转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 38 / 126 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000574 Chr08 NC_080394.1:4190732-4190746promoter 内 3786-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 4178839-4190531(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCATCATG
SmilChr05G002343 Chr05 NC_080391.1:25399719-25399733promoter 内 3588-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 25398713-25399320(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCTGCAGA
SmilChr07G003101 Chr07 NC_080393.1:32840861-32840875promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 32841336-32843269(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCCGGC
SmilChr04G001078 Chr04 NC_080390.1:15464807-15464821promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15465308-15468818(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGGACTGACGTGGCA
SmilChr01G004135 Chr01 NC_080387.1:59858888-59858902promoter 内 3450-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59859439-59869965(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGAGATAA
SmilChr08G004264 Chr08 NC_080394.1:52105414-52105428promoter 内 3342-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52104411-52104769(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATAGAGACGTGGCC
SmilChr05G002665 Chr05 NC_080391.1:30152058-30152072promoter 内 3264-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30152795-30154029(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCTGTCACGTGGCC
SmilChr08G002586 Chr08 NC_080394.1:25189170-25189184promoter 内 3234-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 25187684-25188417(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGGACTGACGTGGCA
SmilChr02G004531 Chr02 NC_080388.1:67885993-67886007promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 67880377-67885206(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGTTTTC
SmilChr06G001547 Chr06 NC_080392.1:16772517-16772531promoter 内 3123-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 16773395-16778041(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGGACTGACGTGGCA
SmilChr04G004177 Chr04 NC_080390.1:56369833-56369847promoter 内 3115-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56366051-56368961(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCCGGC
SmilChr06G000189 Chr06 NC_080392.1:1312462-1312476promoter 内 3113-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1306504-1311588(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTTGTTT
SmilChr01G001538 Chr01 NC_080387.1:29396095-29396109promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29396989-29398368(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCGCGC
SmilChr05G001413 Chr05 NC_080391.1:12752598-12752612promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12753549-12754367(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCCGGCGACGTGGCC
SmilChr02G003533 Chr02 NC_080388.1:56479081-56479095promoter 内 2955-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56480127-56483263(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGATTTAC
SmilChr08G004263 Chr08 NC_080394.1:52105414-52105428promoter 内 2824-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52103025-52104251(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATAGAGACGTGGCC
SmilChr03G004660 Chr03 NC_080389.1:64086676-64086690promoter 内 2710-2724 bp + 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 64087967-64091188(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTGCAACACGTGGCA
SmilChr06G000479 Chr06 NC_080392.1:3898353-3898367promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 3894559-3897047(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGAAAAGACGTGGCA
SmilChr02G003590 Chr02 NC_080388.1:57112456-57112470promoter 内 2665-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 57113792-57116892(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGATTTAC
SmilChr03G003725 Chr03 NC_080389.1:56267847-56267861promoter 内 2625-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56269223-56269672(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCAGATCACGTGGCG
SmilChr06G003123 Chr06 NC_080392.1:44075712-44075726promoter 内 2620-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44077093-44083517(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTTACAA
SmilChr05G001644 Chr05 NC_080391.1:15398888-15398902promoter 内 2534-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 15400355-15403228(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGACACGTGTGCAAC
SmilChr05G002271 Chr05 NC_080391.1:24420404-24420418promoter 内 2453-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 24418394-24418870(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGGTCTCA
SmilChr05G003162 Chr05 NC_080391.1:40408792-40408806promoter 内 2062-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 40404370-40406867(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTAAGACACGTGGCG
SmilChr01G002551 Chr01 NC_080387.1:43611603-43611617promoter 内 2061-2075 bp + 1926 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 43613543-43615559(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ACATCACACGTGGCA
SmilChr05G002908 Chr05 NC_080391.1:34948672-34948686promoter 内 1953-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 34950720-34952245(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCGCGACACGTGGCG
SmilChr07G004739 Chr07 NC_080393.1:60243037-60243051promoter 内 1931-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 60245107-60248788(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTTGTAC
SmilChr03G004070 Chr03 NC_080389.1:59683976-59683990promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59680409-59681739(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GACGGAGACGTGGCT
SmilChr01G001536 Chr01 NC_080387.1:29388176-29388190promoter 内 1682-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 29390495-29392866(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCGCGACACGTGGCG
SmilChr01G004137 Chr01 NC_080387.1:59885873-59885887promoter 内 1596-1610 bp - 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59881414-59883482(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCCGGCGACGTGGCC
SmilChr01G001846 Chr01 NC_080387.1:33412539-33412553promoter 内 1425-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 33415115-33415759(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCTCTCAT
SmilChr01G004138 Chr01 NC_080387.1:59885873-59885887promoter 内 1130-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 59888744-59891578(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTCGCCGGC
SmilChr05G003163 Chr05 NC_080391.1:40408792-40408806promoter 内 1065-1079 bp - 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 40411728-40417980(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGTCTTAA
SmilChr01G002430 Chr01 NC_080387.1:41845913-41845927promoter 内 979-993 bp - 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 41837718-41842905(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCAGTACACGTGGCA
SmilChr05G001376 Chr05 NC_080391.1:12274095-12274109promoter 内 864-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12277232-12280200(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGGACTGACGTGGCA
SmilChr03G003730 Chr03 NC_080389.1:56328563-56328577promoter 内 823-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56331741-56336354(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AAGCATCACGTGGCA
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SmilChr08G004963 Chr08 NC_080394.1:58440408-58440422promoter 内 3203-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 58441206-58443127(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCAGGACACGTGGCT
SmilChr01G002455 Chr01 NC_080387.1:42156871-42156885promoter 内 3181-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 42152156-42156065(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCATTTTC
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