCTTTTGGAT
SmilChr01G002389 Chr01 NC_080387.1:41158617-41158631promoter 内 2891-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41159727-41162434(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTCAAGAGCCAAAC
SmilChr04G002127 Chr04 NC_080390.1:34266361-34266375promoter 内 2874-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 34263665-34265248(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAATGGCTTTTCGTT
SmilChr04G000329 Chr04 NC_080390.1:3036406-3036420promoter 内 2868-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3031863-3035287(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTTTCAAT
SmilChr08G003948 Chr08 NC_080394.1:47275318-47275332promoter 内 2865-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47271830-47274196(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GCCAAAAAGCCAATT
SmilChr03G003587 Chr03 NC_080389.1:54499916-54499930promoter 内 2854-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54501063-54503556(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCTCTTTGTG
SmilChr02G000002 Chr02 NC_080388.1:22429-22443promoter 内 2735-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18658-21177(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAAAAGCCACAC
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27667678-27667692promoter 内 2709-2723 bp - 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 27664212-27666400(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATTGTCTTTTCGGT
SmilChr01G002325 Chr01 NC_080387.1:40332279-40332293promoter 内 2583-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40326715-40330875(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AACCAAAAGCCAATC
SmilChr01G005892 Chr01 NC_080387.1:74854011-74854025promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74855550-74858226(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTGAAAAGCCAAGA
SmilChr08G000233 Chr08 NC_080394.1:1595909-1595923promoter 内 2445-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1590925-1594367(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGACTTTTCGTC
SmilChr04G003396 Chr04 NC_080390.1:50499340-50499354promoter 内 2345-2359 bp + 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50500996-50502099(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AGGTGGCTTTTGCTG
SmilChr06G002694 Chr06 NC_080392.1:38861368-38861382promoter 内 2113-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38863256-38863362(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTTGGCTTTTCTGG
SmilChr03G003051 Chr03 NC_080389.1:47413449-47413463promoter 内 2079-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47410249-47411541(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCATCC
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16851847-16851861promoter 内 2036-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16853812-16854899(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGTCTTTTCGCA
SmilChr07G001160 Chr07 NC_080393.1:8680513-8680527promoter 内 1956-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8682558-8684220(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTGGAAAAGCCATTT
SmilChr04G003541 Chr04 NC_080390.1:51761597-51761611promoter 内 1919-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51763679-51768482(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTCGGCTTTTCGTC
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